Báo cáo thực hành thiết bị và kỹ thuật cnsh
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (1.17 MB, 13 trang )
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA KHOA HỌC SINH HỌC
BÁO CÁO
Thiết bị và Kỹ Thuật Công Nghệ Sinh học
Sinh viên thực hiện:
Nguyễn Thiên Ân - 21126269
Lê Thị Kiều Giang - 21126317
Cao Nguyễn Bảo Ân - 21126268
Phan Tấn Phát - 21126156
Tp.HCM, 10/2023
1. Đặt vấn đề
2. Vật liệu và phương pháp
3. Kết quả và thảo luận
2
1. Đặt vấn đề
3
1. Đặt vấn đề
1.1. Thực trạng hiện nay
Việt Nam là một nước nông nghiệp đang trên đà phát triển với nhiều loại hình sản xuất
Cây cà phê đóng một vai trị vơ cùng quan trọng trong sản xuất nơng nghiệp ở nước ta
4
1. Đặt vấn đề
1.1. Thực trạng hiện nay
Cà phê Robusta, còn được biết đến với tên gọi khác là cà phê Canephora. Ở Việt Nam Robusta cịn
có tên gọi là cà phê Vối. Đây là một trong những loại cà phê được bán phổ biến và được ưa chuộng ở
thị trường Việt Nam.
Hình 1.1 Biểu đồ diễn biến giá cà phê
5
2. Vật liệu và phương pháp
6
2. Vật liệu và phương pháp
2.1. Vật liệu
2.1.1 Cà phê Robusta
Cà phê Robusta (Coffea canephora) có tiếng là dịng cà phê có hương vị mạnh, nồng đặc trưng, hàm lượng caffeine có
trong hạt, hàm lượng này cao chiếm từ 3% – 4%
Cây thường được trồng ở độ cao dưới 1000m so với mực nước biển. Nhiệt độ lý tưởng dao động từ 24 đến 29 độ C. Cây cà
phê Robusta là loại cây ưa nước với yêu cầu lượng mưa hàng năm trung bình trên 1000mm. Đặc biệt, so với cà phê thông
thường, cây cà phê Robusta phải được trồng trong điều kiện ánh sáng thuận lợi hơn.
Hình 2.1 Hạt cà phê Robusta
Hình 2.2 Cây cà phê Robusta
7
2. Vật liệu và phương pháp
2.1.2 Tổng quan đánh dấu SCot
Nhắm mục tiêu mã khởi đầu ( SCoT ) là các điểm đánh dấu trội và có thể tái tạo, có nền tảng từ vùng được bảo tồn ngắn của
các gen thực vật bao quanh codon khởi đầu (hoặc khởi đầu) dịch mã ATG và có một mồi 18 mer duy nhất trong phản ứng
chuỗi polymerase (PCR)
2.1.3 Tổng quan đánh dấu SCAR
Các vùng khuếch đại đặc trưng trình tự (SCAR) được phát triển dưới dạng các dấu hiệu di truyền dựa trên PCR. Khi một
đoạn DNA bộ gen ở một locus xác định về mặt di truyền được khuếch đại bằng PCR sử dụng một cặp mồi oligonucleotide
nhất định, kết quả được gọi là SCAR
8
2. Vật liệu và phương pháp
2.1.Phương pháp nghiên cứu
Nội dung 1: Tìm ra band đa hình dựa trên chỉ thị SCoT
Ly trích DNA theo phương pháp của Doyle & Doyle (1987) có hiệu chỉnh
Đo OD
PCR với 10 chỉ thị ScoT
Điện di trên gel Agarose và phát hiện band khác biệt
Nội dung 2: Tạo dịng đoạn DNA đa hình
Thu hồi và tinh sạch các đoạn khuếch đại từ Agarose gel bằng Gel Extraction Kit
Sản phẩm DNA được tạo dòng bằng vector pJET1.2/blunt và biến nạp vào tế bào Escherichia
coli TOP10 theo hướng dẫn của nhà sản xuất
Khuẩn lạc dương tính được xác định bằng PCR( dùng phương pháp biến nạp và khả nạp)
Nội dung 3: Xác định trình tự band đa hình Tách plasmid và gửi giải trình tự đoạn đặc hiệu
Nội dung 4: Thiết kế cặp primer dựa trên trình tự nhận được
Sử dụng các ứng dụng sinh tin chuyên dùng thiết kế primer dựa trên trình tự nhận được
Nội dung 5: Kiểm tra xác định độ đặc hiệu của cặp primer
Xây dựng quy trình PCR cho SCAR primer thiết kế
Kiểm tra độ đặc hiệu của SCAR primer trên cà phê robusta
9
3. Kết quả và thảo luận
10
3. Kết quả và thảo luận
3.1.Tình hình nghiên cứu
3.1.1. Tình hình nghiên cứu trong nước
Cùng với việc xác thực danh tính lồi, việc dự đốn nồng độ các chất thực vật có hoạt tính có thể cần thiết để
kiểm sốt chất lượng trong việc sử dụng nguyên liệu thực vật cho mục đích dược phẩm. Việc phát triển các dấu
hiệu SCAR có thể tương quan giữa dữ liệu dấu vân tay DNA với số lượng dấu hiệu hóa học thực vật được chọn
liên quan đến loại dược liệu cụ thể đó sẽ có ứng dụng rộng rãi trong việc kiểm sốt chất lượng ngun liệu thơ.
Những điểm đánh dấu được thiết kế này sẽ hoạt động như một công cụ định tính/định lượng
3.1.2. Tình hình nghiên cứu ngồi nước
So với các dấu hiệu phân tử thông thường, SCAR đã được chứng minh là đơn giản hơn, có khả năng tái tạo
cao hơn và đáng tin cậy hơn khi được sử dụng để nhận dạng thực vật ở cấp độ nội bộ và/hoặc liên lồi. Ngồi ra,
SCAR khơng u cầu đồng vị phóng xạ và chỉ phát hiện một locus duy nhất, cho thấy SCAR có khả năng tái sản
xuất cao và đặc trưng cho từng locus và có thể được áp dụng trong các nghiên cứu lập bản đồ và lựa chọn hỗ trợ
đánh dấu cho các đặc điểm kinh tế nông nghiệp di truyền như tính kháng sinh học ở các loại cây trồng khác nhau
11
Tài liệu tham khảo
1. Rhizosphere microbiome dataset of Robusta coffee (Coffea canephora
L.) grown in the Central Highlands, Vietnam, based on 16S rRNA metagenomics analysis - ScienceDirect
2. Cà phê Robusta - Nguồn gốc, hương vị, vùng trồng - Bonjour Coffee
3. Sequence Characterized Amplified Region - Search (bing.com)
4. Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) - WUR
5. Advances in Coffea Genomics - ScienceDirect
6. Sustainable Coffee Production | Oxford Research Encyclopedia of Environmental Science
7. Advances in genomics for the improvement of quality in coffee (wiley.com) *
8. Đặc điểm 3 giống cà phê: cà phê chè, cà phê vối, cà phê mít (vuacaygiong.com)
9. Thành phần hóa học của hạt cà phê | PrimeCoffee (primecoffea.com) *
10. Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) - WUR
11. Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) Markers in Sengon (Paraseriathes falcataria
(L.) Nielsen - ScienceDirect
12. Scar markers: Applications in plant science (pharmabiz.com)
12
Cảm ơn Thầy
và các bạn đã lắng nghe
13
