..
LỜI CAM ĐOAN
Tơi xin chịu hồn tồn trách nhiệm về những số liệu và kết quả trong luận
văn này.
Tôi xin cam đoan đây là cơng trình nghiên cứu của riêng tôi, những số liệu,
kết quả trong luận văn là trung thực và chưa từng được ai công bố trong bất kỳ cơng
trình nào khác.
HỌC VIÊN
Nguyễn Ngọc Linh
LỜI CẢM ƠN
Để hồn thành được luận văn này tơi xin trân trọng cảm ơn :
Ban Giám hiệu, Viện Công nghệ Sinh học- Công nghệ Thực phẩm và
Viện Đào tạo Sau Đại học, Trường Đại học Bách khoa Hà Nội.
Ban Giám đốc, Ban chủ nhiệm Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung
ương.
Đã tạo điều kiện giúp đỡ tơi trong suốt q trình học tập.
Tơi xin gửi tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Thầy hướng dẫn khoa học: TS. Nguyễn
Thị Thu Thủy, Trưởng phịng thí nghiệm Arbo, Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ
Trung ương đã tận tình chỉ bảo, dìu dắt và truyền đạt cho tơi những kinh nghiệm
q báu trong suốt q trình nghiên cứu từ những bước đầu tới khi hoàn thành luận
văn, tạo mọi điều kiện thuận lợi để tôi được học tập, nâng cao và mở rộng kiến
thức, để tôi có được kết quả như ngày hơm nay. Tơi cũng xin gửi lời cảm ơn chân
thành nhất đến PSG.TS. Khuất Hữu Thanh, Phó giám đốc Trung tâm Nghiên cứu
và Phát triển Công nghệ Sinh học, Viện Công nghệ Sinh học- Công nghệ Thực
phẩm, Trường Đại học Bách khoa Hà Nội đã hướng dẫn tơi những kiến thức
chun ngành với lịng nhiệt tình trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hồn
thành luận văn.
Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới các Thầy, Cô giáo Viện Công nghệ
Sinh học- Công nghệ Thực phẩm đã cho tôi những kiến thức bổ trợ, vơ cùng có
ích trong những năm học vừa qua.
Tôi xin trân trọng gửi lời cảm ơn tới PGS.TS. Lê Thị Quỳnh Mai, Phó Viện
trưởng, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, TS. Hoàng Vũ Mai Phương, TS.
Nguyễn Lê Khánh Hằng, lãnh đạo Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương
cùng các anh chị và các bạn đồng nghiệp cơng tác tại Phịng Thí Nghiệm Arbo,
Phịng Thí Nghiệm Dự án NIHE-Nagasaki, Khoa Vi rút, Viện Vệ sinh Dịch tễ
Trung ương đã nhiệt tình giúp đỡ và ủng hộ tơi trong suốt q trình nghiên cứu và
hồn thành luận văn.
Tôi xin được gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Gia đình, những người thân và bạn bè
đã luôn bên cạnh giúp đỡ, ủng hộ, động viên, và khuyến khích tơi trên con đường sự
nghiệp khoa học để tôi đạt được thành quả ngày hôm nay.
Hà Nội, ngày 25 tháng 04 năm 2016
NGUYỄN NGỌC LINH
MỤC LỤC
TRANG PHỤ BÌA
LỜI CAM ĐOAN
LỜI CÁM ƠN
MỤC LỤC
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
DANH MỤC BẢNG
DANH MỤC HÌNH, SƠ ĐỒ
MỞ ĐẦU .................................................................................................................... 1
CHƢƠNG I: TỔNG QUAN ..................................................................................... 3
1.1.Bệnh sốt xuất huyết ............................................................................................. 3
1.1.1. Tổng quan về bệnh sốt xuất huyết trên thế giới .............................................. 3
1.1.2. Tình hình bệnh sốt xuất huyết ở Việt Nam ...................................................... 5
1.1.3. Tình hình bệnh sốt xuất huyết tại Hà Nội........................................................ 7
1.1.4. Sự lưu hành vi rút Dengue tại Hà Nội từ năm 2000-2015 ............................. 9
1.2.Vi rút Dengue..................................................................................................... 14
1.2.1. Vị trí phân loại ................................................................................................ 14
1.2.2. Hình thái ......................................................................................................... 15
1.2.3. Đặc tính các protein của vi rút Dengue ........................................................ 18
1.2.4. Quá trình xâm nhập của vi rút vào tế bào..................................................... 21
1.3.Dịch tễ học truyền bệnh .................................................................................... 22
1.3.1. Vật chủ, vectơ và các chu kì truyền bệnh ...................................................... 22
1.3.2. Tiệu chứng lâm sàng....................................................................................... 24
1.4.Biện pháp kiểm soát và phòng chống SD/SXHD ............................................ 27
1.4.1. Chủ động giám sát bệnh SD/SXHD ............................................................... 27
1.4.2. Kiểm soát vectơ truyền bệnh .......................................................................... 27
1.4.3. Vacxin phịng chống SD/SXHD ..................................................................... 27
1.5.Chẩn đốn phịng thí nghiệm ........................................................................... 28
1.5.1. Phương pháp huyết thanh học ....................................................................... 29
1.5.2. Phương pháp phân lập vi rút ......................................................................... 31
1.5.3. Phương pháp sinh học phân tử ...................................................................... 31
CHƢƠNG II. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP ................................................. 37
2.1. Đối tƣợng và vật liệu ........................................................................................ 37
2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ..................................................................................... 37
2.1.2. Vật liệu............................................................................................................. 37
2.2. Phƣơng pháp ..................................................................................................... 41
2.2.1. Quy trình thực hiện xét nghiệm vi rút Dengue tại phịng thí nghiệm .......... 41
2.2.2. Phương pháp sinh học phân tử ...................................................................... 42
2.2.3. Phương pháp phân lập vi rút trên tế bào ...................................................... 43
2.2.4. Phương pháp giải trình tự gen. ...................................................................... 45
CHƢƠNG III. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN .......................................................... 51
3.1. Kết quả lựa chọn dòng tế bào cảm nhiễm thích hợp .................................... 51
3.2. Kết quả giải trình tự gen vùng gen E của vi rút Dengue 1. .......................... 53
3.3. Lựa chọn các chủng vi rút Dengue 1 sử dụng cho phân tích cây phát sinh
lồi ............................................................................................................................. 55
3.4. Kết quả so sánh độ tƣơng đồng giữa các chủng vi rút Dengue típ 1 của Việt
Nam........................................................................................................................... 57
3.4.1. Độ tương đồng về Nucleotide giữa các chủng dengue típ 1 của Hà Nội .... 57
3.4.1. Độ tương đồng về Axit Amin giữa các chủng Dengue típ 1 của Hà Nội .... 58
3.5. Kết quả tạo cây chủng loại phát sinh Dengue típ 1 ....................................... 61
KẾT LUẬN .............................................................................................................. 67
KIẾN NGHỊ ............................................................................................................. 68
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT
ADN
Acid Deoxy Ribonucleic
ARN
Acid Ribonucleic
CDC
Centers for Disease Control and Prevention
(Trung tâm phịng chống và kiểm sốt bệnh tật Hoa Kỳ)
DENV
Dengue Vi rút
Kb
Kilobase
PCR
Polymerasa Chain Reaction
(Phản ứng tổng hợp chuỗi polymerase)
PTN
Phịng thí nghiệm
SD
Sốt Dengue
SXHD
Sốt Xuất Huyết Dengue
TCYTTG
Tổ chức y tế thế giới
DANH MỤC BẢNG
Bảng 1.1. Phân bố ca bệnh theo giới tính ................................................................... 10
Bảng 1.2. Phân bố các típ huyết thanh lưu hành tại Hà Nội theo năm ....................... 12
Bàng 1.3. Phân chia cấp độ nặng nhẹ của sốt xuất huyết Dengue .............................. 25
Bảng 1.4. Biểu hiện lâm sàng của bệnh SXHD liên quan đến típ huyết thanh........... 26
Bảng 3.1.Các chủng DENV 1 phân lập tại Hà Nội giai đoạn từ 1998-2015 .............. 56
Bảng 3.2. Độ tương đồng về Nucleotide giữa các chủng Dengue típ 1 của Hà Nội .. 57
Bảng 3.3. So sánh độ tương đồng về Axit Amin của vi rút Dengue típ 1 tại Hà Nội . 58
DANH MỤC HÌNH VÀ SƠ ĐỒ
No table of contents entries found.Hình 3.5: Kết quả so sánh trình tự axit amin
của các chủng Dengue 1 lưu hành tại Hà Nội ....................................................... 59
Hình 3.6: So sánh độ tương đồng về axit amin của Dengue típ 1 tại Hà Nội giữa
các năm 1999, 2004, 2008, 2009 .............................................................................. 60
Hình 3.7: Các kiểu gen của cây phát sinh loài của vi rút Dengue 1 ..................... 63
Hình 3.8: Cây phát sinh lồi của vi rút Dengue 1 .................................................. 66
BIỂU ĐỒ
Biều đồ 1.1: Phân bố bệnh nhân sốt xuất huyết theo năm và tháng ....................... 9
Biều đồ 1.2: Tỉ lệ bệnh nhân mắc sốt xuất huyết theo giới tính, 2000-2015......... 11
Biểu đồ 1.3: Phân bố típ huyết thanh của vi rút Dengue lưu hành tại Hà Nội .... 13
Biểu đồ 1.4: Tỷ lệ phần trăm phân bố tip huyết thanh của vi rút Dengue lưu hành
tại Hà nội từ 2000-2015 ........................................................................................... 13
MỞ ĐẦU
Hội chứng sốt xuất huyết do tác nhân vi rút là một nhóm các bệnh do vi rút
như vi rút thuộc họ Flaviridae, Filoviridae, Bunyaviridae. Một số loài vi rút gây
bệnh thể nhẹ như sốt Nephropathia Scandinavia, Zika, trong khi đó một số khác có
thể gây bệnh tương đối nặng, thậm chí có thể gây tử vong, chẳng hạn như sốt Lassa,
Marburg, Ebola, Hanta, Crimea-Congo, và phổ biến nhất vẫn là sốt xuất huyết
Dengue. Bệnh sốt xuất huyết Dengue là một trong những bệnh truyền nhiễm có tốc
độ lây lan rất nhanh trên thế giới, cho đến nay vi rút Dengue đã được ghi nhận lưu
hành ở trên 100 nước thuộc các khu vực có khí hậu nhiệt đới và á nhiệt đới, vùng
Đơng Nam Á, Tây Thái Bình Dương, Châu Mỹ, và Châu Phi [1]. Việt Nam là quốc
gia có tỉ lệ bệnh nhân sốt xuất huyết cao trong khu vực Đông Nam Á. Theo số liệu
thống kê của Bộ Y tế Việt Nam, trong 20 năm gần đây số mắc và chết do bệnh ngày
càng gia tăng. Từ năm 1998 trở lại đây tình hình bệnh sốt xuất huyết có diễn biến
phức tạp, trong đó, miền Nam được ghi nhận là khu vực nóng nhất trong cả nước về
số ca mắc ,và chết. Tuy nhiên, việc giám sát bệnh tại những khu vực khác như miền
Bắc, miền Trung, và Tây Nguyên cũng là một vấn đề y tế cần quan tâm [2].
Trong hơn 20 năm trở lại đây, Việt Nam ghi nhận rất nhiều vụ dịch sốt xuất
huyết lớn, như vào năm 1998 với 324.866 ca mắc và 384 trường hợp tử vong, căn
nguyên của vụ dịch đó được xác định là vi rút Dengue típ 3. Ngồi ra khơng thể
khơng nhắc đến vụ dịch lớn vào năm 2009,cả nước ghi nhận có 105,370 trường hợp
mắc và 87 ca tử vong. Riêng tại Hà Nội, số trường hợp mắc sốt xuất huyết ghi nhận
15.444 ca chiếm 87% số trường hợp mắc trong khu vực phía Bắc, số tử vong là 4
chiếm 100% so với toàn miền Bắc và ngun nhân chính đó là vi rút Dengue 1.
Năm 2015, khu vực miền Bắc, Việt Nam ghi nhận 16.047 ca mắc sốt xuất huyết,
trong đó 90% các ca bệnh chủ yếu tập trung tại Hà Nội (14.560 ca bệnh) [4]. Vi rút
Dengue 1 và Dengue 2 là nguyên nhân gây ra vụ dịch này. Chính do những nguyên
nhân trên, chúng tơi muốn tiến hành nghiên cứu tìm hiểu về vi rút Dengue típ 1 gây
dịch tại Hà Nội trong những năm gần đây nhằm xác định đặc tính, nguồn gốc giả
1
định, cũng như xác định sự tiến hóa về mặt di truyền của vi rút Dengue típ 1 lưu
hành tại Hà Nội từ năm 2000- nay.
Vì vậy, chúng tơi thực hiện đề tài nghiên cứu:
"Tìm hiểu đặc tính của chủng vi rút Dengue típ 1 gây dịch tại Hà Nội, từ
năm 2000 đến nay"
Với mục tiêu:
1. Xác định dòng tế bào cảm nhiễm thích hợp đối với chủng vi rút Dengue 1.
2. Xác định độ tương đồng các trình tự nucleotide, axit amin, so sánh, lập sơ đồ
cây phát sinh loại của vi rút Dengue típ 1 tại Hà Nội với các vi rút Dengue
típ 1 phân lập tại các vùng khác ở Việt nam và trên thế giới, từ đó xác định
kiểu gen lưu hành, nguồn gốc giả định.
2
CHƢƠNG I: TỔNG QUAN
1.1.
Bệnh sốt xuất huyết
1.1.1. Tổng quan về bệnh sốt xuất huyết trên thế giới
Bệnh sốt xuất huyết là bệnh truyền nhiễm cấp tính chủ yếu do vi rút Dengue
(DENV) gây nên. Bệnh lây truyền từ người sang người qua vật chủ trung gian
truyền bệnh là muỗi vằn. Bệnh có thể gây thành dịch và tỷ lệ tử vong tương đối cao,
cụ thể theo Tổ chức Y tế thế giới, mỗi năm có khoảng 100 triệu trường hợp mắc, tỷ
lệ tử vong trung bình do sốt xuất huyết khoảng 2,5-5%. Bệnh lưu hành tại trên 100
quốc gia thuộc các khu vực có khí hậu nhiệt đới và á nhiệt đới như vùng Đơng Nam
Á và Tây Thái Bình Dương, châu Mỹ, châu Phi với khoảng 2,5 tỷ người sống trong
vùng nguy cơ [1,35]. Sự lây lan nhanh chóng của vi rút Dengue và bệnh sốt xuất
huyết là do sự kết hợp của các yếu tố: sự gia tăng đơ thị hố, tăng trưởng dân số, sự
di cư và sự giao lưu di chuyển trên thế giới, bên cạnh đó là những khó khăn trong
việc kiểm sốt có hiệu quả vector truyền bệnh. Sự biến đổi khí hậu cũng phần nào là
một yếu tố ảnh hưởng đến sự lây lan của sốt xuất huyết trên toàn thế giới [9].
Bệnh sốt xuất huyết đã được ghi nhận ở hầu hết các châu lục, trừ Nam Cực.
Từ xa xưa, các bệnh có triệu chứng tương tự sốt xuất huyết đã được mô tả trong tài
liệu ở Trung Quốc (992) và Tây Ấn (thế kỉ XVII). Những ghi nhận đầu tiên về bệnh
sốt Dengue/ sốt xuât huyết Dengue (SD/SXHD) trên thế giới vào năm 1779 tại
Jakarta (Indonesia) và Cairo (Ai Câp), 1780 tại Philadenphia (Mỹ). Tại khu vực
châu Á có những tài liệu ghi chú về lịch sử bệnh SD/SXHD xảy ra từ những năm
1927-1928 tại Athens (Hy lap) làm khoảng 1250 người chết, 1953-1954 tại
Philippine và trong vòng 20 năm sau đó bệnh SD/SXHD đã trải rộng khắp vùng
Đơng Nam châu Á tới Ấn Độ, Srilanka, Trung Quốc, Nam và Tây Thái Bình
Dương, Châu Phi, châu Mỹ và vùng biển Caribean. Tháng 5 năm 1945, lần đầu tiên
tác nhân gây bệnh được phân lập bởi Alber Sabin từ những binh lính bị ốm tại
Calcuta (Ấn Độ), NewGuinea và Hawaii. Những chủng vi rút Dengue mà Sabin
phân lập được tại Ấn Độ, New Guinea và một chủng tại Hawaii đều có tính kháng
3
ngun giống nhau ngồi ra cịn 3 chủng khác tại New Guinea, Sabin nhận thấy có
sự khác biệt về tính kháng nguyên với các chủng trên. Hai chủng vi rút này được
gọi là dengue típ 1 và dengue típ 2. Hai chủng vi rút dengue tiếp theo là dengue 3 và
dengue 4 đã được William Mcd Hammon và cộng sự phân lập được từ những trẻ
em bị bệnh sốt xuất huyết tại vụ dịch ở Manila năm 1956. Tiếp theo sau đó rất nhiều
chủng vi rút dengue được phân lập từ các vùng khác nhau trên thế giới nhưng tính
kháng nguyên của chúng đều được định dạng trong 4 típ huyết thanh trên [16, 34].
Các nhà nghiên cứu về vi rút dengue đã sớm cho rằng bệnh SD/SXHD được
lây truyền bởi muỗi nhưng mãi đến tận năm 1903, H. Graham mới chứng minh
được điều này. Năm 1906, T.L. Brabcroft đã chỉ ra rằng muỗi Aedes aegypti chính
là vectơ chính truyền bệnh SD/SXHD.Những nghiên cứu sâu hơn về sau cho thấy
muỗi A. Albopictus và A. Polynesiensis cũng tham gia vào việc truyền bệnh này.
Tới năm 1997 vi rút dengue và muỗi A. aegypti đã phát triển rộng trên toàn thế giới.
Theo những nhà nghiên cứu hiện nay trên thế giới có hơn 2.5 tỷ người sống trong
vùng nguy cơ dịch, mỗi năm có khoảng 100 triệu trường hợp mắc bệnh. SD/SXHD
trở thành vấn đề lớn ảnh hưởng tới sức khoẻ cộng đồng trên tồn cầu [12, 34, 36].
Hình 1.1. Tình hình mắc bệnh sốt xuất huyết trên thế giới năm 2015
4
Hình 1.2. Các nước có số ca mắc sốt xuất huyết trung bình/ năm cao trên thế giới
trong giai đoạn 2004-2010
1.1.2. Tình hình bệnh sốt xuất huyết ở Việt Nam
Việt Nam được xác định là một trong những nước đứng đầu khu vực Đông
Nam châu Á và thế giới về tỷ lệ mắc và chết do bệnh SD/SXHD (hình 1.2).Ở Việt
Nam, năm 1913 Gaide đã thông báo về bệnh sốt Dengue ở miền Bắc và miền
Trung.Năm 1929, Boye đã mô tả về một vụ dịch Dengue ở miền Nam xảy ra năm
1927.Năm 1960 vụ dịch SXHD lớn được mô tả với 60 trường hợp tử vong [1,5].
Những năm có dịch lớn xảy ra trên từng khu vực hay trên toàn lãnh thổ là: 1963,
1969, 1973, 1975, 1977, 1978, 1979, 1980, 1983, 1987, 1991, 1994, 1998, năm
2009, và năm 2015.
Trước năm 1990, bệnh SXHD mang tính chất chu kỳ tương đối rõ rệt, với
khoảng cách trung bình 3 - 4 năm. Sau năm 1990, bệnh xảy ra liên tục với cường độ
và qui mô ngày một gia tăng. Vụ dịch lớn gần đây nhất xảy ra vào năm 1998, có tới
57/61 tỉnh thành trong cả nước có xuất hiện dịch với 324.866 ca mắc và 384 trường
hợp tử vong [3, 5]. Căn nguyên của vụ dịch được xác định là vi rút Dengue típ 3.
Giai đoạn từ năm 1999-2003, số ca mắc trung bình năm đã giảm chỉ cịn 36.826
5
trường hợp và số tử vong là 66 trường hợp. Tuy nhiên từ năm 2004 đến năm 2009
số mắc và tử vong do sốt xuất huyết ngày càng có xu hướng gia tăng. Trong đó phải
kể đến vụ dịch lớn vào năm 2009,cả nước ghi nhận có 105,370 trường hợp mắc và
87 ca tử vong. Riêng tại Hà Nội, số trường hợp mắc sốt xuất huyết ghi nhận 16,090
ca chiếm 87% số trường hợp mắc trong khu vực phía Bắc, và căn nguyên chính của
vụ dịch này là DENV 1. [3]
Hình 1.3: Phân bố sốt xuất huyết Dengue tại Việt Nam năm 2013
Gần đây, số trường hợp mắc giảm từ 128.710 trường hợp năm 2010 xuống
còn 69.854 trường hợp năm 2011, trước khi tăng lên 84.303 trường hợp năm 2012,
với số ca tử vong lần lượt là 109, 61 và 77 ca. Năm 2013 dịch sốt xuất huyết khơng
có sự gia tăng đột biến ở khu vực miền Bắc và Nam, nhưng lại tăng cao và bùng
phát thành dịch ở khu vực miền Trung và Tây Nguyên với 204.661 ca mắc chiếm
6
83% tổng số trường hợp mắc của cả nước. Năm 2014, tình hình dịch sốt xuất huyết
có chiều hướng giảm chỉ ghi nhận 37.149 trường hợp mắc, và 20 ca tử vong [4].
Năm 2015, dịch sốt xuất huyết bùng phát ở khu vực miền Bắc với 16.047 trường
hợp tăng gấp 4 lần so với số mắc trung bình khu vực miền Bắc giai đoạn 2010 2014 (hình 1.4).
Hình 1.4.Số trường hợp mắc sốt xuất huyết tại Miền Bắc theo tháng, năm
2014, 2015, và trung bình giai đoạn 2010-2014.
1.1.3. Tình hình bệnh sốt xuất huyết tại Hà Nội
Hà Nội là địa phương lưu hành dịch SXHD, dịch có khả năng diễn biến phức
tạp do sự ảnh hưởng của các yếu tố nguy cơ như: đơ thị hóa diễn ra mạnh mẽ, di
biến động dân cư lớn, một số khu vực dân cư thiếu nước sạch, vệ sinh môi trường
kém, nhất là nơi học sinh, sinh viên, người ngoại tỉnh thuê trọ, các làng nghề buôn
bán phế liệu, phế thải, các công trình xây dựng nhiều tạo điều kiện cho muỗi sinh
sản. Bên cạnh đó thời tiết phức tạp thuận lợi cho sự phát sinh, phát triển của véc tơ
truyền bệnh SXHD làm tăng nguy cơ bùng phát dịch [9].
7
Từ năm 2006-2011, Hà Nội ghi nhận 30.665 trường hợp mắc và 4 ca tử
vong, số ca mắc trung bình/năm là 5.110 và tỷ lệ chết trên mắc là 0,013%. Số mắc
tập trung yếu ở khu vực nội thành chiếm 77,2% tổng số ca mắc. Số mắc ghi nhận ở
tất cả các tháng và đạt đỉnh vào tháng 9, 10 và 11. Các ca bệnh chủ yếu trên 15 tuổi
chiếm 88,05% và phân bố đều ở cả hai giới. Thể lâm sàng nhẹ chiếm 78,7%, thể
lâm sàng nặng có sốc chiếm tỷ lệ rất ít. Ghi nhận sự lưu hành của cả 4 típ vi rút, tuy
nhiên DENV 1 và 2 có xu hướng trội hơn.
Năm 2009 Hà Nội có 16.090 ca SXHD, số mắc tăng 6,7 lần so với năm
2008, tử vong 04 ca. Bệnh nhân phân bố ở 29/29 quận huyện với 521/577 xã
phường (90,3%), số quận huyện và xã phường có bệnh nhân đều tăng so với cùng
kỳ năm 2008. Dịch tản phát trên toàn thành phố chủ yếu là ổ dịch nhỏ.
Năm 2010 Hà Nội có 3.122 ca mắc SXHD, khơng có ca tử vong, số mắc giảm
80,1% so với cùng kỳ năm 2009 (16.090 ca). Các ca bệnh phân bố ở 29/29 quận
huyện. Tỷ lệ xã phường có bệnh nhân giảm 24,3% so với cùng kỳ năm 2009.
Hình 1.5 : Tỉ lệ mắc SXHD /100.000 dân tại Hà Nội năm 2013, 2014
Những năm gần đây, số mắc vẫn tập trung chủ yếu ở khu vực nội thành
(chiếm 76%) như Đống Đa, Hoàng Mai, Hai Bà Trưng, Hoàn Kiếm, Thanh Xuân…
8
và các huyện ngoại thành nơi đơ thị hóa cao như Từ Liêm, Thanh Trì. 60% bệnh nhân
là đối tượng học sinh, sinh viên, người lao động tự do và người ngoại tỉnh (hình 1.5).
1.1.4. Sự lƣu hành vi rút Dengue tại Hà Nội từ năm 2000- 2015
Theo báo cáo của Trung tâm Y tế Dự phòng Hà Nội, từ năm 2000-2015 có
tổng số 51.163 trường hợp mắc sốt xuất huyết tại Hà Nội:
1.1.4.1. Phân bố ca bệnh theo các tháng tại Hà Nội từ năm 2000- 2015
6000
5000
4000
3000
2000
1000
0
Tháng 1 Tháng 2 Tháng 3 Tháng 4 Tháng 5 Tháng 6 Tháng 7 Tháng 8 Tháng 9 Tháng Tháng Tháng
10
11
12
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
Biều đồ 1.1: Phân bố bệnh nhân sốt xuất huyết theo năm và tháng
2000-2015
Theo số liệu trên nhận thấy, số mắc có sự khác biệt giữa các năm nhưng diễn
biến dịch trong năm thường giống nhau, bệnh nhân xuất hiện rải rác từ đầu năm sau
đó số mắc liên tục gia tăng từ tháng 6 và đạt đỉnh vào tháng 10 và số mắc giảm
nhanh vào 2 tháng cuối năm (Biểu đồ 1.1). Riêng có năm 2015, do tình hình thời
tiết có nhiều bất thường, Việt Nam là nước nằm trong vùng chịu tác động của El
9
Nino, cho nên các ca mắc sốt xuất huyết năm nay có xu hướng gia tăng muộn hơn
và kéo dài hơn so với mọi năm (từ tháng 7 – tháng 12)
1.1.4.2. Phân bố ca bệnh theo độ tuổi và giới tính
Bảng 1.1. Phân bố ca bệnh theo giới tính
Nữ
Nam
2000
60
47
2001
70
66
2002
50
48
2003
265
260
2004
300
295
2005
395
372
2006
1386
1099
2007
926
878
2008
1103
1028
2009
8389
7786
2010
383
317
2011
2429
2350
2012
696
672
2013
1309
1830
2014
735
1059
2015
7425
7135
25921
25242
Tổng số
10
49.34%
50.66%
Nam
Nữ
Biều đồ 1.2: Tỉ lệ bệnh nhân mắc sốt xuất huyết theo giới tính, 2000-2015
So sánh với tỷ lệ mắc sốt xuất huyết ở các khu vực khác của Việt Nam, thì
biểu đồ trên cũng cho thấy tỷ lệ mắc bệnh ở nam và nữ là tương đối giống nhau, lần
lượt là 50,66% và 49,34%.
Tỷ lệ bệnh nhân mắc sốt xuất huyết là trẻ em dưới 15 tuổi chiếm tỷ lệ
thấpkhoảng 10%, trong khi đó lại tập trung chủ yếu ở độ tuổi lao động chiếm tới
90% tổng số bệnh nhân toàn thành phố. Kết quả này tương đồng với đặc điểm dịch
tễ học SXHD ở các tỉnh miền Bắc. Tuy nhiên, kết quả này không tương đồng với
các số liệu thu thập được ở miền nam Việt Nam về các trường hợp mắc SXHD với
tỉ lệ mắc SXHD ở trẻ em dưới 15 tuổi luôn chiếm tỉ lệ lớn hơn các nhóm tuổi khác.
Cụ thể, theo kết quả nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học SXHD tại Bạc Liêu giai đoạn
2006-2012 của Phạm Thị Nhã Trúc cho biết nhóm tuổi mắc SXHD nhiều nhất là từ
6 - 15 tuổi chiếm 50,2%. Độ tuổi mắc đang có chiều hướng tăng dần trong nhóm 16
-25 tuổi chiếm 27% và giảm dần từ 31 tuổi trở lên [5]. Trong khu vực Đông Nam Á,
sự khác biệt về lứa tuổi hay mắc SXHD cũng rất rõ ràng, trong khi Thái Lan,
Indonesia là những nước có tỉ lệ cao ca bệnh SXHD là trẻ em thì tại Malaysia,
Philippin những người trên 15 tuổi mắc SXHD lại chiếm đa số [24]. Trên thực tế tại
Hà Nội, lứa tuổi mắc bệnh trên 15 tuổi là một điều kiện thuận lợi cho cơng tác
truyền thơng phịng chống bệnh SXHD, tập trung truyền thông vào đối tượng từ vị
thành niên trở lên - đối tượng có khả năng nhận thức cao và tự chăm sóc bản thân sẽ
tạo hiệu quả cao.
11
1.1.4.3. Sự phân bố các típ vi rút Dengue lưu hành tại Hà Nội
Trong giai đoạn 2000- 2015, tổng số 1.227 mẫu huyết thanh sớm của bệnh
nhân nghi mắc sốt xuất huyết tại Hà Nội được xét nghiệm tại viện VSDTTU số mẫu
dương tính là 419 mẫu chiếm 34.15%.Ghi nhận cả 4 típ vi rút dengue nhưng vi rút
dengue 1 và dengue 2 vẫn chiếm tỷ lệ lớn 36.28 % và 44.87 % so với dengue 3 và
dengue 4 là 11.69 % và 7.16 %, theo thứ tự (bảng 3.2). Sự xuất hiện của dengue 1
với tỷ lệ cao trong giai đoạn này tương đồng với những báo cáo của các nước láng
giềng như Thái lan, Philippine, Trung Quốc, Lào và Campuchia. Vì vậy việc tìm
hiểu mối liên quan về dịch tễ học phân tử của vi rút dengue 1 lưu hành tại Hà Nội là
cần thiết và đó cũng là mục tiêu chính của đề tài trên.
Nhìn biểu đồ 1.4, chúng ta có thể thấy sự lưu hành xuyên suốt chủ đạo, cũng
như vai trò gây bệnh của DENV 1 trong giai đoạn này là chủ yếu., với số mẫu bệnh
phẩm phân lập dương tính với DENV 1 là 152 mẫu chiếm 36,28% .
Bảng 1.2. Phân bố các típ huyết thanh lưu hành tại Hà Nội theo năm
D1
D2
D3
D4
Âm tính
Tổng Số
2000
0
0
0
6
18
24
2001
0
0
0
0
26
26
2002
0
0
0
0
13
13
2003
5
5
0
0
16
26
2004
4
4
0
0
46
54
2005
4
2
0
0
51
57
2006
1
3
1
1
35
41
2007
2
16
4
0
38
60
2008
16
7
0
0
51
74
2009
52
0
0
0
48
100
2010
25
1
7
5
83
121
2011
13
88
0
0
114
215
12
2012
14
32
12
11
89
158
2013
6
2
25
7
74
114
2014
1
12
0
0
30
43
2015
9
16
0
0
76
101
Tổng số
152
188
49
30
808
1227
100.00
90.00
80.00
70.00
60.00
D4
50.00
D3
40.00
D2
30.00
D1
20.00
10.00
0.00
2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015
Biểu đồ 1.3: Phân bố típ huyết thanh của vi rút Dengue lưu hành tại Hà Nội
7.16
11.69
36.28
D1
D2
D3
44.87
D4
Biểu đồ 1.4: Tỷ lệ phần trăm phân bố tip huyết thanh của vi rút Dengue lưu hành
tại Hà nội từ 2000-2015
13
1.2.
Vi rút Dengue
1.2.1. Vị trí phân loại
Vi rút Dengue (DENV) là một arbovirus (arthropod-borne virus), tức là vi rút
lây truyền qua động vật chân khớp. Theo hệ thống phân loại của Baltimore thì vi rút
Dengue được xếp vào nhóm IV, thuộc họ Flaviviridae, chi Flavivirus [6, 9, 21].
(hình 1.6)
Họ Flaviviridae bao gồm các vi rút có hệ gen là ARN mạch thẳng, sợi đơn
dương, có kích thước từ 9,6 đến 12,3kb, mã hóa cho 3 loại protein cấu trúc và 7
protein phi cấu trúc [12, 20]. Đầu 5’ của genome có mũ là nucleotide được metyl
hóa, chứa vùng gắn với ribosome.Vi rút có vỏ ngồi hình cầu, đường kính từ 40 đến
60 nm. Bên cạnh chi Flavivirus, họ Flaviviridae còn bao gồm chi Hepacivirus, điển
hình là vi rút viêm gan C và viêm gan G, và chi Pestivirus, chi này gồm các loài vi
rút gây bệnh cho các loài động vật như trâu, bị, cừu, dê…
Chi Flavivirus có khoảng 63 loài, bao gồm vi rút Dengue và một số loại vi
rút khác cũng có có vật chủ trung gian là động vật chân khớp, gây bệnh ở các mức
độ nghiêm trọng khác nhau, bao gồm vi rút gây bệnh sốt vàng, vi rút viêm não Nhật
Bản B, vi rút gây bệnh sốt Tây Nile (West Nile) vi rút gây bệnh viêm não do ve.
Các loại vi rút thuộc chi Flavivirus có đặc điểm giống nhau về cấu tạo, hình thái,
cấu trúc gen và phương thức sao chép vật chất di truyền [21]. Bên cạnh đó, các
thành viên của chi Flavivirus có chung các quyết định kháng nguyên, điều này đem
lại những khó khăn nhất định trong việc xác định các thành viên riêng biệt của chi
bằng phương pháp huyết thanh học. Người ta cũng chỉ ra rằng các cá thể đã có miễn
dịch với vi rút sốt vàng nếu bị tái nhiễm vi rút Dengue hoặc chủng ngừa với kháng
nguyên Dengue có các phản ứng miễn dịch thứ phát.
Vi rút Dengue có 4 típ huyết thanh, đó là vi rút Dengue típ 1, típ 2, típ 3 và
típ 4, kí hiệu lần lượt là DENV-1, DENV-2, DENV-3, DENV-4.
14
Phân loại
Vi rút Dengue
Togaviridae
Flavivirus
DENV
Group IV- ss (+) RNA virus
Flaviviridae
Astroviridae
Hepacivirus
Pestivirus
Yellow fever virus
WNV
Hình 1.6. Vị trí phân loại của vi rút Dengue (theo hệ thống phân loại của
Baltimore)
Hình 1.7. Sơ đồ phát sinh và một số đặc điểm của các vi rút thuộc chi Flavivirus
1.2.2. Hình thái
Vi rút Dengue thuộc họ Flaiviridae bao gồm 4 típ huyết thanh 1, 2, 3, và 4.
Các vi rút Flavi là những hạt hình cầu, đường kính 40-50nm, vỏ ngồi là lớp lipit
kép, chứa glycoprotein và protein có nguồn gốc từ màng sinh chất của tế bào. Vỏ
15
capsit bao quanh axit nucleic tạo thành nucleocapsit có đường kính 30nm, chứa 32
capsome. Vỏ hạt vi rút có những gai trên bề mặt gắn vào vỏ và các protein cấu trúc
màng. Nucleocapsid của vi rút bao gồm protein capsid và hệ gen ARN, chứa xấp xỉ
khoảng 6% ARN, 66% protein, 17% lipit và 9% carbonhydrat [6, 9].
Hình 1.8. Cấu trúc bề mặt vỏ ngoài của
DENV. Các phần màu xanh chỉ các phân tử
protein E dạng dimer nằm xen lẫn trên lớp
vỏ lipid.
Hệ gen của nhóm Flavi là một phân tử ARN mạch dương với chiều dài xấp
xỉ 11Kb. Hệ gen của DENV là một phân tử ARN sợi đơn, mạch dương, có chiều dài
khoảng 10,700 nucleotide [12]. Đầu 5’ của sợi ARN có mũ m7GpppAmp, đầu 3’
khơng được polyadenyl hoá. Bên cạnh việc mã hoá cho protein của vi rút, genome
của DENV còn chứa các cấu trúc ARN điều hồ các q trình khác nhau của nó.
Sau khi nhiễm vào tế bào chủ, genome của DENV thực hiện chức năng như là một
mARN để tiến hành dịch mã, và sau đó là làm khn tổng hợp ARN. Các phân tử
ARN mới được tổng hợp có thể tiếp tục được sử dụng để dịch mã hoặc được đóng
gói trong protein capsid. Các q trình vừa nói ở trên được điều hồ bởi các yếu tố
ARN có mặt trong các vùng mã hố và khơng mã hố của genome của vi rút, các
vùng này hoạt động như là các promoter, enhancer và repressor. Bên cạnh đó, trong
q trình nhiễm vào tế bào ARN của vi rút tham gia giúp vi rút tránh khỏi đáp ứng
chống lại của tế bào vật chủ.
Vùng khung đọc mở của ARN chứa khoảng 10,200 nucleotide, mã hoá cho
10 loại protein gồm 3 protein cấu trúc (C-prM-E) và 7 loại protein phi cấu trúc
(NS1- NS2A-NS2B-NS3-NS4A-NS4B-NS5).
16
Đầu 5’ UTR của DENV có chiều dài từ 95 đến 101 nucleotide, được chia
làm 2 domain với chức năng khác nhau, chủ yếu liên quan đến quá trình khởi đầu
tái bản ARN vi rút. Đầu 3’UTR của DENV cũng đóng vai trị thiết yếu trong q
trình này.Vùng này có khoảng 450 nucleotide, chia thành 3 domain.Domain I nằm
ngay phía sau bộ ba kết thúc, là vùng có mức độ biết đổi cao nhất giữa các týp huyết
thanh của DENV. Domain II chứa các trình tự có mặt ở tất cả các Flavivirus có vật
chủ trung gian là muỗi. Các trình tự của vùng ARN thuộc domain I và II đóng vai
trị như là enhancer đối với q trình tổng hợp ARN của vi rút. Domain III là vùng
có cấu trúc bảo thủ nhất, chứa trình tự cần thiết cho quá trình tương tác ARN-ARN
[12, 17].
M
E
Lipids từ vật chủ
Capsid
d
Hệ gen ssRNA
~ 11 kb
Hình 1.9: Mơ hình cấu trúc hạt vi rút Dengue
SợiARN đơn chứa khoảng 11,000 bazơ
CAP
5’
N.C.R
Vùng cấu
trúc
Vùng không
cấu trúc
17
N.R.
650
3
Hình 1.10.Sơ đồ cấu trúc các vùng mã hố và khơng mã hố trên genome của
DENV
(CS: cyclization sequence. UAR – upstream AUG region)
Hình 1.11. Các protein được mã hố trong genome của vi rút DENV
1.2.3. Đặc tính các protein của vi rút Dengue
Protein Capsid (C)
Protein C có trọng lượng từ 9-12kDa, chứa 112 -127 axit amin và tích điện
dương cao do có lượng lớn các axit amin Lys và Arg. Tỷ lệ các axit amin cơ bản
cao trong protein C sẽ trung hồ phân tử ARN vi rút tích điện âm với phân tử có
liên quan. Mức độ tương đồng của axit amin ban đầu trong protein C là thấp ở nhóm
flavivirus. Tuy nhiên, vùng kỵ nước được bảo tồn. Vùng kỵ nước này có thể dùng
để biệt hố sự lắp ráp nucleocapsid tại vị trí màng và hoạt động như một trình tự
nhận biết đối với prM.
Protein màng (M)
18