BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI

TRIỆU ANH TUẤN

NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÁ BỖNG
Ở SÔNG, SUỐI MỘT SỐ TỈNH MIỀN NÚI PHÍA BẮC
VIỆT NAM PHỤC VỤ BẢO TỒN VÀ KHAI THÁC

Chuyên ngành: Di truyền học
Mã số: 60420121

LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Người hướng dẫn khoa học:
TS. Thái Thanh Bình
PGS.TS. Nguyễn Xuân Viết

HÀ NỘI - 2015
1


LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan luận văn này là công trình nghiên cứu của riêng tôi.
Kết quả được trình bày trong luận là hoàn toàn trung thực, chưa từng
được công bố trong bất kỳ công trình nào. Những kết quả có được trong luận
văn là do sự cố gắng làm việc, nghiên cứu và học hỏi một cách nghiêm túc
của bản thân.
Những trích dẫn về bảng biểu, kết quả nghiên cứu của tác giả khác, tài
liệu sử dụng trong luận văn đều có nguồn gốc rõ ràng và theo đúng qui định,
tiện cho việc đối chiếu.

Hà Nội, Ngày 15 tháng 7 năm 2015
Tác giả luận văn

Triệu Anh Tuấn

2


LỜI CẢM ƠN
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Nguyễn Xuân Viết –
Trưởng Bộ môn Di truyền học – Trường Đại học Sư phạm Hà Nội và TS.
Thái Thanh Bình – Trưởng phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế – Trường Cao
đẳng Thủy Sản, người Thầy đã tận tình chỉ bảo, hướng dẫn tôi trong suốt quá
trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận văn này.
Cho tôi xin gửi lời cảm ơn tới Th.s Nguyễn Thị Hiến cán bộ làm việc
tại Phòng Công nghệ Sinh học – Trường Cao đẳng Thủy Sản đã nhiệt tình
giúp đỡ tôi trong quá trình nghiên cứu để hoàn thành luận văn.
Tôi xin gửi lời cám ơn tới Trường Đại học Sư phạm Hà Nội – Bộ môn
Di truyền học, Trường Cao đẳng Thủy Sản I – Phòng Công nghệ Sinh học đã
tạo điều kiện thuận lợi cho tôi học tập và nghiên cứu.
Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn sâu sắc đến gia đình, người thân, bạn bè,
đồng nghiệp đã động viên, giúp đỡ tôi trong suốt thời gian học tập và thực
hiện luận văn.
Hà Nội, Ngày 15 tháng 7 năm 2015
Tác giả luận văn

3


MỤC LỤC


4


DANH MỤC CÁC BẢNG

5


DANH MỤC CÁC HÌNH

ĐDDT
ĐDSH
HST
CTV
ADN
PCR
UV
PCR
TBE
RFLP
RAPD

6

Đa dạng di truyền
Đa dạng sinh học
Hệ sinh thái
Cộng tác viên
Acid desoxyribonucleic

Polymerase Chain Reaction
Ultra Violet
Polymerase Chain Reaction
Tris Bonic acid
Restriction Fragment Length Polymorphisms
Random Amplified Polymorphic DNA


MỞ ĐẦU
1. Lý do chọn đề tài
Cá Bỗng phân bố tự nhiên ở vùng trung và thượng lưu các sông lớn ở
các tỉnh phía Bắc. Ở lưu vực sông Hồng cá phân bố tập trung từ Yên Bái trở
lên, ở lưu vực sông Lô từ Tuyên Quang trở lên. Cá Bỗng còn có ở sông Lam,
Con Cuông, Cửa Rào Nghệ An [13].
Cá Bỗng thích sống nơi nước chảy, ở tầng giữa và tầng đáy. Đây là loài
cá nước ngọt có giá trị kinh tế cao, thịt cá thơm ngon, hiện nay giá cá Bỗng
bán trên thị trường dao động từ 250.000 – 300.000 đồng/kg. Người dân nuôi
cá Bỗng không chỉ vì mục đích kinh tế mà còn là loài cá cảnh.
Những năm 1960 – 1970, cá Bỗng đánh bắt được chiếm chủ yếu trong
sản lượng cá đánh bắt trên hệ thống sông Hồng. Cá Bỗng được đồng bào dân
tộc sống ven sông Lô, sông Gâm, sông Thao, sông Chảy - nơi có nhiều cá
Bỗng con đưa vào nuôi trong ao và lồng bè[16] [18].
Những năm gần đây do ảnh hưởng của môi trường suy thoái, việc đắp
đập làm hồ thủy điện hoặc hồ thủy lợi đã làm cá Bỗng không di cư sinh sản
được. Thêm vào đó là việc khai thác triệt để bằng các phương tiện hủy diệt
như dùng xung điện, thuốc nổ... làm cho sản lượng cá Bỗng giảm sút nghiêm
trọng. Hầu hết các sông suối thuộc hệ thống sông Hồng không còn vớt được
cá Bỗng con để nuôi. Cá Bỗng vì thế thuộc diện cần bảo vệ khẩn cấp, cấp độ
V liệt kê trong Sách đỏ và được IUCN liệt trong danh sách các loài cá quí
hiếm cần được bảo vệ cấp độ LC. Nghiên cứu bảo tồn loài cá bản địa quí

hiếm này là rất cấp thiết [49].
Mặc dù cá Bỗng đã được đưa vào nuôi phổ biến ở các tỉnh miền núi nhưng
phân loại về loài cá Bỗng hiện còn nhiều điều chưa sáng tỏ. Một số nhà khoa học
cho rằng ở Việt Nam có 4 loài trong giống cá Bỗng (Spinibarbus): Cá Bỗng
(Spinibarbus denticulatus), cá Thần (Spinibarbus sinensis), cá Bỗng hồng
(Spinibarbus sp.) và cá Bỗng thon (Spinibarbus nammauensis Hảo & Hiệp nov.sp).
7


Các nghiên cứu phân loại cá Bỗng ở Việt Nam chủ yếu dựa vào đặc
điểm hình thái bên ngoài. Tuy nhiên hình thái ngoài của các loài động vật nói
chung và cá nói riêng dễ thay đổi do điều kiện môi trường sống. Sự đa dạng
của môi trường sống có thể tạo nên sự nhiều dạng hình thái khác nhau, điều
này có thể dẫn đến những nhầm lẫn trong phân loại loài và số lượng loài cá
Bỗng. Ngày nay các kỹ thuật phân tử được sử dụng rộng rãi trong phân tích
mối quan hệ hệ thống giữa các nhóm động vật, định danh hoặc định phân loại
các loài [44]. Kỹ thuật giải trình tự ADN cho ta những thông tin chính xác về
trình tự các nucleotide trong phân tử ADN và các mối quan hệ huyết thống
[52]. DNA ty thể (mtDNA) thường được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu
phân loại và phát sinh hệ thống bởi các ADN ty thể có sự di truyền theo dòng
mẹ, không bị trộn lẫn qua các thế hệ và tiến hóa nhanh (10 lần) hơn so với
ADN ở trong nhân [52] [58] [59] [64].
Xuất phát từ lý luận và thực tiễn đó chúng tôi thực hiện đề tài: “Nghiên
cứu đa dạng di truyền của cá Bỗng ở sông, suối một số tỉnh miền núi phía
Bắc Việt Nam phục vụ cho bảo tồn và khai thác”. Kết quả của đề tài sẽ là
cơ sở để bảo tồn và phát triển loài cá quí bản địa này.
2. Mục tiêu nghiên cứu.
2.1. Mục tiêu chung.
Góp phần làm sáng tỏ vấn đề định loại loài và bước đầu đánh giá đa
dạng di truyền cá Bỗng ở sông, suối các tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam

phục vụ cho mục đích bảo tồn và thác nguồn gen, phát triển nuôi trồng thủy
sản loài cá Bỗng ở nước ta.
2.2. Mục tiêu cụ thể.
- Phân loại được các mẫu cá Bỗng thu thập ở các sông, suối một số tỉnh
miền núi phía Bắc Việt Nam bằng hình thái và phân tử.

8


- Giải trình tự ADN vùng gen 16S, COI cá Bỗng Việt Nam. Bước đầu
đánh giá được sự đa dạng di truyền cá Bỗng ở sông, suối các tỉnh miền núi
phía Bắc Việt Nam bằng chỉ thị phân tử.
3. Nội dung nghiên cứu.
Đề tài luận văn thực hiện các nội dung chính sau:
- Nghiên cứu phân loại cá Bỗng ở sông, suối một số tỉnh miền núi phía
Bắc Việt Nam dựa trên các đặc điểm hình thái học.
- Phân tích sự đa dạng di truyền cá Bỗng ở sông, suối một số tỉnh miền
núi phía Bắc Việt Nam bằng chỉ thị phân tử.
- Đa dạng di truyền và vấn đề phân loại học cá Bỗng ở sông, suối một
số tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam.

9


CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU
1.1. Tổng quan về cá Bỗng
1.1.1. Đặc điểm hình thái
Cá Bỗng ở miền Bắc có thân dài, thấp, dẹp bên, lưng cong hơi tròn hoặc
hình thoi, dẹp bên nhất là cán đuôi. Viền lưng và viền bụng cong tròn. Đầu vừa
phải, sống đầu hình cung. Mõm tròn tù, hơi nhô ra phía trước. Da mõm không

che lấp môi trên. Miệng ở cuối hoặc kề dưới, hình móng ngựa. Môi trên phía
trong có viền liên tục ít hoặc không có, gờ ngoài tù hoặc trơn nhẵn. Môi trên và
môi dưới liền nhau ở góc miệng. Có hai đôi râu to và dài. Râu hàm dài bằng
1,6-1,8 đường kính mắt. Rãnh sau môi dưới nông. Mắt vừa phải, gần mút mõm
hơn viền sau nắp mang, khoảng cách trước ổ mắt nhỏ hơn khoảng cách sau ổ
mắt. Khoảng cách hai mắt rộng, đỉnh đầu hơi lồi [16] [20].
Vây lưng của cá có khởi điểm ở trước hoặc sau khởi điểm vây bụng, có
3 – 4 tia đơn và 8 – 9 tia phân nhánh. Tia đơn cuối vây lưng là tia phân mảnh,
cứng không hoàn toàn hoặc gai cứng hoàn toàn, phía sau trơn láng hoặc có gai
răng cưa. Viền sau vây lưng lõm. Trước vây lưng có 1 gai mọc ngược hướng
về phía đầu và ẩn dưới da. Vây hậu môn có 3 tia đơn và 5 tia phân nhánh.
Vây ngực không chạm vây bụng. Vây bụng chưa chạm đến vây hậu môn. Vây
đuôi phân thùy sâu, mút nhọn và tương đương nhau. Màng mang liền với eo
mang. Lược mang cứng, nhọn. Răng hầu 3 hàng 2.3.5 – 5.3.2 hình dẹp bên và
đỉnh hơi cong. Vẩy tròn lớn, sắp xếp đều. Đường bên hoàn toàn, hơi cong về
phía dưới và chạy giữa cán đuôi. Hậu môn sát gốc vây hậu môn [20].
Gốc vây bụng có vảy nách, dài bằng 2/5 chiều dài vây bụng. Lưng cá
màu xám, nhạt dần về phía bụng, bụng hơi vàng. Các vây màu xám, hai má
hơi hồng.
1.1.2. Đặc điểm dinh dưỡng
Cá Bỗng là loài cá ăn tạp, thức ăn chủ yếu là các loại thực vật bậc cao
điển hình. Lúc còn nhỏ cá ăn động vật phù du, mùn bã hữu cơ, khi đạt kích cỡ
10


trên 6cm chúng mới có thể ăn thực vật thuỷ sinh. Cá càng lớn thể hiện càng rõ
tính ăn thực vật; cá ăn thực vật, lá cây, quả. Theo nghiên cứu của Đoàn Văn
Đẩu và Lê Thị Lệ [17] cá Bỗng ăn khoảng 25 loại cây khác nhau như: rau
muống, bắp cải, dâu tằm, bèo.... Ngoài ra cá còn thích ăn các loại thức ăn
công nghiệp như thức ăn viên, cám hỗn hợp trong điều kiện nuôi.

1.1.3. Đặc điểm sinh trưởng và sinh sản
Phạm Thị Minh Giang [18] đã mô tả phương pháp xác định tuổi của cá
Bỗng dựa trên số vòng thể hiện trên vảy. Đối với cá Bỗng, vòng tuổi trên vảy
thể hiện vừa có tính chất tiếp giáp giữa vòng vân xếp dày, thưa và vừa có tính
cắt nhau giữa các vòng vân. Vòng tuổi thể hiện hoàn toàn rõ ở hai bên sườn
vảy và vai vảy. Cá Bỗng hình thành vòng tuổi vào cuối mùa đông đầu mùa
xuân. Cá Bỗng là loài cá có kích thước lớn. Chiều dài của cá có thể đạt gần
1m và nặng gần 15kg, con lớn nhất có thể đạt 30kg. Cấu trúc tuổi của quần
thể khá phức tạp, tuổi thọ cao đến 15 năm [17]. Tuy nhiên, Phạm Báu [11] khi
điều tra đã bắt gặp cá có độ tuổi 20.
Tuổi 1
2
3
4
5
6
7
8
9 10 11 12 13 14
Chiều
15- 22,3- 24,2- 33,6- 39,4- 45,6- 51,5- 53,0- 58,6- 65,0- 70,2- 76dài
90,4 >93
17,5 24,7 28,0 40,4 48,7 52,2 61,7 68,2 75,0 72,0 83,2 87
(cm)
(Nguồn lợi thuỷ sản Việt Nam, 1996)
Tốc độ tăng trưởng của cá Bỗng thuộc loại trung bình. Cá tăng chiều
dài nhanh ở hai năm đầu. Sự tăng trưởng nhanh về khối lượng bắt đầu từ năm
thứ 3 sau đó chậm dần và thay đổi ít. Sau 1 năm tuổi cá đạt kích cỡ 672g, năm
thứ 2 đạt 1500g và năm thứ 3 đạt 2135g. Tuổi thọ của cá là 15 năm. Sự tăng
trưởng của cá đực chậm hơn cá cái khoảng 10,0-11,5cm. Ở tuổi 10-15 tăng

trưởng chiều dài trung bình 4,3-5,4 cm/năm. Theo Phạm Báu [11] cá Bỗng
sống trong điều kiện tự nhiên (sông Gâm) và cá nuôi trong lồng bè, ao trên cơ
sở cùng tuổi có sự tăng trưởng về chiều dài khác nhau rõ rệt. Sự sai khác trên
11


chủ yếu do điều kiện thức ăn chi phối. Trong điều kiện nuôi trong ao tại Viện
nghiên cứu nuôi trồng Thuỷ Sản 1, cá 1 tuổi đạt chiều dài 16,9cm và khối
lượng 69,1g. Khi cá nuôi được 18 tháng tuổi, chiều dài đạt 26,0cm và khối
lượng đạt 261g. Kết quả về tăng trưởng của cá nuôi tại Viện nghiên cứu nuôi
trồng Thuỷ Sản 1 tương đương ở cá 3 năm tuổi thu ngoài tự nhiên. Chế độ
chăm sóc và nguồn thức ăn bổ sung đối với cá Bỗng là rất quan trọng cho sự
tăng trưởng của cá Bổng.
Các bãi đẻ trong vực nước cạn ở vùng trung lưu sông Hồng, từ Yên Bái
tới Lào Cai, như các bãi: Hợp Thành, Tân An, Phan Thanh, An Dương, Đông
Thái... Ở sông Nậm Thi cá Bỗng đẻ ở Bản Quần, ở sông Lô chúng đẻ rải rác
từ phía trên Vĩnh Tuy đến biên giới Việt – Trung [17]. Vụ đẻ thứ 2 cá thường
vào các ngòi lớn như: Ngòi Bo (Sông Hồng), ngòi Mã (sông Lô) để đẻ. Bãi đẻ
của cá Bỗng có địa hình đặc biệt, đáy có cát sỏi lớn, nước chảy mạnh (Lưu
tốc nước khoảng 0,22-0,54m/s), nước có độ trong cao, chảy xiết – giàu ôxy
hoà tan, pH hơi kiềm. Sau bãi đẻ là vực sâu cho cá trú ẩn và kiếm thức ăn.
Tuy nhiên hiện nay do nguồn lợi bị suy giảm nghiêm trọng nên hầu hết các
sông suối thuộc hệ thống sông Hồng không còn gặp cá Bỗng nữa, các bãi đẻ
trước đây công bố cũng không còn nữa. Hiện nơi còn cá Bỗng đẻ nhiều hơn
cả là đoạn sông Gâm từ Na Hang đến Bắc Mê, nhưng do bị đánh bắt nên cá
đẻ không còn tập trung như trước đây.
Đoàn Văn Đẩu và Lê Thị Lệ [17], khi nghiên cứu cá Bỗng đánh bắt từ
tự nhiên đã phát hiện tuổi thành thục của cá Bỗng khá muộn, dao động từ 5 –
6 tuổi trở lên. Mùa vụ sinh sản của cá chia làm hai đợt từ tháng 2 đến tháng 6
và tháng 7 đến tháng 8. Cá Bỗng thường có lượng noãn hoàng từ 18 – 520g.

Chỉ số thành thục từ 0,8 – 6,1. Khối lượng dịch hoàn 38 – 200g. Chỉ số thành
thục từ 0,19 – 0,9. Trứng cá có vỏ dày, tròn căng, rời nhau, giàu noãn hoàng,

12


khi già có màu vàng đậm. Ngâm trứng trong dung dịch làm trong trứng thấy
nhân bắt đầu lệch và di chuyển ra ngoại biên.
Khi nghiên cứu sức sinh sản của cá Bỗng, Đoàn Văn Đẩu và Lê Thị Lệ
[17] đã xác định được sức sinh sản tương đối của cá Bỗng trung bình đạt
6.700 trứng/kg, sức sinh sản tuyệt đối đạt 20.700 trứng/1kg cá cái. Cũng theo
nhận định của các tác giả trên thì sức sinh sản tương đối và sức sinh sản tuyệt
đối tỷ lệ thuận với khối lượng cơ thể cá.
Cá Bỗng thành thục ở năm thứ 3 (2 + tuổi) khi trọng lượng tương ứng
khoảng 2kg. Trong ao nuôi cá có tỷ lệ thành thục thấp 1,54 – 4,67%. Cá đẻ
trứng dính vào các giá thể. Cá có thể đẻ 13.000 – 142.000 trứng/kg cá cái.
Từ năm 1999, Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản 1 đã di giống cá
Bỗng từ Tuyên Quang về Trại thực nghiệm nuôi trồng thủy sản Mê Linh,
Vĩnh Phúc để nghiên cứu sản xuất giống, tuy nhiên số lượng cá giống sản
xuất không nhiều và hiện nay không còn lưu giữ đàn cá bố mẹ do thiếu nguồn
nước và môi trường bị ô nhiễm. Việc di giống cá Bỗng về đồng bằng nuôi
trong điều kiện nước tĩnh là không có tính khả thi do cá ưa thích sống trong
môi trường nước trong, sạch, giàu ôxy và có nước chảy.
Chưa có công trình nghiên cứu đầy đủ về cá Bỗng, nhất là vấn đề bảo
tồn, khai thác và phát triển nguồn gen, mới dừng lại nghiên cứu sơ bộ về đặc
điểm sinh học và vùng gen 16S, COI đã được ứng dụng và nghiên cứu thành
công đối với một số loài cá ở nước ta như: cá Song, cá Trích...
1.1.4. Giá trị của cá Bỗng
1.1.4.1. Giá trị khoa học
Việc nghiên cứu, đánh giá đa dạng loài cá Bỗng có vai trò quan trọng,

trước hết nhằm mục đích bảo tồn loài cá Bỗng tránh nguy cơ tuyệt chủng
đồng thời cung cấp nguồn gen cá Bỗng vào ngân hàng gen thế giới.

13


Từ đó đưa loài này vào phát triển, nhân giống nuôi đại trà cung cấp
nguồn thực phẩm nhằm mục tiêu phát triển kinh tế địa phương.
1.1.4.2. Giá trị kinh tế
Cá Bỗng là loài cá nước ngọt có giá trị kinh tế cao, chiếm sản lượng lớn
trong sản lượng cá đánh bắt được ở trên hệ thống sông Hồng vào những thập
kỷ 60 – 70 của thế kỷ trước [16] [20], đây là nguồn cung cấp thực phẩm có
giá trị. Thịt cá Bỗng chắc, có tính lành và không có mùi tanh, thơm ngon có
giá trị.giá trị dinh dưỡng cao. Giá cá bỗng trên thị trường hiện nay dao động
từ 250.000 – 300.000 đồng/kg. Cá Bỗng mang lại giá trị kinh tế, do vậy việc
phát triển nghề nuôi cá Bỗng thương phẩm có giá thành cao góp phần nâng
cao đời sống đồng bào miền núi đặc biệt là người dân tộc thiểu số.
1.1.4.3. Giá trị tâm linh.
Cá Bỗng hay còn gọi là cá Thần ở huyện Cẩm Thủy – Thanh Hóa không
chỉ có giá trị về khoa học mà nó còn có giá trị về mặt tâm linh. Người dân Cẩm
Thủy tin rằng duy trì loài cá này sẽ mang lại sự may mắn, phồn thịnh cho dân
bản. Do yếu tố tâm linh tác động nên người ta không ăn loại cá này. Điều đó
khiến cho đàn cá được bảo vệ và ngày càng nhiều lên, do vậy mà suối cá Cẩm
Lương đến giờ đã phát triển thành 2 suối cá song song. Do những quan niệm của
người dân ở Cẩm Thủy mà cá Bỗng ở đây mang ý nghĩa tâm linh đặc biệt góp
phần vào việc bảo vệ đang dạng sinh học loài cá này.
1.1.5. Nghiên cứu cá Bỗng trên thế giới và Việt Nam
Cá Bỗng phân bố tự nhiên ở châu Á, bao gồm: miền Bắc Việt Nam,
Lào, Vân Nam và Hải Nam Trung Quốc. Cá Bỗng được nuôi từ lâu ở các
nước như Trung Quốc, Lào và Việt Nam nhưng những công trình nghiên cứu

khoa học về loài cá này công bố rất hạn chế. Các công trình công bố chủ yếu
của các tác giả Trung Quốc. Các nghiên cứu tập trung điều tra các đặc điểm
sinh học của cá Bỗng ở ngoài tự nhiên và các hình thức nuôi.
14


Ở Trung Quốc, cá Bỗng phân bố ở trung và thượng lưu sông Ngọc [54]
[58]. Ngư dân thường đánh bắt được cá có cỡ trung bình từ 1 – 1,5kg và cỡ
lớn nhất từ 5 – 8kg [67]. Wang [54] đã điều tra tuổi của cá Bỗng thành thục
trên sông Ngọc thấy rằng cá cái thành thục ở 5 tuổi và cá đực thành thục ở 3
tuổi. Mùa sinh sản của cá từ tháng 4 – 6 hằng năm. Cỡ cá thành thục trung
bình từ 11,5 – 29,5cm, cỡ cá cái thành thục và cá đực thành thục lớn nhất lần
lượt là 69cm và 59,5cm. Tác giả đã mô tả được sự phát triển của tuyến sinh
dục cái và đực của cá Bỗng. Một số nghiên cứu của Jiang [61] về mối quan hệ
giữa tuổi và tốc độ sinh trưởng của cá trong điều kiện nuôi. Yi Zusheng
nghiên cứu về sự phát triển phôi thai cá Bỗng. Luo [58] nghiên cứu mối quan
hệ của sự phát triển phôi đến nhiệt độ và độ mặn. Tuy nhiên phía Trung Quốc
không công bố chi tiết các nghiên cứu này. Đây là loài cá có giá trị kinh tế
[68] và nó đã trở thành loài nuôi chính ở sông, hồ ao.
Ở Việt Nam những nghiên cứu về cá Bỗng thực sự được bắt đầu từ
năm 1960. Cá Bỗng là một phân họ lớn nhất trong họ cá chép (Cypridae) và có
nhiều loài cá là nguồn cung cấp thực phẩm, mang lại giá trị và lợi ích kinh tế
cao nhưng hiện nay, một số loài trong phân họ có nguy cơ diệt vong vì nhiều
nguyên nhân khác nhau. Việc nghiên cứu hệ thống phân loại và tìm hiểu sự
phân vùng địa động vật của phân họ là việc làm có ý nghĩa, chính vì thế đã có
nhiều tác giả quan tâm và nghiên cứu như: Mai Đình Yên [42] công bố 50 loài
16 giống trong phân họ khu vực Bắc Việt Nam ; Nguyễn Thái Tự công bố 20
loài trong phân họ ở khu hệ cá sông Lam [37]; Nguyễn Văn Hảo công bố 99
loài thuộc 27 giống trong phân họ cá Bỗng của Việt Nam [20]; Nguyễn Hữu
Dực công bố 15 giống 33 loài [14] ; Hoàng Xuân Quang công bố 12 loài ở khu

vực Tây Bắc Nghệ An [27]; V.Kottelat công bố 10 loài trong phân họ [50], khu
vực Bắc Trung Bộ đã điều tra được 10 giống. Tuy nhiên cho đến nay chưa có
công trình nghiên cứu đầy đủ về phân loại và đánh giá đa dạng di truyền cá
15


Bỗng phục vụ cho bảo tồn, khai thác và phát triển nguồn gen. Các nghiên cứu
chỉ mới tập trung điều tra nguồn lợi tự nhiên, một số đặc điểm sinh học và
thăm dò sinh sản.
1.2. Đa dạng sinh học và tầm quan trọng của đa dạng quần thể
Việc nghiên cứu đa dạng sinh học cũng như việc bảo vệ đa dạng sinh học
và những vấn đề quan trọng, cấp thiết được rất nhiều nhà khoa học quan tâm.
Theo Odum tỷ lệ giữa số lượng loài và các chỉ số phong phú (số lượng,
sinh khối, năng suất...) gọi là chỉ số đa dạng về loài [49].
Theo Quỹ Bảo vệ thiên nhiên Quốc tế đã định nghĩa: “ĐDSH là sự phồn
thịnh của sự sống trên trái đất, là hàng triệu loài thực vật, động vật và vi sinh
vật, là những gen chứa đựng trong các loài và là những HST vô cùng phức tạp
cùng tồn tại trong môi trường’’. ĐDSH bao gồm 3 cấp độ: Đa dạng nguồn
gen, đa dạng loài và đa dạng HST. Trong đó, đa dạng loài bao gồm toàn bộ
các loài sinh vật sống trên Trái đất, từ vi khuẩn đến các loài động vật, thực vật
và các loài nấm. Ở mức độ vi mô hơn, ĐDSH bao gồm sự khác biệt về gen
giữa các loài, khác biệt về gen giữa các cá thể cùng chung sống trong một
quần thể. ĐDSH còn bao gồm cả sự khác biệt giữa các quần xã mà trong đó
các loài sinh sống, và cả sự khác biệt của mối tương tác giữa chúng với nhau
[5].
Theo luật ĐDSH năm 2008, ĐDSH là sự phong phú về nguồn gen, các
loài sinh vật và HST trong tự nhiên [7].
Theo Công ước đa dạng sinh học thì ĐDSH là sự phong phú các sinh vật
sống gồm các hệ sinh thái trên cạn, hệ sinh thái biển, các hệ sinh thái nước ngọt,
và tập hợp các HST mà sinh vật chỉ là một bộ phận. ĐDSH bao gồm sự đa dạng

trong một loài (đa dạng gen) hay còn gọi là đa dạng di truyền, sự đa dạng giữa
các loài (đa dạng loài) và sự đa dạng hệ sinh thái (đa dạng HST). Nói cách khác
ĐDSH là sự đa dạng của sự sống ở các cấp độ và các tổ hợp [6].
16


Đa dạng sinh học còn là sự đa dạng của các sinh vật trên trái đất, bao
gồm cả sự đa dạng về di truyền của chúng và các dạng tổ hợp. Đây là một
thuật ngữ khái quát về sự phong phú của sinh vật tự nhiên, hỗ trợ cho cuộc
sống và sức khoẻ của con người. Khái niệm này bao hàm mối tương tác qua
lại giữa các gen, các loài và các hệ sinh thái [49].
ĐDSH trực tiếp phục vụ đời sống của con người trong phát triển kinh
tế, góp phần xóa đói, giảm nghèo…. Những giá trị trực tiếp đó là giá trị sử
dụng, tiêu thụ, và sản xuất ra các mặt hàng phục vụ nhu cầu của con người.
ĐDSH và cảnh quan là nền tảng cho sự phát triển các dịch vụ hệ sinh thái,
điều tiết nguồn nước, bảo vệ môi trường đặc biệt trong giảm nhẹ các tác động
bất lợi do biến đổi khí hậu hiện nay [6] [7][8].
Như vậy đa dạng sinh học là nguồn tài nguyên vô cùng quý giá đối với
các thế hệ hôm nay và mai sau. Tuy nhiên, nguồn tài nguyên này đang bị
thách thức bởi hiểm họa to lớn do các hệ sinh thái đang dần bị phá vỡ và tốc
độ tuyệt chủng của các loài động thực vật ngày càng tăng. Sự tuyệt chủng của
các loài động thực vật trước đây là do quá trình tiến hóa tự nhiên còn sự tuyệt
chủng của các loài động thực vật ngày nay lại chủ yếu do hoạt động của con
người gây ra với mức độ nghiêm trọng hơn bao giờ hết.
1.3. Điều kiện tự nhiên các tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam
1.3.1. Địa hình
Khu vực miền núi phía Bắc Việt Nam gồm các Tỉnh: Tuyên Quang, Hà
Giang, Lạng Sơn, Sơn La, Hòa Bình với tổng diện tích là 33.102,19 km 2 gồm
các dãy núi phía Tây Bắc và đồi núi Đông Bắc.
Phía Tây Bắc là một vùng gồm chủ yếu là các núi có độ cao trung bình

và cao. Đây là nơi có địa hình cao nhất, bị chia cắt nhất và hiểm trở nhất Việt
Nam. Các dạng địa hình phổ biến ở đây là các dãy núi cao, các thung lũng sâu
hay hẻm vực, các cao nguyên đá vôi có độ cao trung bình. Dãy núi cao và đồ
17


sộ nhất là dãy Hoàng Liên Sơn với nhiều đỉnh cao trên 2500m, đỉnh núi cao
nhất là Fansipan (3143m).
Vùng đồi núi Đông Bắc gồm chủ yếu là núi trung bb nh và núi thấp. Khối
núi thượng nguồn sông Chảy có nhiều đỉnh cao trên dưới 2000m là khu vực
cao nhất của vùng. Từ khối núi này ra tới biển là các dãy núi hình cánh cung
thấp dần về phía biển. Có bốn cánh cung lớn là cánh cung sông Gâm, cánh
cung Ngân Sơn, cánh cung Bắc Sơn và cánh cung Đông Triều [69] [70].
1.3.2. Khí hậu
Khí hậu nhiệt đới chịu ảnh hưởng của gió mùa. Chế độ gió mùa có sự
tương phản rõ rệt: Mùa hè chịu ảnh hưởng của gió mùa Tây Nam nóng khô,
mưa nhiều, Về mùa đông chịu ảnh hưởng của gió mùa Đông Bắc lạnh, khô, ít
mưa. Nhiệt độ trung bình trong năm nằm trong khoảng từ 22 0C – 250C. Sự
phân hóa khí hậu theo địa hình ở các tỉnh miền núi phía bắc có sự phân hóa
rất rõ theo địa hình: Vùng đồng bằng, trung du , đồi núi thấp và đồi núi cao.
Lượng mưa: Miền núi phía Bắc có thể chia thành 2 mùa: Mùa hè nóng
ẩm mưa nhiều và mùa đông lạnh và khô hạn. Lượng mưa cũng thay đổi theo
độ cao của địa hình đồi núi
Hướng gió: Mang tính chất chung khí hậu nhiệt đới gió mùa, vùng Tây
Bắc có chế độ gió thay đổi theo mùa rõ rệt, chịu ảnh hưởng nhiều của hướng
núi dãy Trường Sơn: gió mùa đông và gió mùa hè. Vùng Đông Bắc chịu ảnh
hưởng của các dãy núi hướng Đông Bắc nên chịu ảnh hưởng của gió mùa
Đông Bắc.
Sự hoạt động của gió mùa đã tác động đến khí hậu. Gió mùa đông bắc
làm cho nhiệt độ hạ thấp ở vùng núi cao kèm theo hiện tượng sương muối,

sương giá. Gió tây nam vốn là luồng khí có hàm lượng ẩm cao, khi vượt qua
dãy Trướng Sơn đã trở thành luồng gió khô nóng. Đó là gió Lào. Gió này làm
nhiệt độ của vùng lên đến 39 – 41oC, độ ẩm chỉ còn 30 – 45% [69] [70].
18


1.3.3. Hệ thống sông ngòi
Các tỉnh miền núi phía Bắc Tuyên Quang, Hà Giang, Lạng Sơn, Sơn La
và Hòa Bình có hệ thống sông suối dày đặc chảy theo hướng của các dãy núi
với nhiều con sông lớn như Sông Lô, sông Ngâm, sông Phó Đáy, sông Đà,
sông Bôi, sông Bưởi, sông Mã với tổng chiều dài lên đến hàng ngàn km và
diện tích lưu vực lên tới hàng trăn nghìn km2.
1.3.4. Đặc điểm nhân văn
Hiện nay do được vận động và sự hiểu biết thì phần lớn dân cư trong
vùng đã ổn định cuộc sống định canh, định cư, nhưng còn gặp nhiều khó khăn
bởi dân tập trung sống trên địa hình núi cao, gặp nhiều thiên tai, ảnh hưởng
đến đời sống dân trí. Con người những nơi này vẫn còn phụ thuộc nhiều vào
nguồn tài nguyên thiên nhiên, sử dụng bất cứ nguồn lợi thiên nhiên nào để
phục vụ cho mình. Cá là đối tượng thường được săn bắt làm thực phẩm, bị
khai thác quá mức nên số lượng trong tự nhiên ngày càng giảm sút; nhiều loài
có nguy cơ khó có thể phục hồi được. Hơn nữa hoạt động khai thác vàng, khai
thác quặng than, sắt... làm ô nhiễm nguồn nước cũng là nguyên do cá giảm sút
cả về sản lượng và số loài.
1.4. Tổng quan về ứng dụng di truyền phân tử trong thủy sản
1.4.1. Ý nghĩa của việc lựa chọn chỉ thị phân tử
Sử dụng chỉ thị phân tử trong nông nghiệp và trong thủy sản có vai trò
quan trọng. Trong chọn giống có thể phát hiện những cá thể có chứa một gen
mong muốn trong quần thể phân ly dựa vào một đoạn ADN liên kết chặt chẽ
với gen đó. Vì vậy, có thể đánh giá từng cá thể trong quần thể phân ly ở bất
kỳ giai đoạn sinh trưởng nào, có thể chọn lọc cùng một lúc nhiều tính trạng

mong muốn. Mặt khác dùng chỉ thị phân tử có thể làm tăng hiệu quả và độ
chính xác trong việc chọn lọc các tính trạng mong muốn, loại trừ được sự
tương tác giữa các alen của một locus hoặc giữa các locus khác nhau lên sử
biểu hiện tính trạng.
19


Chỉ thị phân tử còn dùng để đánh giá đa dạng di truyền các quẩn thể
sinh vật, đánh giá mức độ quan hệ giữa các cá thể. Từ đó có những biện pháp
cần thiết để bảo vệ đa dạng sinh học các quần thể sinh vật …
Trong những năm gần đây, cùng với sự phát triển nhanh chóng trong
nghiên cứu bộ gen thì người ta đã dùng chỉ thị phân tử để thiết lập chi tiết các
bản đồ gen về các chỉ thị phân tử liên kết với các gen quy định tính trạng quan
trọng trong nghiên cứu thực vật, động vật và thủy sản. Trên cơ sở đó các nhà
sinh học đã chọn lọc được các giống tốt gián tiếp dựa vào các chỉ thị phân tử
liên kết được các gen quy định tính trạng mong muốn, đánh giá được độ đa
dạng sinh học các quần thể sinh vật.
1.4.2. Ứng dụng của chỉ thị phân tử trong nghiên cứu thủy sản ở Việt Nam
Những nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử tạo vật liệu khởi đầu trong
chọn giống ở Tôm sú, cá Tra tại Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I, II và
Viện Công nghệ sinh học... đã cho thấy những tiềm năng to lớn của việc ứng
dụng công nghệ di truyền phân tử trong nuôi trồng thủy sản.
Phạm Anh Tuấn và Nguyễn Hữu Ninh (2003), sử dụng chỉ thị
Microsatellite nghiên cứu biến dị về màu sắc thịt trắng và thịt vàng của cá Tra
đã công bố sự sai khác về tần số alen và xuất hiện alen đặc trưng (alen F) ở
locus Phy03 giữa hai loại cá có màu sắc thịt khác nhau, khoảng cách di truyền
của hai loại cá thịt trắng và cá thịt vàng là khá lớn 0,145 [35].
Đào Thị Tuyết và ctv (2003) sử dụng chỉ thị RAPD để đánh giá đa hình
di truyền 4 quần thể Cá Tra nuôi (Pangasius hypophthamus) ở Việt Nam
được ký hiệu R (Trại bà Rô), D (Trại ông Dương), T (Trại ông Tường) và TN

(quần thể tự nhiên). Kết quả đa hình RAPD với mồi A7 giúp phân biệt được
quần thể R với D, T và TN ở chỉ thị băng ADN có kích thước 2400 bp, giữa
các quần thể R, T với D, TN ở chỉ thị 2200 bp; Với mồi A8 giúp phân biệt
được quần thể D với 3 quần thể còn lại ở chỉ thị phân tử lớn hơn 500 bp; D, R
20


với T, TN ở chỉ thị phân tử 1800 – 1900 bp; Với mồi 101 giúp phân biệt quần
thể TN với các quần thể còn lại ở chỉ thị phân tử 1800 – 2200 bp ...[38].
Thái Thanh Bình và Christoppher Austin đã giải trình tự ADN vùng
gen ty thể để đánh giá đa dạng di truyền của các quần thể cá chép đỏ thu từ
các tỉnh Cao Bằng, Yên Bái, Bắc Kạn, Quảng Bình, Đắk Lắk, cá chép trắng,
vàng thu từ Inđônêxia, cá chép vảy thu từ Hungari, cá chép đỏ thu từ Trung
Quốc và cá chép Koi thu từ Nhật Bản cũng được giải trình tự để so sánh. Mặc
dù hình thái gần giống nhau nhưng kết quả phân tích ADN cho thấy đa dạng
haplotype cao 0,80 ± 0,17, kết quả phân tích cây phân loài cho thấy cá chép
đỏ Đắk Lắk, Cao Bằng, Bắc Kạn có quan hệ gần gũi và khác xa với cá chép
Quảng Bình và Yên Bái. Các dòng cá chép đỏ ở Việt Nam có quan hệ với cá
chép vàng Inđônêxia nhưng khác xa với cá chép đỏ thu từ Trung Quốc, cá
chép Koi của Nhật Bản và cá chép vẩy Hungari. Kết quả nghiên cứu bước đầu
cung cấp thông tin quan trọng cho việc định hướng bảo tồn các dòng cá đỏ
bản địa [45].
Bên cạnh những thành công của việc ứng dụng chỉ thị phân tử vào
nghiên cứu Cá thì những thành công của việc ứng dụng chỉ thị phân tử vào
nghiên cứu Tôm phải kể đến:
Quyền Đình Thi [34] sử dụng chỉ thị Microsatellite, mtRFLP và RAPD
để phân tích đa hình ở 20 mẫu Tôm Sú (Peneaus monodo) đã phát hiện 20
kiểu gen khác nhau với giá trị thông tin đa hình (PIC) luôn lớn hơn 0,5. Phân
tích RFLP của hai phân đoạn 16S rARN và 12S rARN của mtADN cho thấy
tính đa hình thấp.

Sử dụng chỉ thị Microsatellite để đánh giá đa hình 3 quần thể Tôm Sú
nuôi ở Việt Nam, quần thể I có nguồn gốc ở Miền Bắc, quần thể II có nguồn
gốc ở Miền Trung và quần thể III có nguồn gốc nhập ngoại từ Singapore,
Nguyễn Thị Thảo đã báo cáo đa hình của 6 locus CSCUPmo1, CSCUPmo2,
21


CSCUPmo3, CSCUPmo4, CSCUPmo5, CSCUPmo6. Tính đa hình trong mỗi
quần thể là rất cao với giá trị thông tin đa hình (PIC) lớn hơn 0,829, tính đa
hình giữa các quần thể lớn hơn 0,913. Khoảng cách di truyền giữa các quần
thể trong khoảng 0,4693 – 0,7268 [34].
Nguyễn Thành Tâm và Phạm Thanh Liêm sử dụng chỉ thị
Microsatellite và RAPD để đánh giá đa dạng di truyền của 2 quần thể Tôm
càng xanh Việt Nam và Trung Quốc cùng với 6 cặp mồi Microsatellite và 5
cặp mồi ngẫu nhiên RAPD. Kết quả chỉ có một vệt băng cho tất cả 6 mồi
Microsatellite giữa Tôm càng xanh Việt Nam và Trung Quốc. Tuy nhiên kết
quả phân tích bằng kỹ thuật RAPD lại cho thấy sự khác biệt di truyền giữa 2
quần thể Tôm với trung bình 14,9 alen ở Tôm càng xanh Trung Quốc và 12,9
alen ở Tôm càng xanh Việt Nam, đa dạng haplotype ở Tôm càng xanh Trung
Quốc là 0,84 – 0,88 và 0,86 – 0,88 ở Tôm càng xanh Việt Nam [35].
Trần Thị Thúy Hà và ctv sử dụng 5 chỉ thị Microsatellite để đánh giá đa
dạng di truyền với 2 phản ứng PCR đa mồi áp dụng trong 5 quần thể Tôm thẻ
chân trắng (Litopennaeus vannamei) nuôi ở Việt Nam. Số alen trên mỗi vị trí
Microsatellite dao động từ 6 – 8 alen và có alen xuất hiện với tần số thấp (nhỏ
hơn 0,1). Giá trị dị hợp tử quan sát (Ho, dao động từ 0,21 – 0,50) thấp hơn so với
dị hợp tử mong đợi (He, dao động từ 0,41 – 0,72). Giá trị tương đồng (Fis) trung
bình dao động khoảng 0,18 – 0,40 và cao ở 2 vị trí TUMXL v6.23 và Lvan 01
trên các quần thể đạt 0,446 – 0,496. Giá trị Fst đạt ở mức trung bình 0,054 –
0,185 và không thể hiện sự sai khác lớn về di truyền giữa các quần thể [19].
1.4.3. Giải trình tự ADN ở ty thể ứng dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền.

Các nghiên cứu trên ADN ty thể cho thấy hệ gen ty thể có những đặc
trưng riêng, phân biệt với hệ gen nhân. Hệ gen ty thể có đặc tính di truyền
theo dòng mẹ, có từ vài trăm đến vài nghìn bản copy trong một tế bào. Phân
tử ADN ty thể mạch vòng, kép, có kích thước nhỏ nên tồn tại lâu, số lượng
22


bản sao lớn, bền vững hơn ADN nhân khi tách chiết và lại chứa các gen tối
cần thiết cho hoạt động sống của tế bào do vậy mà ADN ty thể được coi là đối
tượng lý tưởng đển nghiên cứu hệ gen phục vụ cho phân loại. Các gen trong
ty thể có hệ số biến đổi nhanh hơn hệ gen trong nhân tế bào từ 10 – 15 lần nên
rất thuận lợi cho việc nghiên cứu về tiến hóa và đánh giá đa dạng di truyền.
ADN ty thể được ưu tiên sử dụng trong giải trình tự để xác định đa
dạng sinh học và biến động di truyền của sinh vật bởi vùng mã hóa lớn, không
tái tổ hợp, di truyền theo dòng mẹ [66], cho kết quả nhanh, chính xác, thu
mẫu không gây hại tới động vật và số lượng bản sao lớn [66]. ADN nhân di
truyền từ cả bố và mẹ và bị phân ly qua mỗi thế hệ nên việc dò tìm tổ tiên và
mối quan hệ di truyền của đoạn ADN nào đó trở nên rất khó khăn. Trong khi
đó, ADN ty thể di truyền theo dòng mẹ, nên có thể hạn chế trường hợp này
[60]. Sự tái tổ hợp (recombination) trên ADN ty thể thường không xảy ra, nên
sẽ không hình thành các đoạn ADN tái tổ hợp [52]. Một tế bào chứa vài trăm
ty thể, mà một ty thể chứa hàng chục bản sao bộ gen của nó. Vì vậy,
trong một tế bào có thể chứa được hàng ngàn bản sao của bộ gen ty thể,
nhưng bộ gen nhân thì chỉ có hai bản sao.
Hơn nữa, ở ADN nhân, vùng không mã hóa chiếm tới 93%;
trong khi ở ADN ty thể, vùng không mã hóa chỉ chiếm 3% [66]. Các vùng
không mã hóa này sẽ làm cho quá trình giải trình tự thêm phức tạp vì đôi khi
cần phải tạo dòng để thu được đoạn gen mong muốn [64]. Việc khuếch đại
các đoạn gen của ADN ty thể chỉ cần một số lượng giới hạn các đoạn mồi.
Trên thực tế, sử dụng một cặp mồi chung khuếch đại đoạn gen cytochrome

oxidase subunit 1 (CO1) của ADN ty thể có thể định danh được đến loài ở
hầu hết các ngành thuộc hệ thống phân loại động vật ngoại trừ ngành ruột
khoang Cnidaria. ADN ty thể là một công cụ đắc lực trong xác định các loài,

23


đánh giá mối quan hệ của các loài với nhau và cung cấp dữ liệu di truyền
trong công tác bảo tồn các loài đang bị đe dọa và có nguy cơ tuyệt chủng.
Tuy nhiên, việc sử dụng ADN ty thể cũng có một số giới hạn. Kích
thước của ADN ty thể nhỏ, nên chỉ thể hiện một phần vật chất di truyền. Tỷ lệ
đột biến ở ADN ty thể cao hơn ADN nhân, trong khi đó kích thước ADN ty
thể lại nhỏ, nên đột biến có thể dễ dàng xảy ra mà không phản ánh được mối
quan hệ phát sinh loài hay lịch sử tiến hóa. Hơn nữa, việc không tuân theo
quy luật di truyền của Mendel không phù hợp với nhiều nghiên cứu di truyền.
Người ta đề nghị nên sử dụng kết hợp các chỉ thị phân tử để có kết quả với độ
chính xác cao. Các marker ADN ty thể được sử dụng kết hợp với
marker ADN nhân trong một số trường hợp cho thấy mối quan hệ tiến hóa rõ
hơn. ADN ty thể được chứng minh là công cụ hữu hiệu trong xác định các
loài, đánh giá mối quan hệ của các loài với nhau và cung cấp dữ liệu di truyền
trong công tác bảo tồn các loài đang bị đe dọa và có nguy cơ tuyệt chủng [66].
1.4.4. Vùng gen 16S và COI.
Vùng gen 16S từ lâu được biết đến như là thước đo về sự biến đổi trong
hệ gen của các sinh vật. Ribosome ty thể 55S ở động vật gồm tiểu đơn vị lớn
16S và tiểu đơn vị nhỏ 12S. Vùng gen 16S và COI có chức năng cần thiết cho
sự sống đồng thời nó vừa có vùng bảo tồn, vừa có vùng biến động ở các cấp
độ khác nhau giúp cho gen 16S và COI luôn là sự lựa chọn trong việc xác
định loài, đánh giá mức độ đặc trưng cho loài. Bên cạnh đó, số lượng trình tự
16S và COI được nghiên cứu rất chi tiết và nhiều trình tự của các loài, giống
đã được giải mã, công bố trên ngân hàng gen. Sự tiến hóa và biến đổi của các

vùng gen là rất thấp.
Do có những đặc điểm riêng hình thành trong suốt quá trình tiến hóa
nên các vùng gen 16S và COI được dùng để giải trình tự giúp cho việc phân
loại, xác định mối quan hệ giữa các loài và đánh giá đa dạng di truyền [22].
1.4.5. Những nghiên cứu liên quan đến vùng gen 16S và COI trong lĩnh
vực thủy sản.
24


Nguyễn Anh và ctv đã xác định được trình tự gen 16S rADN và gen
Cytb hệ gen ty thể của 8 loài cá song có giá trị kinh tế cao thu thập tại vùng
biển Việt Nam, phân tích tỉ lệ tương đồng và mối quan hệ phả hệ với 16 loài
của thế giới. Tám loài nghiên cứu được phân thành 2 nhánh, nhánh 1 bao gồm
các mẫu ở Hải Phòng, Nha Trang và Đồng Nai ( EpHP, EpS1, EpS2, EpS5,
EpS9, EpS10) có độ đồng nhất 100% với các loài cá Song Trung Quốc thuộc
loài E. coicoides. Hai mẫu cá Song Hải Phòng (EpS3, EpS8) thuộc nhánh 2,
không phải là loài E. Coicoides [1].
Thái Thanh Bình 2009, đã nghiên cứu phân loại cua xanh (Scylla sp)
dựa trên trình tự ADN vùng gen Cytochrome oxdase subunitl (COI) đối với
33 mẫu cua xanh được thu từ 10 tỉnh ven biển Việt Nam và Úc. Trình tự ADN
của cua xanh Việt Nam cũng được so sánh với trình tự DNA của cua xanh ở
các nước Trung Quốc, Úc và Inđônêxia. Kết quả nghiên cứu cho thấy vùng
gen COI rất hữu hiệu trong việc nhận dạng 4 loài cua xanh có ở Việt Nam:
Scylla paramamosian, S. Serrata, S. Olivacea và S. Tranquebaria. Loài
Scylla paramamosian là loài gặp phổ biến nhất. Kết quả nghiên cứu góp phần
quan trọng trong việc xây dựng hệ thống phân loại, định hướng lựa chọn vật
liệu cho chọn giống và bảo tồn các loài cua xanh ở Việt Nam [12].
Trương Ngọc Trinh và ctv (2012), đã so sánh đặc điểm hình thái và di
truyền của các dòng cá rô đồng bằng giải trình tự vùng gen COI, khi so sánh
trình tự gen COI của 5 mẫu cá rô đồng tự nhiên thu từ Cà Mau (gọi tắt là cá rô

Cà Mau) với 5 mẫu cá rô đầu vuông đã báo cáo mức độ tương đồng di truyền
giữa chúng lên đến 99 – 100%, tương tự mức tương đồng độ các cá thể trong
cùng dòng. Trình tự vùng gen COI của 10 mẫu cá rô (kể cả mẫu cá rô đầu
vuông) trong nghiên cứu là tương đồng 97% với COI của cá rô Anabas
testudineus [38].

25