Microbial Biochemistry


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G.N. Cohen

Microbial Biochemistry
Second Edition


Prof. G.N. Cohen
Institut Pasteur
rue du Docteur Roux 28
75724 Paris
France


ISBN 978-90-481-9436-0
e-ISBN 978-90-481-9437-7
DOI 10.1007/978-90-481-9437-7
Springer Dordrecht Heidelberg London New York
Library of Congress Control Number: 2010938472
# Springer Science+Business Media B.V. 2011
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Foreword

This book originates from almost 60 years of living in the company of microorganisms, mainly with Escherichia coli. My scientific life has taken place almost
exclusively at the Institut Pasteur in Paris, where many concepts of modern
molecular biology were born or developed.
The present work emphasizes the interest of microbial physiology, biochemistry
and genetics. It takes into account the considerable advances which have been made
in the field in the last 30 years by the introduction of gene cloning and sequencing
and by the exponential development of physical methods such as X-ray crystallography of proteins.
The younger generation of biochemists is legitimately interested in the problems
raised by differentiation and development in higher organisms, and also in neurosciences. It is however my feeling that the study of prokaryotes will remain for a long
time the best introduction to general biology.
A particular emphasis has been given to particular systems which have been
extensively studied from historical, physiological, enzymological, structural,
genetic and evolutionary points of view: I present my apologies to those who
may find that this choice is too personal and reflects too much my personal interest
in subjects in which I have either a personal contribution or where important results
have been obtained by some of my best friends.
I am grateful to the Philippe Foundation for the help it has given to me and to
many of my students for many years.
My thanks are due to my wife, Louisette Cohen for her patience and help, not
only while this book was written, but also during our near 70 years common life.
This work is a tribute to the memory of my beloved colleagues, my mentor
Jacques Monod, and the late Harold Amos, Dean B. Cowie, Michael Doudoroff,
Ben Nisman, Earl R. Stadtman, Roger Y. Stanier, Germaine Stanier, Huguette and
Kissel Szulmajster.
Paris, France


G.N. Cohen

v


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Contents

1

Bacterial Growth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
The Lag Phase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
The Exponential Phase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Linear Growth. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
The Yield of Growth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
Variation of the Growth Rate at Limiting Carbon Source
Concentrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Continuous Growth: The Chemostat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Advantages of the Continuous Exponential Culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Diauxic Growth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

2

The Outer Membrane of Gram-negative Bacteria
and the Cytoplasmic Membrane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Outer Membrane of Gram-Negative Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

The Cytoplasmic Membrane. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Energy Generation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
ATP Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Subunit Composition of the ATP Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
ATP Synthesis in Archaea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Peptidoglycan Synthesis and Cell Division . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
General Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Assembly of the Peptidoglycan Unit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Membrane Steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Assembly of the Murein Sacculus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Penicillin Sensitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Cell Division . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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viii

Contents

Cellular Permeability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Accumulation, Crypticity, and Selective Permeability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
b-Galactoside Permease. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Accumulation in Induced Cells: Kinetics and Specificity . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Induced Synthesis of Galactoside Permease . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Functional Significance of Galactoside Permease: Specific Crypticity . . .
Functional Relationships of Permease: Induction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Genetic Relationships of Galactosidase and Galactoside
Permease. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Galactoside Permease as Protein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Periplasmic Binding Proteins and ATP Binding Cassettes. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Phosphotransferases: The PTS System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
TRAP Transporters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A Few Well-identified Cases of Specific Cellular Permeability . . . . . . . . . . . . .
Amino Acid Permeases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Peptide Permeases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Porins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Iron Uptake. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Allosteric Enzymes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Allosteric Inhibition and Activation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
An Alternative Model. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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6

Glycolysis, Gluconeogenesis and Glycogen Synthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Glycogen Degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

Glycolysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Hexokinase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Glucose 6-Phosphate Isomerase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Phosphofructokinase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Fructose 1,6-Bisphosphate Aldolase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Triose Phosphate Isomerase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH) . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Phosphoglycerate Kinase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Phosphoglyceromutase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Enolase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Pyruvate Kinase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Gluconeogenesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Fructose Bisphosphatase in Microorganisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Glycogen Synthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Glycogen Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Contents

ix

Control of Glycogen Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Branching Enzyme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
7

8


The Pentose Phosphate and Entner–Doudoroff Pathways . . . . . . . . . . . . . . .
The Pentose Phosphate Pathway. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Enzymes of the Oxidative Phase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6-Phosphogluconolactonase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6-Phosphogluconate Dehydrogenase (Decarboxylating) . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ribose Phosphate Isomerase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Enzymes of the Non-oxidative Phase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Transketolase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Transaldolase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ribulose-5-Phosphate-3-Epimerase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Regulation of the Pentose Phosphate Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Entner–Doudoroff Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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77

The Tricarboxylic Acid Cycle and the Glyoxylate Bypass . . . . . . . . . . . . .
The origin of acetyl CoA: The Pyruvate Dehydrogenase Complex . . . . . . . .

Overview of the Tricarboxylic Acid (TCA) Cycle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Origin of the Oxaloacetate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Organization of the Enzymes of the Tricarboxylic Acid Cycle. . . . . . . . . . . . .
The Tricarboxylic Acid Cycle Is a Source of Biosynthetic
Precursors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The Anaplerotic Glyoxylic Pathway Bypass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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79
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ATP-Generating Processes: Respiration and Fermentation . . . . . . . . . . 101
Respiration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Fermentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Acetone-Butanol Fermentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
The Stickland Reaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Ornithine Fermentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Glycine and Proline Degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Threonine Degradation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Glutamate Degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Lysine Degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Arginine Fermentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Methionine Degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
D-Selenocystine and D-Cysteine Degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110

Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

10

Biosynthesis of Lipids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Biosynthesis of Short Chain Fatty Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Biosynthesis of Long-Chain Fatty Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Synthesis of Acetyl CoA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116


x

Contents

Synthesis of Malonyl CoA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
From Malonyl CoA to Palmitate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
Regulation of Yeast Fatty Acid Synthesis at the Genetic Level . . . . . . . . . . . 120
Regulation of Fatty Acid Synthesis in Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Biosynthesis of Triglycerides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Biosynthesis of Phosphoglycerides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Cyclopropane Fatty Acid Synthase (CFA Synthase) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
11

Iron–Sulfur Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
Iron–Sulfur Clusters. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
2Fe–2S Clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
4Fe–4S Clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
3Fe–4S Clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Other Fe–S Clusters. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129

Biosynthesis of Fe–S Clusters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Iron–Sulfur Proteins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132

12

The Archaea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
Chemical Characteristics of Archaea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
Archaea: Fossil Record . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
Economic Importance of the Archaea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137

13

Methanogens and Methylotrophs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Methanogens and Methanogenesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
Reduction of CO2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
Formylmethanofuran Dehydrogenase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Formylmethanofuran: Tetrahydromethanopterin Formyltransferase . . . . 143
Methenyltetrahydromethanopterin Cyclohydrolase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
5, 10-Methylenetetrahydromethanopterin Dehydrogenase . . . . . . . . . . . . . . 144
5, 10-Methylenetetrahydromethanopterin F420 Oxidoreductase . . . . . . . . . 145
The Methylreductase: Methyl Coenzyme M Reductase . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
Simplification of the Methylreductase System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
Structure of the Methylreductase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
Source of the Energy Needed for the Growth of Methanogens . . . . . . . . . 149
Biosynthesis of Some Cofactors Involved in Methanogenesis . . . . . . . . . . 149
Methanofuran. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Methanopterin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Coenzyme M . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150

7-Mercaptoheptanoylthreoninephosphate (Coenzyme B) . . . . . . . . . . . . . . . 151
Biosynthesis of Coenzyme F420 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Biosynthesis of Factor F430 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152


Contents

xi

Biosynthesis of Factor III . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Methylotrophs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Methanotrophs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Metabolism of Methyl Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Methanol Dehydrogenase (MDH). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Anaerobic Oxidation of Methane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
Methylamine Dehydrogenase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Carbon Assimilation by Methylotrophs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Carboxydotrophs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
14

Enzyme Induction in Catabolic Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
The Specificity of Induction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
De Novo Synthesis of b-Galactosidase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
Constitutive Mutants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
Pleiotropy of the Constitutive Mutants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
The Genetic Control and the Cytoplasmic Expression
of Inducibility in the Synthesis of b-Galactosidase in E. coli.
The Lac Repressor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
Operators and Operons. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177

15

Transcription: RNA Polymerase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
The Synthesis of Messenger RNA: The Bacterial RNA Polymerase . . . . . . 180
Termination of Transcription in Prokaryotes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
Yeast RNA Polymerases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Archaeal RNA Polymerases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Transcription Termination and PolyA Tails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186

16

Negative Regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Induction Is Correlated with the Synthesis
of a Specific Messenger. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Isolation of the Lac Repressor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
The lac Operator Is a DNA sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Direct Observation of Transcription Factor Dynamics
in a Living Cell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199

17

Enzyme Repression in Anabolic Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Description of the Phenomenon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Isolation of Derepressed (Constitutive) Mutants in Biosynthetic
Pathways. The Use of Structural Analogues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Replacement of Methionine by Selenomethionine in Proteins. . . . . . . . . . . . . 206

Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207


xii

Contents

18

Positive Regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
The Promoter Region . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
Role of Cyclic AMP and of the CAP Protein in the Binding
of RNA Polymerase to the Promoter Region. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
The Synthesis and Degradation of Cyclic AMP. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
How Does Glucose Exert Its Inhibitory Effect on E. coli
b-Galactosidase Synthesis? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214

19

The Ribosomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
The Components of E. coli Ribosomes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218
The Ribosomes of Eukaryotes and of Archaea. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
Mechanistic Aspects of Translation of Messenger RNA
to Protein by Ribosomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221

20

The Genetic Code, the Transfer RNAs and the Aminoacyl-tRNASynthetases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223

The Genetic Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
The Transfer RNAs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231

21

Attenuation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233
Regulation of the trp Operon in Bacillus subtilis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
General Remarks on Regulatory Mechanisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238

22

Riboswitches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241
Mechanisms of Riboswitches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244

23

The Biological Fixation of Nitrogen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
Control of Nitrogenase Synthesis and Activity. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250

24

How Biosynthetic Pathways have been Established . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251
Use of Isotopes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251
Use of Auxotrophic Mutants. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254
Enzymatic Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256


25

The Aspartic Acid Family of Amino Acids: Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . 257
The Biosynthesis of Aspartic Acid and Asparagine. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257
Biosynthesis of Lysine from Aspartate Semialdehyde in Bacteria. . . . . . . . . 260


Contents

xiii

The Synthesis of Dipicolinic Acid, a Substance Present
in the Spores of Gram-Positive Bacilli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
The Reduction of Aspartate Semialdehyde to Homoserine,
the Common Precursor of Methionine and Threonine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
Biosynthesis of Methionine from Homoserine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
S-Adenosylmethionine (SAM) Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
Biosynthesis of Threonine from Homoserine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269
Biosynthetic Threonine Dehydratase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
Isoleucine Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271
Summary of the Biosynthetic Pathway of the Aspartate
Family of Amino Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272
Ectoine Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
26

Regulation of the Biosynthesis of the Amino Acids
of the Aspartic Acid Family in Enterobacteriaceae . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275
A Paradigm of Isofunctional and Multifunctional Enzymes

and of the Allosteric Equilibrium. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275
Two Aspartokinases in E. coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276
The Threonine-Sensitive Homoserine Dehydrogenase
of E. coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278
Isolation of a Mutant Lacking the Lysine-Sensitive Aspartokinase
and of Revertants Thereof. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278
Evidence That the Threonine-Sensitive Aspartokinase
and Homoserine Dehydrogenase of E. coli Are Carried
by the Same Bifunctional Protein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281
The Binding of Threonine to Aspartokinase I-Homoserine
Dehydrogenase I. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281
The Binding of Pyridine Nucleotides to Aspartokinase
I-Homoserine Dehydrogenase I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283
The Effects of Threonine on Aspartokinase I-Homoserine
Dehydrogenase I Are Not Only Due to Direct Interactions . . . . . . . . . . . . . 284
The Allosteric Transition of Aspartokinase
I-Dehydrogenase I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286
Aspartokinase II-Homoserine Dehydrogenase II . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289
Aspartokinase III . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291
Regulations at the Genetic Level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294
The Threonine Operon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294
Regulation of the Lysine Regulon at the Genetic Level. . . . . . . . . . . . . . . . . 296
Regulation of Methionine Biosynthesis at the
Genetic Level. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296
The Methionine Repressor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298
The metR Gene and Its Product. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 302
The Regulation of Isoleucine Synthesis at the Genetic Level . . . . . . . . . . . 304


xiv


Contents

Appendix: More on Regulons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 305
27

Other Patterns of Regulation of the Synthesis of Amino Acids
of the Aspartate Family . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307
Concerted Feedback Inhibition of Aspartokinase Activity
in Rhodobacter capsulatus (Formerly Rhodopseudomonas
capsulata) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307
Pseudomonads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
Specific Reversal of a Particular Feedback Inhibition by
Other Essential Metabolites. The Case of Rhodospirillum rubrum . . . . . . . . 310
The Particular Case of Spore-Forming bacilli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311
Some Other Cases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314

28

Biosynthesis of the Amino Acids of the Glutamic Acid Family
and Its Regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
The Biosynthesis of Glutamine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
Biosynthesis of Glutamine: Cumulative Feedback
Inhibition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
Biosynthesis of Glutamine: The Covalent Modification
of Glutamine Synthetase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 319
Glutamine Synthetase Structure. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320

Reversible Adenylylation of the Glutamine Synthetase . . . . . . . . . . . . . . . . . 323
Regulation of Glutamine Synthetase Activity by
Covalent Adenylylation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324
The Regulation of the Synthesis of Glutamine
Synthetase also Involves the Two Forms of PII
and UTase/UR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 325
Glutamine Synthetase in Other Microorganisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327
The Biosynthesis of Glutamate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
Glutamate Dehydrogenase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
Glutamate Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
Biosynthesis of Proline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330
Utilization of Proline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332
The Biosynthesis of Arginine and Polyamines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333
Biosynthesis of Arginine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333
Regulation of Arginine Biosynthesis at the
Transcriptional Level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336
The Arginine Repressor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336
Polyamine Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 337
Utilization of Arginine as Sole Nitrogen Source
by B. subtilis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340


Contents

xv

Nitric Oxide Synthase in Bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 341
The Biosynthesis of Lysine in Yeasts and Molds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 341
The Aminoadipic Acid Pathway . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 342
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 345

29

Biosynthesis of Amino Acids Derived from Phosphoglyceric
Acid and Pyruvic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347
Biosynthesis of Glycine and Serine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347
Regulation of Serine Hydroxymethyltransferase
at the Transcriptional Level . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 349
Biosynthesis of Cysteine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 350
O-Acetylation of Serine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352
Cysteine Synthesis in Methanogens. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352
Allosteric Regulation of Cysteine Synthesis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353
Regulation of Cysteine Synthesis at the Genetic Level . . . . . . . . . . . . . . . . . 353
Biosynthesis of Alanine. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 354
Biosynthesis of Valine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 355
Biosynthesis of Leucine. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357
Isoleucine Synthesis from Pyruvate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359
Regulation of Valine, Isoleucine and Leucine Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . 359
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 360

30

Selenocysteine and Selenoproteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363
Outlook. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 363
Enzymes Containing Selenocysteine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364
Formate Dehydrogenases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364
The Glycine Reductase Complex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 364
The Nicotinic Acid Hydroxylase of Clostridium barkeri. . . . . . . . . . . . . . . . 365
Hydrogenases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366
Xanthine Dehydrogenase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 366
Acetoacetyl CoA Thiolase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367

Gene Products Involved in Selenocysteine Biosynthesis
and Incorporation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 367
Selenocysteine Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368
Selenophosphate Synthetase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368
Selenocysteine Lyase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368
Selenocysteyl tRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 368
Insertion Sequences (SECIS Elements) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370
Selenocysteine and Archaea. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 370
Biochemical Function of the Selenocysteine Residue in Catalysis . . . . . . . . 371
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 371

31

Biosynthesis of Aromatic Amino Acids and Its Regulation . . . . . . . . . . . 373
The Common Pathway (Shikimic Pathway). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373


xvi

Contents

Formation of Shikimic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 373
Formation of Chorismic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 377
Physiological Aspects of the Regulation of the Common
Pathway. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 378
Characteristics of the Common Pathway in Several Organisms . . . . . . . . 379
Biosynthesis of Phenylalanine and Tyrosine from Chorismic Acid . . . . . . . 380
The tyrR Regulon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 381
Regulation of the pheA Gene by Attenuation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382
Other Organisms: The Arogenate Pathway of Phenylalanine

and Tyrosine Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 382
Aspartate as a Presursor of Aromatic Amino Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383
The Biosynthesis of Tryptophan from Chorismic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 384
Anthranilate Synthase-Anthranilate Phosphoribosyltransferase . . . . . . . . . 385
Phosphoribosylanthranilate Isomerase-Indoleglycerophosphate
Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 386
Tryptophan Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 387
Regulation of Tryptophan Biosynthesis at the Genetic Level: The
Tryptophan Repressor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391
A Unitary Model for Induction and Repression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393
Isolation of the Trp Repressor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 393
Enterochelin (Enterobactin) Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 395
The Synthesis of 2,3-Dihydroxybenzoic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 395
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 397
32

The Biosynthesis of Histidine and Its Regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 399
Regulation of Histidine Biosynthesis at the Genetic Level . . . . . . . . . . . . . . . . 402
Synthesis of Diphthamide, a Modified Histidine, by Archaea . . . . . . . . . . . . . 407
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 408

33

The Biosynthesis of Nucleotides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409
The Biosynthesis of Pyrimidine Nucleotides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409
Synthesis of 5-Phosphoribosyl-1-Pyrophosphate (PRPP) . . . . . . . . . . . . . . . 409
Synthesis of Carbamylphosphate. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 410
The Synthesis of Cytidine and Uridine Triphosphates . . . . . . . . . . . . . . . . . . 412
Direct Utilization of Pyrimidines and of Their Derivatives . . . . . . . . . . . . . 414
Aspartate Transcarbamylase of E. coli. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 414

The Aspartate Transcarbamylase of Other Organisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . 420
Regulation of Pyrimidine Nucleotide Synthesis at the
Genetic Level. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 421
The Biosynthesis of Purine Nucleotides. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422
Biosynthesis of 5-Amino-4-Imidazole Carboxamide
Ribonucleotide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422
Synthesis of Inosinic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 425
The Synthesis of Guanylic and Adenylic Acids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 426
Remarks on the Control of Purine Nucleotide Biosynthesis . . . . . . . . . . . . 427


Contents

xvii

From Nucleoside Monophosphates to Nucleoside Diphosphates
and Triphosphates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 429
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 429
34

The Biosynthesis of Deoxyribonucleotides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431
The Formation of Deoxyribonucleoside Diphosphates from Ribose
Nucleoside Diphosphates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431
The Ribosenucleoside Diphosphate (NDP) Reductase System
of E. coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431
Thioredoxin and Thioredoxin Reductase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431
Ribonucleoside Reductase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 434
Regulation of the Activity of Ribonucleoside Diphosphate Reductase . . . . 436
dCMP Deaminase and Thymidylate Synthase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 437
dUTPase. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 439

The Ribonucleoside Phosphate Reductase of Other Organisms . . . . . . . . . . . 439
A Ribonucleotide Triphosphate Reductase Reaction in E. coli
Grown Under Anaerobic Conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 440
The Synthesis of Deoxyribonucleoside Triphosphates from the
Diphosphates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 441
Organization of DNA Precursor Synthesis in Eukaryotic Cells. . . . . . . . . . . . 441
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 442

35

Biosynthesis of Some Water-Soluble Vitamins and of Their
Coenzyme Forms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443
Biosynthesis of Thiamin and Cocarboxylase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443
Control of Thiamin Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 445
Biosynthesis of Riboflavin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 447
Biosynthesis of Nicotinamide, NAD+ and NADP+. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 449
Regulation of the Biosynthesis of Nicotinamide and Its Derivatives . . . . . . 452
NAD+ and the ADP-Ribosylation of Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 453
Biosynthesis of Para-Aminobenzoic Acid, of Folic Acid
and Its Derivatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454
Biosynthesis of Vitamin B6 Pyridoxine, and of Its Derivatives,
Pyridoxal, Pyridoxamine and Pyridoxal Phosphate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 457
Biosynthesis of Biotin, Biotin CO2, and Biocytin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 459
The Biotin Operon and Its Repressor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 462
Biosynthesis of Lipoic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 463
Biosynthesis of Pantothenate and Coenzyme A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 464
The Synthesis of Pantothenic Acid. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 464
The Synthesis of Coenzyme A from Pantothenic Acid . . . . . . . . . . . . . . . . . 466
The Acyl Carrier Protein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467
The Biosynthesis of Inositol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467

Biosynthesis of Pyrroloquinoline Quinone . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 470


xviii

Contents

36

Biosynthesis of Carotene, Vitamin A, Sterols, Ubiquinones and
Menaquinones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 471
Synthesis of the Common Precursor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 471
The Non-mevalonate Pathway of Isoprenoid Precursor
(Dimethylallyl Pyrophosphate) Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 473
Synthesis of b-Carotene, Carotenoids and Vitamin A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 475
Synthesis of the Carotenoids . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 475
Regulation of Carotenoid Synthesis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 478
Synthesis of Vitamin A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479
Synthesis of Sterols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479
The Biosynthesis of Ubiquinones and Menaquinones. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 481
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484

37

Biosynthesis of the Tetrapyrrole Ring System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487
Synthesis of Protoporphyrin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487
Synthesis of Heme from Protoporphyrin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 492
Heme Biosynthesis in Archaea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493
Synthesis of Chlorophyll from Protoporphyrin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493

Biosynthesis of the Phycobilin Chromophores. Chromatic
Adaptation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 496
A Type of Chromatic Adaptation Under Conditions
of Sulfur Starvation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 499
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 500

38

Biosynthesis of Cobalamins Including Vitamin B12 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503
Cobinamide Biosynthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 507
From GDP-Cobinamide to Cobalamin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 509
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 510

39

Interactions Between Proteins and DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 513
DNA-Binding Proteins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 513
Study of the Protein–DNA Complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 515
Some Other Types of DNA-Binding Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 521
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 524

40

Evolution of Biosynthetic Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525
Principles of Protein Evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525
Two Theories for the Evolution of Biosynthetic Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . 525
The Methionine and Cysteine Biosynthetic Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 526
The Threonine, Isoleucine, Cysteine and Tryptophan Biosynthetic
Pathways . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 529
The Evolutionary Pathway Leading to the Three Isofunctional

Aspartokinases in Escherichia coli . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 535


Contents

xix

Transmembrane Facilitators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 542
DNA-Binding Regulator Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543
Selected References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543
Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 545


.


Abbreviations

aceA
aceB
aceK
acnA
acnB
ACP
ADP
ADPG
AICAR
AIR
AK
ALA

alr
AMP
APS
arcA
AS
ATCase
ATP
BCCP
CAIR
cAMP
CAP
cDNA
CDP
CDRP
CH2THF
citA
citC

isocitrate lyase
malate synthase A
isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
aconitase
aconitase
acyl carrier protein
adenosine diphosphate
adenosinediphosphoglucose
5-aminoimidazole-4-carboxami-do-1-b-ribofuranosyl-50 phosphate
aminoimidazole ribonucleotide
aspartokinase
d-aminolevulinic acid

alanine racemase
adenosine monophosphate
adenosine-50 -phosphosulfate
global regulatory network
anthranilate synthetase
aspartate transcarbamylase
adenosine diphosphate
biotin carboxyl carrier protein
5-amino-4-imidazole carboxylate ribonucleotide
cyclic AMP
catabolite activator protein
complementary DNA
cytidine diphosphate
anthranilate deoxyribulotide
5–10 methylene tetrahydrofolate
citrate synthase (B. subtilis)
isocitrate dehydrogenase (B. subtilis)

xxi


xxii

citH
citR
citZ
CMP
CoA
CRM
CTP

dADP
DAHP
DAP
DAPA
dATP
dCDP
dCMP
dCTP
ddlB
DEAE
dGDP
dGTP
DHNA
DHQ
DMK
DNA
dNDP
dNTP
dTDP
dTMP
dTTP
dUDP
dUMP
E4P
eda
edd
eno
FFAD
FAICAR
fbaA

fbp
FeMoco
FGAM
FGAR
fmd

Abbreviations

malate dehydrogenase (B. subtilis)
citrate synthase regulator (B. subtilis)
citrate synthase (B. subtilis)
cytidine monophosphate
coenzyme A
cross-reacting material
cytidine triphosphate
deoxyadenosine diphosphate
3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate
diaminopimelate
7,8 diaminopelargonate
deoxyadenosine triphosphate
deoxycytidine diphosphate
deoxycytidine monophosphate
deoxycytidine triphosphate
D-alanyl-D-alanine ligase
dimethylaminoethyl
deoxyguanosine diphosphate
deoxyguanosine triphosphate
1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid
dehydroquinate
demethylmenaquinone

deoxyribonucleic acid
deoxynucleoside diphosphate
deoxynucleoside triphosphate
deoxythymidine diphosphate
deoxythymidine monophosphate
deoxythymidine triphosphate
deoxyuridine diphosphate
deoxyuridine monophosphate
erythrose-4-phosphate
2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase
6-phosphogluconate dehydrase
enolase
female
flavin adenine dinucleotide
50 -phosphoribosyl-4-carboxamide-5-formamidoimidazole
fructose 1,6-bisphosphate aldolase
fructose bisphophatase
iron-molybdenum cofactor
formylglycinamidine ribonucleotide
formylglycinamide ribonucleotide
molybdenum-containing formylmethanofuran
dehydrogenase


Abbreviations

FMN
FPP
ftr
fumA

fumB
fumC
fur
fwd
gapA
gapB
GAR
GAT
gcd
GDP
glcB
glmU
gltA
GMP
gnd
gpm
GS
GSH
GSSG
GTP
HDH
Hfr
hisM
hisP
hisQ
HPr
iclR
idh
IGP
IMP

IPTG
7-KAP
Lac
LAO
Lrp

xxiii

flavin mononucleotide
farnesylpyrophosphate
formylmethanofuran tetrahydro-methanopterinformyltransferase
fumarase
fumarase
fumarase
global regulatory network
tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
4-phosphoerythronate dehydrogenase
glycinamide ribonucleotide
glutamine amidotransferase
glucose dehydrogenase
guanosine diphosphate
malate synthase induced by glycolate
Glc-NAc-1-phosphate uridylyltransferase
citrate synthase (E. coli)
guanosine monophosphate
phosphogluconate dehydrogenase
phosphoglyceromutase
glutamine synthetase
glutathione

oxidized glutathione
guanosine triphosphate
homoserine dehydrogenase
high frequency of recombination
membrane-bound component of the histidine ABC
transporter
ATP-binding membrane-bound protein of the histidine ABC
transporter
membrane-bound component of the histidine ABC
transporter
heat-stable protein of the PTS system
transcriptional repressor of the ace operon
isocitrate dehydrogenase
indoleglycerol phosphate or imidazoleglycerol phosphate
(cf. context)
inosinic acid
isopropylthiogalactoside
7-keto-8-aminopelargonate
lactose
lysine-arginine-ornithine permeation system
leucine-responsive regulatory protein


xxiv

MBP
mch
mdh
mer
MK

mraY
mRNA
mtrEDCBAFGH
murA
murB
murC
murD
murE
murF
murG
murI
5
N-methyl-H4PtGlu
NAD+
NADH
NADP+
NADPH
NDP
NEM
NMR
NTP
OMHMB
OMP
ONPF
ONPG
ORF
OSB
OTCase
PII
p-AB

pabA
pabB
pabC
p-ABG
PALA
PAPS
pdxb

Abbreviations

maltose-binding protein
methenyltetrahydromethanopterin cyclohydrolase
malate dehydrogenase
methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase
menaquinone
lipid I synthesis
messenger RNA
methylreductase operon
UDP-GlcNAc-enolpyruvoyltransferase
UDP-GlcNac-enolpyruvate reductase
alanine addition
glutamate addition
meso-diaminopimemate addition
D-alanyl D-alanine addition
lipid II synthesis
glutamate racemase
5
N-methyltetrahydropteroylglutamate
nicotinamide adenine dinucleotide
reduced form of NAD+

nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
reduced form of NADP+
nucleoside diphosphate
N-ethylmaleimide
nuclear magnetic resonance
nucleoside triphosphate
2-octaprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-methoxy-1,4-benzoquinone
orotidine-50 -phosphate
o-nitrophenylfucoside
o-nitrophenylgalactoside
open reading frame
o-succinylbenzoate
ornithine transcarbamylase
protein interacting with glutamine synthetase
adenylyltransferase
p-aminobenzoic acid
4-amino-4-deoxychorismate synthase, Gln amidotransferase
subunit
4-amino-4-deoxychorismate synthase, amination subunit
elimination of pyruvate from 4-amino-4-deoxychorismate
p-aminobenzoylglutamic acid
N-phosphonacetyl-L-aspartate
30 -phosphoadenosine-50 -phosphosulfate
4-phosphoerythronate dehydrogenase