A phylogenomic study of the genus Alphavirus employing whole genome comparison ppsx
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (93.82 KB, 5 trang )
A phylogenomic study of
the genus Alphavirus
employing whole genome
comparison
Phân tích phát sinh chủng loài
đối với nhóm Aplhavirus đã đư
ợc
thực hiện từ lâu trước đây bằng
cách sử dụng một đoạn gene nào
đó, hoặc cả một gene hoặc một
phần dữ liệu proteomics. Trên tờ
Comaparative and Functional
Genomics 6: 217-227 (xem bài
báo đính kèm), nhóm tác giả
Luers và cộng sự đã sử dụng
trình tự cDNA và protein t
ừ ngân
hàng dữ liệu GenBank để phân
tích quá trình tiến hóa của nhóm
virus này.
Dữ liệu dùng cho phân tích phần
lớn là các gene đã được giải trình
tự có chiều dài đầy đủ, chỉ một số
rất ít là đoạn gene chưa hoàn ch
ỉnh.
Quá trình phát sinh chủng loài của
nhóm alphavirus đư
ợc suy luận từ 3
phép phân tích riêng rẽ là (1) phân
tích vùng mã hóa cấu trúc vỏ
capsid, (2) phân tích vùng mã hóa
không cấu trúc và (3) phân tích
toàn bộ genome thông qua phương
pháp khoảng cách lân cận
(distance/neighbour-joining).
Kết quả phân tích trong nghiên cứu
này đã xác nhận lại rằng nhánh
Western Equine Ecepphalitis
(WEE) là do quá trình tái tổ hợp
mà ra cũng như đồng ý với nhiều
công bố trước đó cho rằng việc
phát xạ loài theo quy mô địa lý và
sự phân kỳ của các nhóm khác
nhau là do các cơ chế khác nhau.
Dữ liệu phân tích của nhóm Luers
cho thấy hai nhánh Salmon
Pancreatic Disease Virus và
Sleeping Disease Virus là một
nhánh có chung một thủy tổ và
thủy tố của chúng chính là một loài
alphavirus nào đó trong quá khứ đã
phân ly khỏi nhóm alphavirus một
cách thành công.
Hơn nữa, kết quả nghiên cứu trong
bài báo này cho th
ấy có nhiểu điểm
không giống với một số báo cáo
trước đó, ví dụ như Barmah Forest
Virus và Middelburg Virus có vẻ
như là thành viên của nhánh
Semliki Forest.
Đặc biệt là Southern Elephant Seal
Virus chính là một thành viên của
nhánh Semliki Forest mặc dù
khoảng cách di truyền của loài
Southern Elephant Seal Virus khá
xa so với các loài khác trong nhóm
Alphavirus.
Điều thú vị cuối c
ùng trong bài báo
này đó là các tác giả nhận thấy to
àn
bộ genome c
ủa Rubella có thể đóng
vai trò như một nhóm ngoại (nhóm
đối chứng) rất lý tưởng cho việc
nghiên cứu phát sinh chủng loài
của nhóm Alphavirus.
