BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC TÂY NGUYÊN
TIỂU LUẬN:
CHỨNG MINH
PROTEIN LÀ NỀN TẢNG CỦA SỰ SỐNG
Người thực hiện: Phạm Hữu Trí
1
MỤC LỤC
PHỤ LỤC HÌNH ẢNH................................................................................................. 4
LỜI CAM ĐOAN........................................................................................................ 1
TÀI LIỆU THAM KHẢO.............................................................................................. 2
CHƯƠNG I................................................................................................................. 1
CHƯƠNG II................................................................................................................ 2
I. AXIT NUCLEIC................................................................................................................................... 2
II. CẤU TRÚC CỦA PROTEIN.............................................................................................................. 3
HÌNH 1: CẤU TẠO ALANIN....................................................................................... 3
HÌNH 2: HÌNH DẠNG VÀ ĐẶC TÍNH CỦA PROTEIN................................................ 4
2.1. Cấu trúc bậc một của protein..........................................................................................................5
HÌNH 3: SỰ HÌNH THÀNH LIÊN KẾT PEPTIT........................................................... 6
HÌNH 4: CẤU TRÚC BẬC MỘT CỦA PROTEIN........................................................ 7
2.2. Cấu trúc bậc hai của protein...........................................................................................................9
HÌNH 5: CẤU TRÚC XOẮN Α.................................................................................. 10
HÌNH 6: CẤU TRÚC XOẮN Β.................................................................................. 10
HÌNH 6: CẤU TRÚC XOẮN Α VÀ Β......................................................................... 12
2.3. Cấu trúc bậc ba của protein..........................................................................................................12
HÌNH 7: CẤU TRÚC BẬC 3 PROTEIN..................................................................... 13
a. Liên kết disulfid.............................................................................................................................13
b. Các liên kết yếu............................................................................................................................14
2.4. Đô men cấu trúc (structural domain)............................................................................................15
2.5. Cấu trúc bậc bốn của protein....................................................................................................... 16
III. CHỨC NĂNG CỦA PROTEIN........................................................................................................ 20
3.1. Chức năng tạo hình......................................................................................................................20
3.2. Protein có chức năng xúc tác sinh học........................................................................................20
HÌNH 8: MÔ PHỎNG CHỨC NĂNG XÚC TÁC........................................................ 20
3.3. Protein có tác dụng điều hòa chuyển hóa....................................................................................21
2
HÌNH 9: PHẢN ỨNG ĐIỀU HÒA CHUYỂN HÓA..................................................... 21
3.4. Protein có chức năng vận chuyển các chất.................................................................................22
HÌNH 10: CẤU TRÚC HEMOGLOBIN...................................................................... 22
3.5. Protein có vai trò trong việc co duỗi, vận động............................................................................22
HÌNH 11: CẤU TRÚC SỢI ACTIN............................................................................ 23
3.6. Protein có chức năng bảo vệ........................................................................................................23
HÌNH 12: GLOBULIN MIỄN DỊCH G........................................................................ 23
3.7. Dẫn truyền thông tin......................................................................................................................24
3.8. Cung cấp năng lượng và dự trữ...................................................................................................24
HÌNH 11: CẤU TRÚC ALBUMIN.............................................................................. 24
3
PHỤ LỤC HÌNH ẢNH
PHỤ LỤC HÌNH ẢNH................................................................................................. 4
LỜI CAM ĐOAN........................................................................................................ 1
TÀI LIỆU THAM KHẢO.............................................................................................. 2
CHƯƠNG I................................................................................................................. 1
CHƯƠNG II................................................................................................................ 2
I. AXIT NUCLEIC................................................................................................................................... 2
II. CẤU TRÚC CỦA PROTEIN.............................................................................................................. 3
HÌNH 1: CẤU TẠO ALANIN....................................................................................... 3
HÌNH 2: HÌNH DẠNG VÀ ĐẶC TÍNH CỦA PROTEIN................................................ 4
2.1. Cấu trúc bậc một của protein..........................................................................................................5
HÌNH 3: SỰ HÌNH THÀNH LIÊN KẾT PEPTIT........................................................... 6
HÌNH 4: CẤU TRÚC BẬC MỘT CỦA PROTEIN........................................................ 7
2.2. Cấu trúc bậc hai của protein...........................................................................................................9
HÌNH 5: CẤU TRÚC XOẮN Α.................................................................................. 10
HÌNH 6: CẤU TRÚC XOẮN Β.................................................................................. 10
HÌNH 6: CẤU TRÚC XOẮN Α VÀ Β......................................................................... 12
2.3. Cấu trúc bậc ba của protein..........................................................................................................12
HÌNH 7: CẤU TRÚC BẬC 3 PROTEIN..................................................................... 13
a. Liên kết disulfid.............................................................................................................................13
b. Các liên kết yếu............................................................................................................................14
2.4. Đô men cấu trúc (structural domain)............................................................................................15
2.5. Cấu trúc bậc bốn của protein....................................................................................................... 16
III. CHỨC NĂNG CỦA PROTEIN........................................................................................................ 20
3.1. Chức năng tạo hình......................................................................................................................20
3.2. Protein có chức năng xúc tác sinh học........................................................................................20
HÌNH 8: MÔ PHỎNG CHỨC NĂNG XÚC TÁC........................................................ 20
3.3. Protein có tác dụng điều hòa chuyển hóa....................................................................................21
4
HÌNH 9: PHẢN ỨNG ĐIỀU HÒA CHUYỂN HÓA..................................................... 21
3.4. Protein có chức năng vận chuyển các chất.................................................................................22
HÌNH 10: CẤU TRÚC HEMOGLOBIN...................................................................... 22
3.5. Protein có vai trò trong việc co duỗi, vận động............................................................................22
HÌNH 11: CẤU TRÚC SỢI ACTIN............................................................................ 23
3.6. Protein có chức năng bảo vệ........................................................................................................23
HÌNH 12: GLOBULIN MIỄN DỊCH G........................................................................ 23
3.7. Dẫn truyền thông tin......................................................................................................................24
3.8. Cung cấp năng lượng và dự trữ...................................................................................................24
HÌNH 11: CẤU TRÚC ALBUMIN.............................................................................. 24
5
LỜI CAM ĐOAN
Đây là Tiểu luận của tôi, tôi cam đoan rằng nội dung trình bày trong
Tiểu luận là những kiến thức mà tôi đã học từ Đại học, Cao học gần đây và
tài liệu tham khảo. Chắc chắn nội dung của Tiểu luận chưa được phong phú,
đầy đủ và còn nhiều thiếu sót. Vì vậy tôi rất mong nhận được ý kiến đóng
góp của quý Thầy, Cô, bạn bè đồng nghiệp và độc giả để bài tiểu luận được
hoàn chỉnh hơn.
Tôi xin chân thành cảm ơn!
Học viên thực hiện
Phạm Hữu Trí
1
TÀI LIỆU THAM KHẢO
• HỒ huỳnh Thùy Dương, 1998 Sinh học phân tử, NXBGD, Hà Nội.
• PGS.TS Trần Quang Hân, Bài giảng Sinh học Phân tử, hệ Cao học.
• Nguyễn Hoàng Lộc, Trần thị Lệ, Hà Thị Minh Thi. Giáo trinh sinh học
phân tử.
• Lê Đức Trình, Sinh học phân tử của tế bào. NXB Khoa học và Kỹ
thuật, 2001, 264tr.
2
CHƯƠNG I
ĐẠI CƯƠNG VỀ PROTEIN
ĐỊNH NGHĨA
Protein là hợp chất đại phân tử, được tạo thành từ rất nhiều các đơn
phân là axit amin. Axit amin được cấu tạo bởi 3 thành phần: Một là nhóm
amin (NH2), hai là nhóm cacboxyl (COOH) và cuối cùng là nguyên tử
cacbon trung tâm đính với một nguyên tử hydro và nhóm biến đổi R quyết
định tính chất của axit amin.
Protein là lớp chất bắt buộc phải có ở bất kỳ động vật nào và có tỷ lệ
khá ổn định. Ví dụ ở gia súc non và người hàm lượng protein khoảng 40 –
45% vật chất khô. Protein là lớp chất quan trọng nhất của sự sống, là vật
mang sự sống.
Protein có trong tất cả các loại tế bào với hàm lượng khác nhau.
Bảng 1.1. Hàm lượng protein trong một số mô động thực vật:
STT
Mô
Protein (% so với khối lượng vật chất
khô)
1
Gan
57
2
Xương
28
3
Cơ vân
80
4
Hạt lúa
6 – 12
5
Hạt ngôn
9 – 13
6
Đậu nành
29 – 50
Protein điển hình chứa 200 – 300 axit amin, nhưng một số protein có số
axit amin ít hơn (protein lớn nhất được biết đến nay là titin ở trong cơ vân và
cơ tim, chứa tới 26.926 axit amin trong một chuỗi đơn).
1
Đặc điểm lớn nhất của axit amin là phân tử có chứa Nito (N), khối
lượng phân tử lớn nhất.
CHƯƠNG II
PROTEIN LÀ NỀN TẢNG CỦA SỰ SỐNG
Protein là nền tảng của sự sống vì bản thân nó cũng có Axit Nucleic.
I. AXIT NUCLEIC
Axit Nucleic là hợp chất tự nhiên cao phân tử mang mã di truyền và
thực hiện mã di truyền ở các sinh vật. Hàm lượng Axit Nucleic trong tế bào
khá cao, dao động trong khoảng 5 – 15% vật chất khô. Trong tế bào có hai
loại Axit Nucleic: Axit ribonucleic (RNA) và Axit desoxyribonucleic (DNA).
Các đơn phân của Axit nucleic là các nucleotit. Mỗi nucleotit bao gồm
hai thành phần:
Nucleotit = Nucleosit + Axit photphoric.
Tùy theo trọng lượng phân tử của Axit Nucleic mà chuỗi nucleotit có
thể dài ngắn khác nhau. Trong chuỗi nucleotit, các nucleotit sắp xếp theo
những trình tự nhất định tạo nên đặc trưng sinh học của Axit Nucleic, tức là
tạo nên các gen di truyền. Thứ tự các nucleotit thường được xét theo từng bộ
ba base. Một codon là một đơn vị mã di truyền, có chức năng mã hóa cho một
axit amin. Axit Nucleic là bản thiết kế protein và bảng thiết kế này được viết
bằng các mã di truyền. Thứ tự các mã quy định thứ tự các axit amin trong
protein, quyết định đặc trưng sinh học của protein. Mỗi Axit Nucleic trong quá
trình hình thành và hoạt động luôn luôn duy trì vững vàng trình tự các
nucleotit. Một rối loạn trong quá trình này dẫn tới rối loạn tính di truyền, tức
là gây nên hiện tượng biến dị.
2
II. CẤU TRÚC CỦA PROTEIN
Thành phần nguyên tố của protein (% theo trọng lượng):
C: 50 – 54; O: 20 – 23; H: 6 – 7; N: 15 – 18 (trung bình khoảng 16%);
S: 0 – 2,4. Trong một số protein còn chứa P, Fe, I, Co, Zn và một số nguyên tố
khác. Hàm lượng các nguyên tố này rất thấp nhưng có ý nghĩa rất lớn đối với
sự sống. Để tạo nên trạng thái sống các nguyên tố này trước hết liên kết với
nhau tạo nên các axit amin (Isoleucine, Leucine, Lysine, Methionine,
Phenylalanine, Threonine, Tryptophan, Valine, Arginine, Histidine, Cysteine,
Glutamine, Glycine, Proline, Serine, Tyrosine, Alanine, Glutamate, Asparagine,
Aspartate).
Axit amin là đơn vị cấu tạo cơ bản của protein. Axit amin là những dẫn
xuất của axit hữu cơ mà trong phân tử một nguyên tử hydro (đôi khi 2) của
gốc ankil đuợc thay thế bởi gốc amin. Công thức chung như sau:
R – CH – COOH
NH2
m
Có thế định nghĩa khác là: Axit amin gồm một nguyên tử Cacbon α liên
kết với:
• Một nguyên tử Hydro
• Một nhóm Amin
• Một nhóm Carboxyl
• Một trong 20 gốc R, 20
gốc R khác nhau tạo nên 20 axit
Hình 1: Cấu tạo Alanin
amin và quyết định tính chất đặt
trưng của chúng.
3
Axit amin hình trên là Alanin.
Axit amin là monomer cấu tạo nên protein. Trong tự nhiên có khoảng
250 axit amin nhưng protein của cơ thể sống chỉ chứa 20 axit amin gọi là axit
amin sinh protein (proteinogenic amino acid).
Hình dạng và đặc tính của protein đuợc quy định bởi trình tự và số
luợng các axit amin của protein.
H+
R – CH – COOH
NH3+
+ OH
R – CH – COO
+ H+
Axit
NH3+
R – CH – COO
OH
NH2
Trung tính
Kiềm
Hình 2: Hình dạng và đặc tính của protein
Trong môi trường trung tính, phân tử axit amin mang cả điện tích âm và
điện tích dương.
Trong môi trường kiềm tính, axit amin mang điện tích âm.
Trong môi trường axit, axit amin mang điện tích dương.
Người ta ứng dụng tính lưỡng tính của axit amin để phân tích hỗn hợp
axit amin bằng dòng điện một chiều (phương pháp điện di).
Ở giá trị pH của môi trường mà axit amin có tổng số điện tích âm bằng
điện tích dương (axit amin trung hòa điện), pH đó gọi là điểm đẳng điện của
axit amin (kí hiệu là pI).
Các axit amin trung tính có pI khoảng 5 – 6,5 (hơi axit).
Các axit amin axit tính có pI khoảng 3 (axit rõ rệt).
Các axit amin kiềm tính có pI khoảng > 7 (kiềm).
4
2.1. Cấu trúc bậc một của protein
Cấu trúc bậc 1 của protein là sự liên kết giữa các axit amin với nhau
thành chuỗi thông qua liên kết peptit (CO – NH). Mạch liên kết này hình
thành giữa nhóm COOH của axit amin trước với nhóm NH2 của axit amin bên
cạnh.
5
Hình 3: Sự hình thành liên kết peptit
Liên kết peptit là liên kết đồng hóa trị rất bền vững (năng lượng phá vỡ
liên kết khoảng 6 – 7kcal/mol). Trong thực tế mạch liên kết peptit rất khó
thủy phân (phải dùng HCl 6N với nhiệt độ ≥ 100°C).
Trong chuỗi peptit, các axit amin cứ liên kết với nhau như vậy liên tục.
Theo quy định axit amin đầu chuỗi (bên trái) có nhóm amin tự do gọi là axit
amin N tận; axit amin cuối chuỗi (bên phải) có nhóm cacboxyl tự do gọi là
axit amin C tận. Khoảng cách giữa nhóm COOH và NH2 của các axit amin
trong chuỗi polypeptit được L.
Pauling và cộng sự dùng phương pháp nhiễu xạ Rơngen để nghiên cứu.
6
Hình 4: Cấu trúc bậc một của protein
Khi khảo sát chuỗi peptit có hai vấn đề quan trọng: Số lượng các axit
amin và trình tự sắp xếp các axit amin trong chuỗi.
Số lượng các axit amin: Số lượng các axit amin nhiều hay ít tùy loại
protein và quy định độ dài ngắn, phân tử lượng của chuỗi.
Protein lớn nhất được biết cho đến nay là titin ở trong cơ vân và cơ tim,
chứa tới 26.926 axit amin trong một chuỗi đơn. Các protein phổ biến đặc biệt
là các enzym có khoảng từ 150 300 axit amin.
7
Trình tự sắp xếp các axit amin: Trình tự của các axit amin trong chuỗi
quyết định cấu trúc không gian của chuỗi và do đó quyết định tính chất, chức
năng sinh học của protein. Trình tự này được quy định bởi tính di truyền,
được ghi lại bằng các đơn vị tạo thành axit nucleic. Với 20 axit amin có thể
tạo hơn 2 x 1019 tổ hợp, tức là tạo ra rất nhiều protein khác nhau (ngày nay
người ta tìm thấy khoảng 1010 – 1012 protein ở các cơ thể sống khác nhau).
Mỗi tổ hợp có sự sắp xếp các axit amin với thứ tự khác nhau, chỉ cần 1
axit amin nào đó trong tổ hợp khác đi thì tính chất vật lý, hóa học và sinh học
của protein cũng thay đổi. Ví dụ: Trong bệnh hồng cầu hình lưỡi liềm, do đột
biến ADN mà ở vị trí số 6 trên chuỗi β polypeptit của globulin trong hồng cầu
là axit glutamic bị thay bằng valin.
Oxytoxin và vasopressin là hai hocmon thùy sau tuyến yên, chúng đều có
9 axit amin, nhưng sắp xếp chỉ khác nhau ở vị trí số 3 và số 8:
Oxytoxin có chức năng làm tăng co bóp cơ trơn tử cung:
Xys –
Tyr –
Ile –
Glu –
1
2
3
4
Asn – Xys –
5
6
Pro –
Leu –
Gly –
7
8
9
NH2
Vasopressin có chức năng làm tăng huyết áp động mạch, chống lợi
niệu:
Xys –
Tyr –
Ple –
3
Glu –
Asn – Xys –
Pro –
Arg –
8
Gly –
NH2
Việc phát hiện ra cấu trúc bậc 1 là một thành tựu khoa học rất lớn
trong hóa học protein. Nó là cấu trúc quan trọng nhất, quyết định mức độ
phức tạp, tính muôn hình muôn vẻ và hoạt tính sinh học của protein. Nguyên
nhân của sự đặc trưng, đặc thù của sinh vật, tức là sự khác nhau về loài,
giống, các thể và các bộ phận trong cơ thế chính là sự khác nhau về cấu trúc
và chức năng của protein.
8
Cấu trúc bậc 1 là yếu tố di truyền hết sức ổn định và đây cũng là minh
chứng chứng minh “Protein là nền tảng của sự sống”.
Ví dụ: Insulin là 1 polypeptit hocmon bao gồm 51 axit amin . Ở các động
vật khác nhau, chúng chỉ khác nhau ở axit amin thứ 8, 9, 10.
8
Bò:
9 10
Ala – Ser – Val
Lợn: Tre – Ser – Ile
Cừu: Ala – Gly – Val
Quá trình di truyền ở sinh vật chính là hiện tuợng truyền đạt lại cho
đời sau cấu trúc bậc 1 của protein đặc thù cho loài giống. Thiết kế protein
được mã hóa qua thiết kế mã di truyền trong axit nucleic.
2.2. Cấu trúc bậc hai của protein
Cấu trúc bậc 2 của protein là cấu trúc có chu kỳ của chuỗi polypeptit.
Chuỗi polypeptit được sắp xếp gọn lại trong không gian, nhất là trong môi
trường sinh vật, trong mô bào theo những hình thù nhất định, bền vững hơn
phù hợp với chức năng của chúng.
Nhiều protein chứa các đoạn có cấu trúc xoắn α. Ví dụ: Myoglobin,
hemoglobin, ... Chuỗi peptit cuộn lại theo hình lò xo, tạo thành các vòng xoắn.
Chu kỳ xoắn là 3,7 axit amin. Chiều dài mỗi vòng xoắn là 5,4A 0. Chiều xoắn
có thể là xoắn phải hoặc xoắn trái.
Các xoắn α thấy ở các protein là xoắn phải (Hình 5). Tỷ lệ giữa các
đoạn xoắn và không xoắn trong protein chiếm khoảng 45% – 50% chiều dài
của chuỗi peptit.
9
Cũng có khi hai hoặc nhiều cuộn xoắn α bện lại với nhau như cuộn
dây cáp được thấy ở các protein như keratin của tóc, myosin tropomyosin ở
cơ, epidermin của da và fibrin của cục máu đông...
Xoắn α được ổn định nhờ những liên
kết hydro. Liên kết này được hình thành giữa
hai nguyên tử mang điện tích âm có khoảng
cách 2 – 3A0, nguyên tử hydro nằm giữa hai
nguyên tử đó. Liên kết hydro để tạo xoắn α
trong cấu trúc bậc 2 của protein được tạo
thành giữa nhóm = C = O và = N – H. Lúc này
các gốc amin = C = O và = N – H nằm trong
một mặt phẳng.
Liên kết hydro yếu, năng lượng phá vỡ
liên kết khoảng 0,7 – l,5Kcal/mol. Song có số
lượng lớn nên xoắn a bền và ổn định.
Liên kết hydro giữ vị trí đặc biệt quan
trọng trong tính cơ động, linh hoạt của các
Hình 5: Cấu trúc xoắn α
phân tử sinh học, của protein cũng như mô
bào.
Cấu trúc gấp nếp β, khác
với xoắn α là ở chỗ nó là dạng
tấm. Chuỗi polypeptit trong gấp
nếp β hầu như duỗi thẳng chứ
không phải cuộn lại hình lò xo như
xoắn α.
Hình 6: Cấu trúc xoắn β
10
Điều khác nữa là cấu trúc gấp nếp β được ổn định bởi các liên kết
hydro giữa các nhóm = C = O và = N – H trong các chuỗi polypeptit khác nhau,
cấu trúc gấp nếp β thường đặc trưng cho nhiều protein dạng sợi . Ví dụ
colagen.
11
Hình 6: Cấu trúc xoắn α và β
Trong cơ thể, xét về cấu trúc bậc 2, protein có thể chia ra làm 3 loại:
Loại hoàn toàn cấu tạo từ xoắn α
Loại hoàn toàn cấu tạo từ gấp nếp β
Loại chứa cả xoắn a và gấp nếp β
2.3. Cấu trúc bậc ba của protein
Là cấu hình không gian phức tạp của chuỗi polypeptit do sự gấp khúc,
cuộn lại của cấu trúc bậc 2 tạo cho protein có hình thù nhất định, đặc trưng
cho từng loại protein và hình thù đặc trưng này được quyết định từ cấu trúc
bậc 1.
Sự sắp xếp gọn lại trong không gian của phân tử protein khi đã có cấu
trúc bậc 2 này giúp cho phân tử protein ổn định trong môi trường sống.
12
Hình 7: Cấu trúc bậc 3 protein
Cấu trúc bậc 3 tồn tại và ổn định nhờ các liên kết và các lực sau:
a. Liên kết disulfid
Liên kết disulfid hình thành giữa 2 nhóm SH (sulphydryl) của 2 gốc
Cystein phân bố rải rác trong chuỗi peptit nhưng gần nhau trong không gian.
2 HOOCCHCH2SH
NH2
HOOCCHCH2SSH2CCHCOOH
NH2
NH2
Đây là liên kết đồng hóa trị, bền nhưng chiếm số lượng không nhiều:
Phân tử protein với khoảng 100 – 200 axit amin có khoảng 4 – 5 liên kết
disulfid.
Ví dụ: Insulin là hormon của tuyến tụy tham gia điều hòa hàm lượng
đường trong máu. Khi thiếu insulin, hàm lượng đường trong máu tăng cao,
dẫn tới bệnh đái đường. Insulin được cấu tạo từ 2 chuỗi peptit: Chuỗi A gồm
21 axit amin, chuỗi B gồm 30 axit amin. Hai chuỗi này gắn với nhau bằng 2
liên kết disulfid.
13
b. Các liên kết yếu
Liên kết hydro: Liên kết này xuất hiện giữa 2 nhóm mang điện tích
âm có nguyên tử hydro.
Liên kết ion: Liên kết này hình thành giữa 2 ion trái dấu của 2 gốc axit
amin nằm xa nhau theo thứ tự trong chuỗi peptit, nhưng gần nhau về không
gian trong cấu trúc bậc ba.
Ví dụ: Gốc axit glutamic trong chuỗi polypeptit có nhóm COOH tự do,
trong môi trường nhất định của cơ thể nhóm này có thể phân ly thành – COO.
Trong cấu trúc bậc 3, gốc này nằm gần gốc NH2 tự do, nhóm NH2 có khả
năng nhận H+ tạo thành NH3+. Do đó hai ion trái dấu này hút nhau. Loại liên
kết này nằm rải rác trong phân tử do có một số gốc axit amin có nhóm
COOH và NH2.
Lực hấp dẫn Van der Vaals: Khi có 2 chất hoặc 2 nhóm hóa học nằm
cạnh nhau với khoảng cách 1 – 2 lần đường kính thì giữa chúng sẽ có lực hấp
dẫn lẫn nhau.
Lực liên kết của các nhóm kỵ nước: Những nhóm không phân cực
(thành phần chỉ có C, H). Ví dụ: CH2; CH3 trong valin, leuxin, isoleuxin
hoặc phenyl trong phenylanin... là những nhóm không ưa nước (kỵ nước) và
không tích điện. Nước trong tế bào đẩy chúng lại với nhau tạo thành các búi
kỵ nước trong phân tử protein. Loại lực này chiếm 60% – 70% lực ổn định
cấu trúc bậc 3 của nhiều phân tử protein dạng cầu.
Các liên kết yếu rất có ý nghĩa vì chúng có rất nhiều và phân bố khắp
nơi trong phân tử protein. Nhờ các liên kết này (đặc biệt lực liên kết giữa các
nhóm kỵ nước) mà cấu trúc bậc 3 của protein ổn định trong môi trường. Tuy
nhiên năng lượng liên kết của các liên kết nói trên rất yếu, cho nên cấu trúc
bậc 3 cũng rất dễ bị biến đổi bởi sự thay đổi các yếu tố môi trường. Các yếu
14
tố như nhiệt độ, độ pH khi tác động tới protein tức là ảnh hưởng lên các liên
kết yếu này. Ví dụ: nhiệt độ tăng quá cao (> 5000C) làm protein bị biến tính
(tức không trở lại trạng thái cũ của protein. Ví dụ: Việc luộc trứng) hoặc
giảm quá thấp làm protein ngừng hoạt động; pH của môi trường thay đổi sẽ
làm thay đổi độ điện ly của NH2 hoặc COOH ... những biến đổi này có
ảnh hưởng tiêu cực hoặc tích cực đến chức năng của protein.
Do có cấu trúc bậc 3 các protein có hình thù đặc trưng và phù hợp với
chức năng của chúng. Ở các protein chức năng như các enzym, các kháng thể,
protein của các hệ thống đông máu. Thông qua cấu trúc bậc 3 mà hình thành
được các trung tâm hoạt động, là nơi thực hiện các chức năng của protein. Sự
duy trì hình dạng giúp protein ở trạng thái nguyên vẹn, tức là trạng thái sinh
học được duy trì. Mỗi biến đổi của hình dạng sẽ kéo theo sự biến đổi của
hoạt tính.
Cấu trúc bậc ba đảm nhận chức năng tạo hình. Chẳng hạn, con sứa và
mực nhiều nước nhưng vẫn có hình dạng nhất định của nó.
2.4. Đô men cấu trúc (structural domain)
Đô men cấu trúc là những bộ phận, những khu vực trong một phân tử
protein được cuộn gấp trong không gian giống như một phân tử protein nhỏ
hoàn chỉnh và thường là nơi thực hiện chức năng liên kết, chức năng lắp ráp
của đại phân tử protein trong hoạt động chức năng của nó. Trong nhiều
protein, đô men gắn liền với chức năng kết hợp đặc hiệu và ở nhiều enzym
được cấu tạo từ các đô men, thì trung tâm hoạt động được bố trí tại biên giới
của hai hay nhiều đô men.
Sự hình thành các đô men trong phân tử protein tạo khả năng tương tác
linh hoạt giữa các đại phân tử, khả năng cơ động, dịch chuyển tương ứng
giữa những bộ phận trong quá trình thực hiện chức năng sinh học. Xét về mặt
15
đô men cấu trúc, khi phân tích sự hoạt động của hầu hết các phân tử protein
đã biết, có thể chia chúng thành 3 nhóm:
a. Protein nhóm một có các đô men cố định và nối với nhau bằng những
đoạn khá dài và dẻo của chuỗi peptit, cho phép chúng xê dịch với những
khoảng khá rộng.
b. Protein nhóm hai có các đô men cố định nối với nhau bàng kiểu “bản
lề” nên phạm vi xê dịch rất hạn chế và đòi hỏi tương tác phải rất chính xác,
chặt chẽ.
c. Protein nhóm ba có tính vận động chức năng rất đa dạng, giúp cho sự
tiếp cận, lắp ghép giữa chúng với các đối tượng hoạt động sinh học trở nên
phong phú, đa dạng.
Ví dụ: Protein kháng thể (Ig) sử dụng sự mềm dẻo cấu trúc của mình
để các đô men gắn kháng nguyên, tương tác tối ưu với kháng nguyên là những
hợp chất đa dạng.
Ở những protein có nguồn gốc khác nhau, nhưng có chức năng tương tự
thì các đô men có cấu trúc tương đối giống nhau.
Đô men là từng khu vực đó có cấu trúc hoàn chỉnh của 1 protein và thực
hiện đầy đủ chức năng của 1 protein.
2.5. Cấu trúc bậc bốn của protein
Các protein chứa trong phân tử từ 2 chuỗi polypeptit trở lên thể hiện sự
phức tạp hơn về mức độ cấu trúc phân tử được gọi là cấu trúc bậc 4. Protein
có trạng thái tổ hợp hình thành từ nhiều tiểu phần protein gọi là protein
olygomeric. Mỗi chuỗi polypeptit trong một protein như vậy được gọi là là
tiểu đơn vị (subunit) hay là một protomer. Mỗi tiểu đơn vị đều có cấu trúc
bậc 1, 2, 3 riêng của nó.
16
Một số protein có xu hướng kết hợp lại với nhau thành những phức
hợp, thành những đại phân tử, không kéo theo sự biến đổi về hoạt tính sinh
học. Vả lại, rất nhiều trường hợp protein phải tổ hợp lại mới có hoạt tính
sinh học. Trong những trường hợp này, cấu trúc bậc 4 là điều kiện để hình
thành nên tính năng mới cho protein.
Ví dụ: Hemoglobin (huyết sắc tố – Hb) gồm 4 tiểu phần protein , 2 tiểu
phần α và 2 tiểu phần β. Nếu 4 tiểu phần này tách rời nhau thì mỗi tiểu phần
không vận chuyển được 1 phân tử oxy. Khi kết hợp lại thành trạng thái
tetramer tạo thành một khối không gian đặc thù (gần như hình tứ diện) thì
mới có khả năng kết hợp và vận chuyển oxy. Một phân tử Hb vận chuyển
được 4 phân tử oxy.
O2
α
β
O2
O2
α
β
O2
Enzym Glycogen photphorylase (ở cơ, gan) xúc tác cho quá trình phân
giải glycogen thành glucose: Ở trạng thái không hoạt động, enzym này ở dạng
“b”: dạng 2 dimer tách rời nhau. Ở trạng thái hoạt động (khi có tín hiệu cơ
thể cần đường) enzym này ở dạng “a”: dạng 2 dimer tổ hợp lại thành dạng
tetramer.
OO
OO
OO
OO
dạng “b”
dạng “a”
17
Khi nhu cầu giải phóng glucose giảm đi, tetramer lại tách thành 2 dimer
và enzym trở lại trạng thái không hoạt động.
Tùy theo protein, số lượng monomer có thể thay đổi từ 2, 4, 6, 8 là phổ
biến, cá biệt có protein có thể có trên 50 monomer. Sự hình thành cấu trúc bậc
4 tạo điều kiện cho quá trình điều tiết sinh học thêm tinh vi, chính xác.
18