tin sinh học
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (3.03 MB, 42 trang )
TIN SINH HỌC
BIOINFORMATICS
Giới thiệu môn học
Giới thiệu môn học
2
GIỚI THIỆU CHUNG
1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET
- Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet
- Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet
- Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm kiếm trình
tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI
2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH
DNA, RNA, PROTEIN
- Clustalx; TreeView
- DNA club; NTSYSPC
- Plasdraw; Chromas
Mục tiêu môn học
Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên
cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên
ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược,
CNSH môi trường nói riêng.
Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein,
các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến
cũng như các phần mềm sinh học.
Giới thiệu môn học
3
Bioinformatics là gì?
Giới thiệu môn học
4
Bioinformatics là gì?
Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh học và sinh
học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần có những công cụ riêng phục
vụ cho nhu cầu và sự phát triển của nó. Những công cụ cơ bản có
thể bao gồm:
- Máy tính
- Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắp xếp của mã
trình tự
- Các công cụ, phần mềm (software)
- Internet
Giới thiệu môn học
5
Giới thiệu môn học
6
Internet
Cơ sở dữ
liệu sinh
học
NCBI
120 quốc gia
Anh đã giải mã 30% bản đồ gene
Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc
Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus…
Xây dựng, bổ sung, tổ chức quản lý khai khác cơ sở dữ liệu
(database - cơ sở dữ liệu) đa dạng, toàn diện trên quy mô toàn
cầu về công nghệ sinh học.
Chuyển trình
tự Gene
Các ứng dụng của Tin sinh học
Giới thiệu môn học
7
BẮT ĐẦU
THÍ NGHIỆM
PHẦN MỀM
XÁC ĐỊNH
LẠI
TỐI ƯU HÓA
THÔNG SỐ
MÁY TÍNH
TIẾN HÀNH
THÍ NGHIỆM
TỪ CÁC THÔNG
SỐ NÀY
Các ví dụ về mô hình máy tính
Ví dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật
Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm
(DNA club)
Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC)
Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện
thí nghiệm
Giới thiệu môn học
8
Các ứng dụng của Tin sinh học
Nghiên cứu về chuỗi trình tự
Nghiên cứu về bộ gene
Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy
tính
Nghiên cứu đa dạng di truyền
Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư
So sánh bộ gene
Giới thiệu môn học
9
PHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU
Giới thiệu môn học
10
Phần mềm
sinh học
1. Sản phẩm
nghiên cứu từ
nông nghiệp
2. Sản phẩm
nghiên cứu từ
thực phẩm
3. Sản phẩm
từ môi trường
vv…
Các kỹ thuật
sinh học
Khi làm thí
nghiệm
BÀI 1: TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ
LIỆU TRÊN INTERNET
Giới thiệu môn học
11
Tìm kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ
tìm kiếm
www.google.com
www.altavista.com
www.infoseek.com
www.excite.com
www.nlsearch.com
Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học
- NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ
- EMBL-Cơ sở dữ liệu Châu âu
CÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM
Giới thiệu môn học
12
TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET
Giới thiệu môn học
13
Nguyên tắc
TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET
Giới thiệu môn học
14
1. XÁC ĐỊNH THÔNG TIN CẦN TÌM
Để có nhiều thông tin hơn, ta phải dịch nội dung
chính của vấn đề sang tiếng Anh vì dữ liệu trên
internet là tiếng Anh
ví dụ: Đu đủ chuyển gen kháng virus
Transformation papaya viral resistance
2. XÁC ĐỊNH TỪ KHÓA
Để tìm kiếm thông tin chúng ta phải xác định một
từ hay một nhóm từ khóa mang nội dung chủ yếu
hay quan trọng nhất của vấn đề quan tâm
Từ khóa: Trasformation papaya, viral resistance
TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET
3. CHỌN CÔNG CỤ TÌM KIẾM
- Google Patent Search-Tìm kiếm bằng sáng chế
- Google Scholar-Công cụ tìm kiếm dành cho học giả
- Google Books- công cụ tìm kiếm sách
4. LỌC THÔNG TIN
- Đọc lướt nhanh rồi đối chiếu với nội dung ta cần
tìm. Nếu đúng là thông tin ta cần tìm thì lưu lại
trang web.
- Từ khóa càng chuyện biệt thì kết quả tìm kiếm càng
gần với thông tin ta quan tâm.
Giới thiệu môn học
15
VÍ DỤ THỰC HÀNH TÌM KIẾM BẰNG GOOGLE
Giới thiệu môn học
16
Giới thiệu môn học
17
TÌM KIẾM THÔNG TIN NÂNG CAO TRÊN GOOGLE
Giới thiệu môn học
18
-Acrobat
-Power
point
Ví DỤ THỰC HÀNH CÁC BƯỚC
TÌM KIẾM
Giới thiệu môn học
19
BÀI TẬP
1. Hãy tìm những tài liệu về sự chuyển gene kháng virus ở
cây đu đủ bằng tạp chí chuyên ngành và google
Từ khóa: viral resistance, transformation, papaya)
2. Hãy tìm những công bố nghiên cứu về xác định giới tính ở
bò bằng kỹ thuật multiplex PCR
Từ khóa: Determination,sex, cattle, multiplex PCR
3. Hãy tìm những bài báo liên quan đến vấn đề chẩn đoán
bệnh viêm gan siêu vi C (HCV), viêm gan siêu vi B (HBV)
Giới thiệu môn học
20
CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG
NGHỆ SINH HỌC
Về động vật học:
/>Chẩn đoán phân tử :
/>Virus học:
/>Sinh lý thực vật :
/>Tế bào thực vật :
/>Giới thiệu môn học
21
CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG
NGHỆ SINH HỌC
Sinh học phân tử và tiến hóa :
/> Tế bào mầm:
/>Thú y :
/>Nghiên cứu về RNA :
/>Nghiên cứu về acid nucleic:
/>Giới thiệu môn học
22
TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH
Giới thiệu môn học
23
/>TÌM KiẾM BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM
KHẢO CỦA CÁC TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH
Giới thiệu môn học
24
Giới thiệu môn học
25
