.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
---oOo---

VÕ THANH LÂM

ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ, DIỄN TIẾN LÂM SÀNG
VÀ CẬN LÂM SÀNG Ở NGƢỜI NHIỄM SARS-CoV-2
TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NĂM 2020

LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP BÁC SĨ NỘI TRÚ

TP. HỒ CHÍ MINH – NĂM 2021
.


.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

BỘ Y TẾ

ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
---oOo---

VÕ THANH LÂM

ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ, DIỄN TIẾN LÂM SÀNG
VÀ CẬN LÂM SÀNG Ở NGƢỜI NHIỄM SARS-CoV-2
TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NĂM 2020

CHUYÊN NGÀNH: TRUYỀN NHIỄM
MÃ SỐ: NT 62 72 38 01

LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP BÁC SĨ NỘI TRÚ

NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC:
TS. NGUYỄN VĂN VĨNH CHÂU

TP. HỒ CHÍ MINH – NĂM 2021
.


.

i

LỜI CAM ĐOAN
Tôi tên Võ Thanh Lâm, là học viên bác sĩ nội trú chuyên ngành Truyền Nhiễm
khóa 2018 – 2021. Tôi xin cam đoan những nội dung trong luận văn này hồn tồn
là ý tƣởng của tơi từ những thông tin thực tế thu thập đƣợc trên lâm sàng theo mẫu
đã định sẵn, không sao chép hay đạo văn của một ai khác.

Ngƣời viết báo cáo

Võ Thanh Lâm


.


.

MỤC LỤC
LỜI CAM ĐOAN ....................................................................................................... i
DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT ..................................................................................... ii
DANH MỤC ĐỐI CHIẾU ANH VIỆT .................................................................... iii
DANH MỤC BẢNG ................................................................................................. iv
DANH MỤC HÌNH ....................................................................................................v
DANH MỤC BIỂU ĐỒ ..............................................................................................v
MỞ ĐẦU .....................................................................................................................1
CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .....................................................................5
1.1. DỊCH TỄ ..............................................................................................................5
1.2. VI SINH ...............................................................................................................8
1.3. SINH LÝ BỆNH COVID-19 .............................................................................15
1.4. LÂM SÀNG .......................................................................................................20
1.5. CẬN LÂM SÀNG..............................................................................................23
1.6. CHẨN ĐOÁN ....................................................................................................25
1.7. ĐIỀU TRỊ ...........................................................................................................28
1.8. VẮC XIN CHỐNG LẠI COVID-19: ................................................................34
CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................37
2.1. Thiết kế nghiên cứu:...........................................................................................37
2.2. Đối tƣợng nghiên cứu.........................................................................................37
2.3. Địa điểm và thời gian nghiên cứu ......................................................................37
2.4. Cỡ mẫu ...............................................................................................................37
2.5. Tiêu chuẩn chọn bệnh: .......................................................................................37
2.6. Biến số và định nghĩa biến số dùng trong nghiên cứu .......................................37

2.7. Kỹ thuật đo lƣờng biến số, thu thập số liệu: ......................................................46
CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU .................................................................49
3.1. Đặc điểm chung của dân số nghiên cứu .............................................................50
3.2. Đặc điểm dịch tễ của bệnh nhân ........................................................................52
3.3. Đặc điểm lâm sàng trong nghiên cứu .................................................................54
3.4. Đặc điểm cận lâm sàng trong nghiên cứu ..........................................................55
3.5. Mức độ nặng.......................................................................................................60
.


.

3.6. Điều trị ...............................................................................................................61
3.7. Biến chứng, kết cục điều trị ...............................................................................62
3.8. Các yếu tố liên quan đến độ nặng của bệnh .......................................................63
CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN ........................................................................................69
4.1. Đặc điểm chung dân số nghiên cứu ...................................................................69
4.2. Đặc điểm dịch tễ.................................................................................................73
4.3. Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhân COVID-19. .................................................74
4.4. Đặc điểm cận lâm sàng ......................................................................................76
4.5. Phân độ và điều trị..............................................................................................80
4.6. So sách các đặc điểm có liên quan đến độ nặng của bệnh .................................81
HẠN CHẾ CỦA ĐỀ TÀI ..........................................................................................86
KẾT LUẬN ...............................................................................................................87
KIẾN NGHỊ ..............................................................................................................89
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
Phụ lục 1: Bệnh án thu thập số liệu
Phụ lục 2: Bản thông tin dành cho đối tƣợng nghiên cứu


.


.

ii

DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT
TIẾNG VIỆT
TÊN VIẾT TẮT

TÊN ĐẦY ĐỦ

TCYTTG

Tổ chức Y tế thế giới

TP

Thành phố

TIẾNG ANH
TÊN VIẾT TẮT

TÊN ĐẦY ĐỦ

ACE2

Angiotensin converting enzym 2


ARDS

Acute respiratory distress syndrome

CoV

Coronavirus

Ct value

The cycle threshold value

COVID-19

Corona virus disease of 2019

MERS-CoV

Middle East respiratory syndrome coronavirus

PAMPs

Pathogen-associated molecular patterns

SARS

Severe Acute Respiratory Syndrome

SARS-CoV-2


Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus 2

2019-nCoV

2019 novel Coronavirus

.


.

iii

DANH MỤC ĐỐI CHIẾU ANH VIỆT
TÊN TIẾNG ANH

TÊN TIẾNG VIỆT

AIDS

Hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải

ARDS

Hội chứng suy hô hấp cấp

BAL

Rửa phế quản


BMI

Chỉ số khối cơ thể

CRP

Protein phản ứng C

CDC

Trung tâm kiểm sốt và phịng ngừa dịch bệnh Hoa Kỳ

COVID-19
ELISA

Bệnh do vi rút Corona năm 2019
Xét nghiệm miễn dịch hấp thụ liên kết với Enzyme

HIV

Siêu vi gây suy giảm hệ miễn dịch

ICU

Đơn vị chăm sóc tích cực

IVIG

Globulin miễn dịch tiêm tĩnh mạch


PCR

Phản ứng chuỗi polymerase

RNA

Axít ribonucleic

RdRp

Protein RNA polymerase phụ thuộc RNA

WHO

Tổ chức Y tế Thế giới

.


.

iv

DANH MỤC BẢNG
Bảng 3.1 Đặc điểm dân số nghiên cứu (n= 158) .......................................................50
Bảng 3.2: Đặc điểm yếu tố tiếp xúc của các bệnh nhân (n=158)..............................52
Bảng 3.3: Đặc điểm phân bố nguồn bệnh (n=158) ...................................................53
Bảng 3.4: Triệu chứng lâm sàng của bệnh nhân (n = 77) .........................................54
Bảng 3.5: Đặc điểm xét nghiêm máu của các bệnh nhân (n= 158) ..........................55
Bảng 3.6: Đặc điểm tổn thƣơng trên Xquang của bênh nhân (n=35) .......................56

Bảng 3.7: Kết quả CT scan ngực của các bệnh nhân (n=13) ....................................56
Bảng 3.8: Đặc điểm PCR phết hầu họng tìm SARS-CoV-2 phân bố theo trƣờng hợp
có triệu chứng và khơng có triệu chứng lâm sàng (n=158) ...............................57
Bảng 3.9 Diễn tiến kết quả PCR SARS CoV2 theo nhóm ngày bệnh ......................58
Bảng 3.10 Chu kì ngƣỡng PCR SARS-CoV-2 thời điểm chẩn đoán (n=28) ............59
Bảng 3.11: Đặc điểm điều trị của bệnh nhân (n=158) ..............................................61
Bảng 3.12: So sánh thời gian nằm viện giữa các độ nặng của bệnh (n=158) ...........62
Bảng 3.13: Biến chứng và kết cục điều trị trong nghiên cứu (n=158) ......................62
Bảng 3.14: Yếu tố lâm sàng liên quan đến viêm phổi (n= 158) ...............................63
Bảng 3.15: Yếu tố cận lâm sàng liên quan đến viên phổi (n=158) ...........................64
Bảng 3.16: Hồi quy logistis đa biến yếu tố liên quan đến viêm phổi (n=158) .........65
Bảng 3.17: Đặc điểm lâm sàng có liên quan đến mức độ nặng (n= 158) .................66
Bảng 3.18: So sánh cận lâm sàng liên quan đến mức độ nặng (n=158) ...................67
Bảng 3.19: Phân tích hồi quy logistis các yếu tố liên quan đến mức độ bệnh nặng –
nguy kịch (n=6) .................................................................................................68

.


.

v

DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1: Bản đồ số lƣợng các ca COVID-19 trên tồn thế giới 11/2021 ..................8
Hình 1.2: Phân loại HCoV và các CoV khác ............................................................10
Hình 1.3: Cấu trúc CoV ............................................................................................12
Hình 1.4 Chu trình nhân lên của SARS-CoV ...........................................................14
Hình 1.5 Đáp ứng miễn dịch sau nhiễm SARS-CoV- 2 ...........................................19


DANH MỤC BIỂU ĐỒ
Sơ đồ 2.1 Qui trình thực hiện ....................................................................................47

.


.

1

MỞ ĐẦU
Hiện nay, toàn thế giới đang đối mặt với đại dịch COVID-19, là trận đại dịch thứ
năm sau đại dịch Cúm năm 1918. Chúng ta có thể đi ngƣợc lại báo cáo đầu tiên và
theo dõi tiếp theo đó sự bùng phát của dịch bệnh, từ một chùm ca viêm phổi nặng ở
thành phố Vũ Hán, tỉnh Hồ Bắc, Trung Quốc vào tháng 12 năm 2019. Với các triệu
chứng nhƣ sốt, mệt mỏi, ho khan và khó thở của các bệnh nhân, bệnh đã đƣợc chẩn
đoán ban đầu là viêm phổi Vũ Hán.
Tác nhân gây bệnh đƣợc xác định là một loại coronavirus mới, có tên gọi đầu
tiên là 2019-nCoV (2019 novel Coronavirus), đƣợc đổi tên sau đó là SARS-CoV-2
do cấu trúc miền gắn kết thụ thể giống nhƣ các SARS-CoV (Severe Acute
Respiratory Syndrome coronavirus) khác, theo khảo sát dịch tễ học và đặc điểm gen
[102]. Đây là thành viên thứ bảy trong họ Coronaviridae gây bệnh ở ngƣời. Tên gọi
chính thức của bệnh lý do SARS-CoV-2 gây ra cũng đƣợc Tổ Chức Y Tế thế giới
(TCYTTG) đƣa ra là COVID-19 (Corona virus disease of 2019) vào tháng 2 năm
2020.
Bệnh COVID-19 có mức độ lây truyền rất mạnh mẽ. Tâm dịch thay đổi từ Trung
Quốc ở giai đoạn sớm, và đã di chuyển đến các quốc gia khác và số ca bệnh không
ngừng gia tăng ở cả Châu Á, Châu Âu và Châu Mỹ...Ngày 31/01/2020 TCYTTG
chính thức cơng bố COVID-19 là ―Sự kiện y tế công cộng khẩn cấp gây quan ngại y
tế toàn cầu‖. Tiếp đến, ngày 28 tháng 02 năm 2020, nguy cơ dịch bệnh đƣợc đánh

giá ở mức độ ―rất cao‖, và đến ngày 11 tháng 3 năm 2020 TCYTTG đã phải tuyên
bố là đây là đại dịch toàn cầu [22]. Cho đến ngày 03 tháng 7 năm 2020, với sự ghi
nhận của bệnh tại hơn 210 quốc gia đã có hơn 10 triệu ca bệnh, với hơn 140 000
trƣờng hợp tử vong. Tại thời điểm bài đƣợc viết, tỉ lệ tử vong đƣợc ƣớc tính từ 310%, thay đổi theo từng quốc gia, nhƣng rõ ràng là cao hơn so với cúm mùa 1%
[63].
Tại sao có sự lan truyền mạnh mẽ của COVID-19? Các nhà khoa học đã biết rằng
sự lây nhiễm trực tiếp của virus từ ngƣời sang ngƣời chính là cơ chế giải thích sự
bùng phát nhanh chóng của dịch COVID-19. Ngƣời bị nhiễm virus chứa trong các
.


.

2

giọt bắn từ đƣờng hô hấp của bệnh nhân khi bệnh nhân ho, hắt hơi, sỗ mũi. Nhƣng
chứng cứ bệnh sinh cịn cho thấy rằng virus SARS-CoV-2 có thể đi xuống thẳng
đến đƣờng hô hấp dƣới gây tổn thƣơng các tế bào niêm mạc phế nang qua kết dính
với thụ thể ACE2 (Angiotensin converting enzym 2) [65].
Bệnh nhân có biểu hiện nặng ngực, khó thở, nhịp thở tăng nhanh. Trong 24 đến
48 giờ, các biểu hiện của tình trạng giảm chức năng hô hấp xảy ra với viêm nhu mô
phổi, giảm độ bão hịa oxy, nhu cầu tăng thơng khi phổi… Đây là một giai đoạn
nguy hiểm, đƣợc giải thích bằng cơ chế phản ứng của cơ thể ngƣời đối với sự tấn
công ồ ạt và mạnh mẽ của tác nhân gây bệnh: ―cơn bão cytokine‖. Các trƣờng hợp
bệnh nhân rơi vào suy hơ hấp, kèm tình trạng nhiễm trùng huyết, sốc nhiễm trùng,
tổn thƣơng đa cơ quan: tổn thƣơng thận, suy tim, rối loạn đơng máu…và hẳn là có
nguy cơ tử vong cao [46].
Các nhà khoa học đã khẩn trƣơng đi tìm thuốc kháng virus để nhanh chóng ức
chế tác nhân một cách tốt nhất. Có thể là những thuốc đã đƣợc biết đến trƣớc kia và
sử dụng cho một số bệnh lý khác nhƣ: chloroquine/hydroxychloroquine dùng trong

điều trị sốt rét, các loại bệnh viêm khớp hay lupus, lopinavir/ritonavir dùng trong
điều trị HIV, interferon alpha hay ribavirin đã từng đƣợc sử dụng trong bệnh viêm
gan virus…Hoặc các loại thuốc có tác dụng trên các virus SARS và MERS nhƣ
remdesivir tại Mỹ hay favipiravir tác dụng trên virus cúm influenza tại Nhật, hay
nitazoxanide có phổ kháng virus cúm, RSV, parainfluenza [62]. Nhƣng, cho đến
nay, các phƣơng thức đều trị đang còn trong vòng khảo sát và thử nghiệm.
Nhƣ một số quốc gia khác, Việt Nam đã ghi nhận các trƣờng hợp bệnh COVID -19:
ca bệnh đầu tiên vào ngày 30/01/2020. Tại thời điểm luận văn này đƣợc lên ý tƣởng
thực hiện (02/2020), Việt Nam đã ghi nhận 355 ca bệnh, trong đó 340 ca đã điều trị
hỏi cho và chƣa có ca tử vong. Tại thành phố Hồ Chí Minh vào tháng 3/2020, có ba
trung tâm đang điều trị các bệnh nhân Covid-19, gồm bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới TP
Hồ Chí Minh, bệnh viện dã chiến Củ Chi và bệnh viện điều trị COVID-19 Cần Giờ
đã và đang điều trị cho 62 ca nhiễm trong tồn thành phố. Tìm hiểu rõ hơn về bệnh
lý COVID 19 ở ngƣời Việt Nam là một điều không thể không làm của các nhà lâm
sàng: Đặc điểm dịch tễ nhƣ thế nào? Biểu hiện lâm sàng và diễn biến nặng nhẹ ra
.


.

3

sao? Yếu tố liên quan với mức độ nặng nhẹ của COVID-19 là gì ? Để góp phần hiểu
biết rõ hơn về những điểm này, chúng tôi thực hiện nghiên cứu « Đặc điểm dịch tễ,
diễn tiến lâm sàng và cận lâm sàng ở ngƣời nhiễm SARS-CoV-2 tại TP Hồ Chí
Minh năm 2020 » với dân số bệnh nhân thu dung đƣợc từ tháng 3 năm 2020 đến
tháng 3 năm 2021.

.



.

4

MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
1. Mô tả đặc điểm dịch tễ, lâm sàng, cận lâm sàng và diễn biến của ngƣời nhiễm
SARS-CoV-2 tại TP Hồ Chí Minh từ tháng 3 năm 2020 đến tháng 03 năm 2021.
2. Tìm hiểu mối liên quan giữa các yếu tố dịch tễ và yếu tố lâm sàng, cận lâm sàng
với biểu hiện bệnh nặng ở những ngƣời nhiễm SARS-CoV-2.

.


.

5

CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. DỊCH TỄ
Coronavirus (CoV) là một nhóm virus lây nhiễm chủ yếu trên động vật có vú
và chim. Một số chủng CoV là tác nhân gây bệnh lƣu hành ở ngƣời, với bệnh cảnh
chủ yếu là nhiễm trùng hô hấp trên, thƣờng bùng phát theo mùa [9],[86]. Yrell và
Bynoe đã phân lập đƣợc coronavirus ở ngƣời đầu tiên năm 1965 từ đƣờng hô hấp
của một bệnh nhân cảm lạnh thông thƣờng [48]. Các trƣờng hợp nhiễm coronavirus
ban đầu ở ngƣời đƣợc báo cáo vào năm 1960, đƣợc cho là lý do gây ra cảm lạnh
thông thƣờng. Tuy nhiên, tiềm năng của coronavirus nhƣ một nguyên nhân gây
bệnh đƣờng hô hấp đã đƣợc biết đến sau đó. Trƣớc khi bùng phát dịch SARS-CoV
năm 2002, các phân nhóm coronavirus khác nhau đã đƣợc báo cáo là đã lây nhiễm
sang ngƣời, nguyên nhân gây ra các bệnh nhiễm trùng đƣờng hô hấp nhẹ. Tuy

nhiên, vào năm 2002, thế giới đã chứng kiến căn bệnh gây chết ngƣời đầu tiên do
coronavirus gây ra đƣợc đặt tên là hội chứng hơ hấp cấp tính nghiêm trọng (SARSCoV) [52].Trƣờng hợp viêm phổi khơng điển hình đầu tiên đƣợc biết đến liên quan
đến SARS-CoV đƣợc báo cáo ở Phật Sơn, Trung Quốc, vào tháng 11 năm 2002. Kể
từ đó, sự bùng phát của dịch bệnh bắt đầu lan nhanh trên toàn cầu.Sau khi bệnh xuất
hiện ở Trung Quốc đại lục, trong vòng vài tháng, hơn 300 trƣờng hợp đã đƣợc báo
cáo; trong số những trƣờng hợp này, phần lớn họ là nhân viên y tế. Sau đó, việc di
chuyển của những ngƣời bị nhiễm bệnh tiếp tục lây lan dịch bệnh sang các quốc gia
khác bao gồm Hồng Kông, Việt Nam, Canada, và nhiều quốc gia khác. Để đối phó
với đợt bùng phát này, vào tháng 3 năm 2003, WHO đã phối hợp với một mạng lƣới
các trung tâm nghiên cứu lớn trên thế giới để xác định tác nhân gây bệnh SARS.
Trong một nỗ lực nhƣ vậy, Drosten et al. đã điều tra những bệnh nhân bị ảnh hƣởng
bởi căn bệnh này trong cùng năm và họ tiết lộ rằng một dạng coronavirus mới có
thể đã gây ra bệnh SARS. Tuy nhiên, đặc điểm di truyền, xác nhận tính mới của vi
rút, chỉ ra rằng vi rút chỉ có quan hệ xa với các coronavirus đã biết (chỉ giống nhau
ở 50 đến 60% trình tự nucleotid. Sau đó, đại dịch SARS kết thúc vào tháng 7 năm
2003, nhƣng trƣớc đó, nó đã lây nhiễm cho 8096 ngƣời và gây ra 774 ngƣời chết
trên 27 quốc gia [67]. Một vài trƣờng hợp SARS nữa đƣợc báo cáo vào cuối năm
.


.

6

2003 (tháng 12 - tháng 1 năm 2004) do lây truyền từ động vật sang ngƣời, có thể
liên quan đến cầy hƣơng (Paguma larvata). Tuy nhiên, kể từ đó, khơng có thêm
trƣờng hợp ngƣời nào liên quan đến SARS đƣợc phát hiện. Mặc dù SARS có tỷ lệ
tử vong và tỷ lệ mắc bệnh thấp, nhƣng hậu quả về sức khỏe của đại dịch SARS
không chỉ giới hạn ở những ngƣời bị nhiễm bệnh. Thật vậy, nó gây ra nỗi sợ hãi lớn
trong cộng đồng dân cƣ nói chung do tính mới của vi rút gây bệnh, khả năng lây

truyền bệnh viện nhanh chóng, và tính dễ bị tổn thƣơng của các bệnh viện và nhân
viên y tế. Một thập kỷ sau sự xuất hiện của SARS-CoV, một trƣờng hợp viêm phổi
cấp tính đã đƣợc báo cáo vào tháng 6 năm 2012 tại Ả Rập Xê Út. Cái chết liên quan
đến một dạng coronavirus mới khác, MERS-CoV gây ra hội chứng hô hấp cấp
Trung Đông. Theo dữ liệu của WHO, tính đến tháng 11 năm 2019 đã có tổng cộng
2494 trƣờng hợp nhiễm MERS đƣợc xác nhận trong phịng thí nghiệm, bao gồm
858 trƣờng hợp tử vong ở 27 quốc gia (WHO MERS). Trong bệnh này, các triệu
chứng nhƣ sốt, ho và khó thở đã đƣợc báo cáo. Mặc dù bệnh viêm phổi thƣờng
đƣợc báo cáo, nhƣng nó khơng phải lúc nào cũng xuất hiện. Trong hầu hết các
trƣờng hợp, nhiễm trùng lây lan qua đƣờng lây truyền từ ngƣời sang ngƣời trong
các cơ sở y tế. Tuy nhiên, một số nghiên cứu đã cho thấy vai trò của lạc đà không
lông là vật chủ chứa MERS-CoV và là nguồn động vật lây nhiễm MERS ở ngƣời.
Tuy nhiên, vai trò chính xác của trung gian trong việc lây truyền vi rút và các con
đƣờng lây truyền chính xác vẫn chƣa đƣợc biết rõ. Trong thời gian bùng phát dịch
SARS-CoV, các cộng đồng y tế và khoa học không đƣợc chuẩn bị đầy đủ để đối
phó với mối đe dọa của một loại vi rút gây bệnh chết ngƣời. Tuy nhiên, một thập kỷ
sau, các chuyên gia chăm sóc sức khỏe và các nhà nghiên cứu đã chuẩn bị tƣơng đối
tốt hơn khi đại dịch MERS-CoV xuất hiện do sự tiến bộ trong các cơng cụ chẩn
đốn phân tử nhƣ sự sẵn có của các cơng cụ giải trình tự tiên tiến và cơng nghệ giải
trình tự thế hệ tiếp theo giúp giải trình tự bộ gen có chiều dài đầy đủ dễ dàng.
Vào cuối năm 2019, một chủng CoV đƣợc báo cáo gây viêm phổi ở một số bệnh
nhân tại Vũ Hán, Trung Quốc. Các trƣờng hợp đầu tiên ghi nhận đều có liên quan
đến một chợ hải sản tại Vũ Hán, gợi ý sự lan truyền của virus từ động vật sang
ngƣời và sau đó là lây từ ngƣời sang ngƣời [53]. Với khả năng lây lan nhanh hơn
.


.

7


SARS-CoV và MERS-CoV, chủng virus này nhanh chóng lan rộng khắp Trung
Quốc và sau đó là tồn thế giới. Tháng 2 năm 2020, tổ chức Y tế Thế Giới (WHO)
thống nhất tên gọi của chủng CoV mới này là SARS-CoV-2 và bệnh lý gây ra bởi
nó là COVID-19, đồng thời cũng công bố dịch gây ra bởi SARS-CoV-2 là đại dịch
trên toàn thế giới [96].
Tại Trung Quốc, ổ dịch đầu tiên, kể từ báo cáo lần đầu tại Vũ Hán, đã có hơn
80,000 ca đƣợc ghi nhận, chủ yếu thuộc Hồ Bắc hay các vùng lân cận. Đỉnh dịch tại
Trung Quốc đƣợc WHO ƣớc tính rơi vào thời điểm cuối tháng 1 và đầu tháng 2 năm
2020 và số ca mắc đã giảm đáng kể từ đầu tháng 3. Tuy nhiên, dịch COVID-19 đã
lan rộng trên toàn cầu với 222 quốc gia và vùng lãnh thổ có ghi nhận ca nhiễm. Các
nƣớc có số lƣợng ca nhiễm nhiều nhất là Hoa Kỳ, Ấn Độ, Brazil với hơn 80 triệu
ca. Hiện 176 triệu ca COVID-19 đƣợc ghi nhận trên toàn thế giới với số lƣợng
không ngừng tăng lên [91].
Các nƣớc Đông Nam Á ghi nhận hơn 4 triệu ca nhiễm tính đến tháng 6/2021
trong đó Indonesia, Philipine, Malaysia xảy ra tình trạng bùng phát nặng. Indonesia
ghi nhận 1,9 triệu ca là quốc gia có số ca bệnh cao nhất trong khu vực.
Bệnh nhân COVID-19 đƣợc xác nhận lần đầu tiên tại Việt Nam vào ngày 23
tháng 01 năm 2020. Khi virus bắt đầu lay lan rộng trên toàn cầu, số ca nhiễm tại
Việt Nam cũng dần tăng lên. Các ca nhiễm mới ban đầu đa phần là ngƣời từ nƣớc
ngoài về, sau đó, dần xuất hiện các ca nhiễm lây lan trong cộng đồng, với nhiều ổ
bệnh bắt đầu xuất hiện ở các vùng mật độ dân cƣ cao nhƣ Thành phố Hồ Chí Minh,
Hà Nội, Vĩnh Phúc, Bắc Giang. Ngồi ra, lây nhiễm trong cơ quan y tế cũng đƣợc
ghi nhận ở trƣờng hợp bệnh viện Bạch Mai, Đà Nẵng. Tính đến ngày 16/06/2021,
Việt Nam ghi nhận 11200 ca nhiễm, trong đó tử vong 61 ca.

.


.


8

Hình 1.1: Bản đồ số lƣợng các ca COVID-19 trên toàn thế giới 11/2021
“Nguồn: World Health Organization” [91]

1.2. VI SINH
1.2.1. Phân họ Coronavirinae
CoV là các virus có vật liệu di truyền RNA, thuộc phân họ Coronavirinae, họ
Coronaviridae, bộ Nidovirales [30]. Các virus thuộc phân họ Coronavirinae đã đƣợc
phân lập từ dịch tiết của bệnh nhân nhiễm trùng đƣờng hô hấp trên từ năm 1965
[85]. Từ đó, đã có nhiều CoV đƣợc xác định, bao gồm chủ yếu là các virus gây bệnh
cho nhiều loại động vật có vú và chim. Ở ngƣời, có bốn chủng CoV gây bệnh lƣu
hành, đƣợc gọi chung là Human-coronavirus gây nhiễm trùng hô hấp cộng đồng
(CAR HCoV), bao gồm HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 và HCoV-HKU1.
Tất cả các CAR HCoV đều là virus hô hấp, chủ yếu gây nhiễm trùng hô hấp trên
[9]. Ở vùng ôn đới, các trƣờng hợp nhiễm CAR HCoV thƣờng tăng vào mùa đơng
và xn, có thể chiếm đến 35% các trƣờng hợp nhiễm trùng hơ hấp trên [86]. Tuy ít
gặp, đã có những báo cáo về các trƣờng hợp CAR HCoV gây viêm phổi, viêm phế
quản, viêm tai giữa, đợt cấp bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính (COPD), cơn hen cấp ở
ngƣời lớn và trẻ nhỏ.
.


.

9

Đáng chú ý trong những năm gần đây là sự xuất hiện của các chủng CoV mới, có
nguồn gốc từ động vật, với khả năng lây từ ngƣời sang ngƣời. Năm 2002, hội chứng

suy hô hấp tiến triển nhanh (SARS), bệnh lý gây ra bởi SARS-CoV, xuất hiện và
lây truyền tại Quảng Đơng, Trung Quốc. Dịch SARS nhanh chóng lan rộng sang
nhiều nƣớc, với các ổ dịch lớn tập trung ở Trung Quốc, Hong Kong, Đài Loan,
Singapore và Toronto, Canada. Chủng virus mới, SARS-CoV, có nguồn gốc từ dơi
và lây truyền sang con ngƣời qua ký chủ trung gian là cầy hƣơng (Paguma larvata)
và lửng (Nyctereutes procyonoides). Với nổ lực cách ly ca bệnh và các biện pháp
phòng chống lây nhiễm qua giọt bắn, dịch SARS đã đƣợc khống chế hoàn toàn vào
tháng 7 năm 2003, với 8,098 ca mắc và 774 trƣờng hợp tử vong (9.6%), với ca
nhiễm cuối cùng đƣợc ghi nhận vào giữa năm 2004. Năm 2012, MERS-CoV đƣợc
phân lập từ mẫu đàm của một bệnh nhân từ Jeddah, Saudi Arabia, tử vong do viêm
phổi và suy thận. Đến tháng 3/2019, đã có 2374 ca nhiễm MERS-CoV đƣợc xác
định và 823 trƣờng hợp tử vong (34.7%). Các ca nhiễm tập trung chủ yếu ở các
nƣớc thuộc vùng Trung Đơng và Hàn Quốc. Tuy có khả năng lây từ ngƣời sang
ngƣời, lạc đà đƣợc coi là nguồn bệnh chủ yếu của MERS-CoV.
Về mặt di truyền, phân họ Coronavirinae đƣợc phân chia thành bốn nhóm [30]:
 Alphacoronavirus: bao gồm hai chủng CoV gây bệnh
cho ngƣời là HCoV-229E và HCoV-NL63 và một số
loài CoV gây bệnh cho động vật.
 Betacoronavirus: đƣợc chia thành bốn phân nhóm (AD), với ba lồi đáng chú ý là SARS-CoV và SARSCoV-2 thuộc phân nhóm B và MERS-CoV thuộc phân
nhóm C.
 Gammacoronavirus: chủ yếu bao gồm các CoV gây
bệnh cho gia cầm và chim.
 Deltacoronavirus: bao gồm các CoV mới đƣợc phát
hiện, gây bệnh cho heo và chim.

.


.


10

Hình 1.2: Phân loại HCoV và các CoV khác
“Nguồn: Fung T. S., Liu D. X., 2019” [30]
Kết quả giải trình tự gen cho thấy SARS-CoV-2 thuộc nhóm betacoronavirus,
cùng nhóm với SARS-CoV gây ra dịch năm 2003. Hai loại virus này rất tƣơng đồng
về cấu trúc của đoạn gen mã hóa cho protein gắn thụ thể, giúp virus xâm nhập vào
tế bào ký chủ [3]. Thực tế, cả hai virus đều sử dụng thụ thể cho enzyme chuyển hóa
angiotensin 2 (ACE2) trên màng tế bào để xâm nhập [42]. Ngoài ra, so sánh với bộ
gen của các CoV khác, hai loài CoV gây bệnh cho dơi có bộ gen tƣơng đồng nhất
với bộ gen của SARS-CoV-2, gợi ý dơi là nguồn chứa ban đầu của SARS-CoV-2.
Tuy nhiên, vẫn chƣa thể khẳng định đƣợc liệu virus lây truyền trực tiếp từ dơi sang
ngƣời hay qua một loài vật trung gian khác nhƣ ở trƣờng hợp của MERS-CoV và
SARS-CoV [106].
Giống nhƣ các loại virus khác, SARS-CoV-2 phát triển theo thời gian. Hầu hết
các đột biến trong bộ gen SARS-CoV-2 không ảnh hƣởng đến chức năng của virus.
Một số biến thể nhất định đã thu hút đƣợc sự chú ý rộng rãi vì sự xuất hiện nhanh
chóng của chúng trong các quần thể và bằng chứng về sự lây truyền hoặc ý nghĩa
lâm sàng; chúng đƣợc coi là các biến thể cần quan tâm. Mỗi biến thể có một số chỉ
.


.

11

định dựa trên danh pháp đƣợc sử dụng bởi các hệ thống phân loại phát sinh loài
riêng biệt; Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) cũng đã chỉ định nhãn cho các biến thể
đáng chú ý dựa trên bảng chữ cái Hy Lạp.Một số biến thể thƣờng gặp nhƣ:
 Alpha (dòng B.1.1.7) - Biến thể này lần đầu tiên đƣợc xác định tại Vƣơng

quốc Anh vào cuối năm 2020 và có liên quan tạm thời với sự gia tăng các
bệnh nhiễm trùng khu vực. Biến thể này chứa hơn mƣời đột biến so với
các chủng đang lƣu hành khác, với một số đột biến nằm trong protein đột
biến.
 Beta (dòng B.1.351) - Biến thể này, còn đƣợc gọi là 20H / 501Y.V2, đƣợc
xác định ở Nam Phi vào cuối năm 2020. Nó khác biệt về mặt phát sinh
lồi với B.1.1.7 nhƣng có chung một số protein đột biến. Biến thể này có
protein đột biến, E484K, có khả năng ảnh hƣởng đến khả năng miễn dịch
khỏi nhiễm trùng hoặc tiêm chủng.
 Gamma (dòng P.1) - Biến thể này, còn đƣợc gọi là 20J/501Y.V3, lần đầu
tiên đƣợc xác định ở Nhật Bản. Nó có một số đột biến, bao gồm ba đột
biến trong vùng liên kết thụ thể protein tăng đột biến, N501Y, E484K và
K417T, làm dấy lên lo ngại về khả năng tăng khả năng lây truyền và ảnh
hƣởng đến khả năng miễn dịch.
 Delta (dòng B.1.617.2) – Biến thể này lần đầu tiên đƣợc xác định ở Ấn Độ
vào tháng 12 năm 2020 và kể từ đó trở thành biến thể phổ biến nhất trên
toàn thế giới. Biến thể Delta có khả năng lây truyền cao hơn so với các
dịng SARS-CoV-2 đã lƣu hành trƣớc đây. Nhiễm Delta có thể liên quan
đến nguy cơ mắc bệnh nặng và nhập viện cao hơn so với Alpha.
 Omicron (dòng B.1.1.529) - Biến thể này đƣợc báo cáo lần đầu tiên từ
Botswana và rất nhanh sau đó từ Nam Phi vào tháng 11 năm 2021. Biến
thể chứa hơn 30 đột biến trong protein đột biến, bao gồm các đột biến đã
đƣợc tìm thấy trong các biến thể khác đƣợc quan tâm và có liên quan đến
việc tăng khả năng truyền và giảm tính nhạy cảm với các kháng thể trung
hòa.

.


.


12

1.2.2. Cấu trúc của CoV và SARS-CoV-2
Các virus thuộc họ CoV đều có vật liệu di truyền là một sợi RNA (+), khơng
phân đoạn với kích thƣớc khoảng từ 26 – 32 kilobase, lớn nhất trong các virus
RNA. Virion hoàn chỉnh có cấu tạo gồm nucleocapsid protein (N protein) bao
quanh phân tử RNA, tất cả đƣợc bao quanh bởi lớp vỏ phospholipid kép, với nhiều
protein bề mặt [55]. Các protein bề mặt này bao gồm glycoprotein gai (S – spike
glycoprotein) gặp ở tất cả các CoV và glycoprotein hemagglutinin‐ esterase (HE)
đƣợc tìm thấy ở một vài loại CoV. Ngồi ra, quanh protein S cịn có các protein
màng (M – membrane protein) và protein vỏ (E – envelope protein), tạo nên lớp vỏ
ngồi có dạng vƣơng miệng.
Vai trị của các protein:
 Protein HE: đóng vai trị trong việc kết dính hay giải phóng phân tử virus
tại màng tế bào kí chủ. Protein HE khơng có ở các betacoronavirus.
 Protein S: đóng vai trị trong việc kết dính và xâm nhập của CoV vào tế
bào ký chủ, rất quan trọng trong sự phát lây nhiễm của virus.
 Các protein M, N, và E là các protein cấu trúc, đóng vai trị chủ yếu trong
sự toàn vẹn của phân tử virus hoàn chỉnh. Hiểu biết về vai trò của các
protein này trong cơ chế bệnh sinh của CoV cịn hạn chế.

Hình 1.3: Cấu trúc CoV
“Nguồn: Li G., 2020” [55]

.


.


13

Theo các mơ hình cấu trúc và thí nghiệm sinh hóa, SARS-CoV-2 cho thấy khả
năng liên kết tối ƣu hơn với thụ thể ACE2 ở ngƣời. Đây có thể là kết quả của chọn
lọc tự nhiên diễn ra khi virus thích nghi trên ký chủ mới, giải thích một phần lý do
vì sao COVID-19 lại dễ lây lan hơn các bệnh khác gây nên bởi CoV [3].

1.2.3. Chu trình nhân lên của CoV
Sau khi lây nhiễm vào cơ thể qua đƣờng hô hấp, CoV xâm nhập vào tế bào qua
các thụ thể trên màng tế bào. Sự xâm nhập vào tế bào của CoV diễn ra khi protein S
của virus gắn với thụ thể đặc hiệu trên màng tế bào. Có sự khác nhau về loại thụ thể
đặc hiệu này ở các loại CoV. Trong khi MERS-CoV sử dụng thụ thể dipeptidyl
peptidase 4 (DPP4) hiện diện nhiều ở tế bào biểu mô thận, ruột non, gan và tế bào
phế nang ở phổi [72]. SARS-CoV và SARS-CoV-2 sử dụng thụ thể ACE2. Thụ thể
ACE2 hiện diện trên tế bào của nhiều lồi sinh vật (ngoại trừ chuột), gợi ý có sự lây
truyền chéo giữa các loài của SARS-CoV và SARS-CoV-2 [42]. Ở ngƣời, thụ thể
ACE2 hiện diện trên nhiều cơ quan, bao gồm phổi, tim, thận, ruột… Để hồn thành
q trình xâm nhập, virus cần protein TMPRSS2 trên màng tế bào ký chủ.
TMPRSS2 là một protease giúp tách hai tiểu phần S1 và S2 của protein S, cho phép
tiểu phần S2 thực hiện chức năng hòa màng tế bào virus và ký chủ [42]. Kết quả của
sự hòa màng là việc phóng thích vật liệu di truyền của virus, sợi RNA (+), vào bên
trong tế bào. Sợi RNA (+) của virus sử dụng chính ribosome của chính tế bào ký
chủ cho q trình dịch mã, tổng hợp một protein khơng cấu trúc, gọi là phức hợp
RNA replicase–transcriptase. Phức hợp này có hai chức năng chính. Thứ nhất là
giúp sao chép sợi RNA (+) thành sợi RNA (-). Sau đó, phức hợp tiếp tục phiên mã
sợi RNA (-) thành phân tử RNA (+) hoàn chỉnh và 7 – 9 phân tử mRNA ngắn hơn.
Trong khi sợi RNA (+) hoàn chỉnh đƣợc sử dụng làm vật liệu di truyền cho virus
mới, các sợi mRNA nhỏ đƣợc dịch mã để tổng hợp nên các protein cấu trúc của
virus tại màng của lƣới nội sinh chất. Cuối cùng, màng lƣới nội sinh chất sẽ đóng
gói bộ gen RNA (+) của virus, tạo thành virion hoàn chỉnh. Sau đó, virion sẽ đƣợc

thể Golgi đẩy ra ngồi, tiếp tục xâm nhập tế bào mới.
Cũng nhƣ các RNA virus khác, đột biến ở CoV thƣờng xảy ra trong tự nhiên, tuy
với tần suất thấp hơn, vào khoảng 2 x10-6 mỗi chu kỳ. Khác với các virus RNA
.


.

14

khác, bộ gen các CoV mã hóa enzyme 3′→5′ exonuclease, có hoạt tính đọc sửa, giữ
vai trị quan trọng trong việc đảm bảo sự toàn vẹn của bộ gen trong q trình nhân
lên của virus. CoV cũng có hiện tƣợng tổ hợp gen khi hai virus lây nhiễm cùng một
tế bào.

Hình 1.4 Chu trình nhân lên của SARS-CoV
“Nguồn: Du L., 2009” [27]

.


.

15

1.3. SINH LÝ BỆNH COVID-19
Hội chứng suy hô hấp cấp tính (ARDS) là nguyên nhân tử vong chính ở bệnh
nhân COVID-19 [46]. Kết quả giải phẫu bệnh từ bốn trƣờng hợp tử vong do SARSCoV-2 ở New Orland ghi nhận, về mặt đại thể, phổi bệnh nhân COVID-19 có sự
sung huyết và xơ cứng của nhu mô phổi phù hợp với chẩn đoán ARDS. Về mặt vi
thể, tổn thƣơng phế nang lan tỏa với sự tạo màng hyaline và xuất huyết trong lịng

phế nang đƣợc tìm thấy ở cả bốn bệnh nhân [28]. Bằng chứng của tổn thƣơng phổi
do ARDS cũng đƣợc tìm thấy ở các nghiên cứu giải phẫu bệnh khác tại Trung Quốc
và Đức [92]. Tƣơng tự nhƣ các bệnh do vi rút đƣờng hô hấp khác, chẳng hạn nhƣ
cúm, ức chế lympho có thể xuất hiện ở cá nhân có nhiễm SARS-CoV-2 do giết chết
tế bào lympho T. Ngoài ra, phản ứng viêm do virus, bao gồm cả miễn dịch bẩm sinh
và miễn dịch đáp ứng (bao gồm miễn dịch thể dịch và miễn dịch qua trung gian tế
bào), làm suy giảm sự phân bào lympho và làm tăng quá trình chết theo chƣơng
trình của tế bào lympho. Điều đáng lƣu ý là các tế bào viêm xuất hiện quanh phế
nang chủ yếu là tế bào lymphocyte CD4 và CD8 [29]. Từ kết quả giải phẫu bệnh
trên, tác giả gợi ý rằng nhiễm trùng thứ phát do vi khuẩn hay nấm không phải là
nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tử vong ở các bệnh nhân COVID-19.
Trong các giai đoạn sau của quá trình nhiễm trùng, khi vi rút giảm phân chia,
tính tồn vẹn của tế bào biểu mô - nội mô bị tổn hại làm nổi bật phản ứng viêm do
bạch cầu đa nhân trung tính và bạch cầu đơn nhân. Thâm nhiễm mô kẽ và phù nề
phát triển và xuất hiện hình ảnh kính mờ trên hình ảnh chụp cắt lớp vi tính. Phù
phổi làm đầy các khoảng trống phế nang với cấu trúc màng kèm tƣơng thích với
tình trạng suy hơ hấp cấp giai đoạn đầu hội chứng ARDS. Phù mạch phổi phụ thuộc
bradykinin có thể làm trần trọng hơn tình trạng bệnh.Nói chung, sự phá vỡ chất vận
chuyển nội mô, rối loạn chức năng phân bố oxy mao mạch phế nang và suy giảm
khả năng khuếch tán oxy là những đặc điểm đặc trƣng của COVID-19.
Bên cạnh ARDS, một điểm nổi bật về mặt giải phẫu bệnh ở các bệnh nhân
COVID-19 là sự xuất hiện của các mảng xuất huyết và huyết khối trong nhu mơ
phổi. Trong các bệnh COVID-19 nặng, sự kích hoạt hồn tồn của q trình đơng
máu và tiêu thụ các yếu tố đông máu xảy ra. Một báo cáo từ Vũ Hán, Trung Quốc,
.


.

16


chỉ ra rằng 71% trong số 183 ngƣời chết vì COVID-19 đáp ứng các tiêu chí về đơng
máu lan tỏa trong lịng mạch. Các mơ phổi bị viêm và các tế bào nội mơ phổi có thể
thay đổi do vi rút góp phần vào tỷ lệ cao của các biến chứng huyết khối, chẳng hạn
nhƣ nhƣ huyết khối tĩnh mạch sâu, thuyên tắc phổi và huyết khối biến chứng động
mạch (ví dụ nhƣ thiếu máu cục bộ ở chi, đột quỵ do thiếu máu cục bộ, nhồi máu cơ
tim) ở những bệnh nhân nặng. Trong báo cáo tại New Orland, tất cả các bệnh nhân
đều có sự hiện diện của các vi huyết khối, mà khơng có bằng chứng của thuyên tắc
phổi. Các mạch máu phế nang đều dày thành và một số có sự xuất hiện của các cục
huyết khối trắng và tế bào megakaryocytes sinh tiểu cầu trong lịng mạch [29]. Tuy
có sự khác nhau về dân số, hai nghiên cứu trên đều cho thấy, bên cạnh ARDS, các
rối loạn đông máu mà cụ thể ở đây là tình trạng tăng đơng, tạo huyết khối ở cả tĩnh
mạch sâu và huyết khối vi mạch máu tại phổi, đóng vai trò quan trọ
ng cơ chế bệnh sinh của COVID-19. Điều này có thể gợi ý cách tiếp cận khác
trong việc xử lý suy hô hấp ở bệnh nhân COVID-19. Thay vì rối loạn trao đổi ở
màng phế nang mao mạch thƣờng thấy ở các bệnh nhân ARDS, một số bệnh nhân
COVID-19 với tổn thƣơng tại phổi do vi huyết khối có tình trạng suy hơ hấp do cơ
chế bất xứng thơng khí tƣới máu là chủ yếu. Các bệnh nhân này có thể khơng hƣởng
lợi ích từ các phƣơng pháp hỗ trợ hô hấp cho bệnh nhân ARDS nhƣ chiến lƣợc
thơng khí bảo vệ phổi hay thơng khí nằm sấp [32].
Ảnh hƣởng ở tim cũng đƣợc ghi nhận ở bệnh nhân COVID-19, với hình ảnh nổi
bật là phì đại tim và dãn thất (P) mà khơng có sự ảnh hƣởng đến mạch vành [29].
Báo cáo giải phẫu bệnh tại New Orland ghi nhận, về mặt vi thể, có sự hoại tử rải rác
và đơn lẻ của các tế bào cơ tim với rất ít sự xuất hiện của các tế bào viêm. Trong
nghiên cứu tại Đức, cũng chỉ có một trong 12 bệnh nhân có bằng chứng của viêm
cơ tim, với sự hiện diện của lymphocyte trong kết quả mơ cơ tim [92]. Điều này có
thể phù hợp với nghiên cứu của Chen và cộng sự, gợi ý rằng pericyte, các tế bào
bao quanh mạch máu, có thể bị tấn công trực tiếp do virus, dẫn đến rối loạn chức
năng nội mạc và hoại tử cơ tim mà không có bằng chứng của viêm cơ tim [18].
Phổi và niêm mạc biểu mơ hơ hấp trên ln có sự hiện diện của SARS-CoV-2

RNA với tải lƣợng cao ở tất cả các bệnh nhân. SARS-CoV-2 RNA cũng đƣợc tìm
.