SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN
TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC

BÁO CÁO TỔNG HỢP
KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
XÂY DỰNG VÀ ỨNG DỤNG QUY TRÌNH XÁC ĐỊNH GEN KHÁNG
BỆNH KHẢM LÁ Ở CÂY KHOAI MÌ BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ

Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Công nghệ Sinh học
Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS. Nguyễn Xuân Dũng

Thành phố Hồ Chí Minh - 2021


SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN
TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC

BÁO CÁO TỔNG HỢP
KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ

XÂY DỰNG VÀ ỨNG DỤNG QUY TRÌNH XÁC ĐỊNH GEN KHÁNG
BỆNH KHẢM LÁ Ở CÂY KHOAI MÌ BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ
Đã chỉnh sửa theo kết luận của Hội đồng nghiệm thu
Ngày 25/06/2021

Chủ nhiệm nhiệm vụ:

Nguyễn Xuân Dũng
Cơ quan chủ trì nhiệm vụ

Nguyễn Đăng Quân

Thành phố Hồ Chí Minh - 2021


SỞ NƠNG NGHIỆP VÀ PTNT
THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC

CỘNG HỊA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập - Tự do - Hạnh phúc
Thành phố Hồ Chí Minh, ngày

tháng

năm 2021

BÁO CÁO THỐNG KÊ
KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN
I. THÔNG TIN CHUNG
1. Tên nhiệm vụ: Xây dựng và ứng dụng quy trình xác định gen kháng bệnh
khảm lá ở cây khoai mì bằng chỉ thị phân tử.
Thuộc: Chương trình mục tiêu phát triển giống cây, giống con chất lượng cao
trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh giai đoạn 2016-2020 (Quyết định số
4652/QĐ-UBND ngày 06/09/2016).
2. Chủ nhiệm nhiệm vụ
Họ và tên: Nguyễn Xuân Dũng
Ngày, tháng, năm sinh: 29/04/1979

Nam/ Nữ: Nam


Học hàm, học vị: Tiến sĩ
Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên
Chức vụ: Trưởng phòng CNSH Thực vật
Điện thoại: 0903800438

Tổ chức: (84-28) 37153792

Nhà riêng: 0274-3818746
E-mail:
Tên tổ chức đang công tác: Trung tâm Công nghệ Sinh học TP. HCM.
Địa chỉ tổ chức: Số 2374, QL 1, Kp.2, P.Trung Mỹ Tây, Q.12, TP. HCM.
Địa chỉ nhà riêng: 147/19/10, Nguyễn Thị Minh Khai, khu 2, P. Phú Hồ, TP.
Thủ Dầu Một, Bình Dương.

1


3. Tổ chức chủ trì nhiệm vụ
Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Cơng nghệ Sinh học TP. HCM
Điện thoại: (84-28) 37153792

Fax: (84-28) 389169 97

E-mail:
Website:
Địa chỉ: Số 2374, QL 1, Kp.2, P.Trung Mỹ Tây, Q.12, TP. HCM.
Họ và tên thủ trưởng tổ chức: TS. Nguyễn Đăng Quân
Số tài khoản: 3713.0.1007645
Kho bạc: Kho bạc Nhà nước TP. HCM
Tên cơ quan chủ quản đề tài: Sở Nông nghiệp và Phát triển nơng thơn

II. TÌNH HÌNH THỰC HIỆN
1. Thời gian thực hiện nhiệm vụ
- Theo Hợp đồng đã ký kết: từ tháng 04 năm 2019 đến tháng 12 năm 2020
- Thực tế thực hiện: từ tháng 04 năm 2019 đến tháng 06 năm 2021
2. Kinh phí và sử dụng kinh phí
a) Tổng số kinh phí thực hiện: 700.000.000 đ, trong đó:
+ Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 700.000.000 đ.
+ Kinh phí từ các nguồn khác: 0 đ.
b) Tình hình cấp và sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học:
Theo kế hoạch
Số
TT

1

2

Thực tế đạt được

Ghi chú

Thời gian

Kinh phí

Thời gian

Kinh phí

(Số đề nghị


(Tháng, năm)

(đ)

(Tháng, năm)

(đ)

quyết tốn)

04/201912/2019
01/202012/2020

04/2019-

350.000.000

12/2019
01/2020-

350.000.000

06/2021

2

312.287.820 312.287.820

318.978.500 318.978.500



c) Kết quả sử dụng kinh phí theo các khoản chi:
Đối với đề tài:
Đơn vị tính: đồng

Số
TT

Theo kế hoạch

Nội dung
các khoản
chi

Tổng

Thực tế đạt được
Nguồn

NSKH

khác

Tổng

NSKH

Nguồn
khác


Trả công
1

lao động
(khoa học,

184.947.840 184.947.840

0

184.947.840 184.947.840

0

471.013.000 471.013.000

0

412.782.500 412.782.500

0

phổ thơng)
Ngun,
2

vật liệu,
năng
lượng


3

Thiết bị,
máy móc

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0

0


Xây dựng,
4

sửa chữa
nhỏ

5

Chi khác
Tổng
cộng

44.039.160 44.039.160

700.000.000 700.000.000

3

0

33.535.980 33.535.980

631.266.320 631.266.320

0


Đối với dự án:
Đơn vị tính: đồng


Số

Nội dung

TT

các khoản chi

1

2

3

4

5

6

7

Theo kế hoạch
Tổng

NSKH

Thiết bị, máy móc
mua mới
Nhà xưởng xây

dựng mới, cải tạo
Kinh phí hỗ trợ
cơng nghệ
Chi phí lao động
Ngun vật liệu,
năng lượng
Thuê thiết bị, nhà
xưởng
Khác
Tổng cộng

4

Thực tế đạt được
Nguồn
khác

Tổng

NSKH

Nguồn
khác


3. Các văn bản hành chính trong q trình thực hiện đề tài/dự án
Số Số, thời gian ban hành
TT

Tên văn bản


văn bản

Quyết định thành lập Hội
1

72/QĐ-SNN ngày

đồng khoa học xét duyệt đề

26/03/2019

cương chi tiết nhiệm vụ khoa
học- công nghệ năm 2019

2

3

35/HĐGV-CNSH ngày
15/04/2019

04/2019/HĐ-SNN ngày
31/10/2019

Hợp đồng giao việc thực hiện
nhiệm vụ KH-CN cấp cơ sở
năm 2019
Hợp đồng thực hiện nhiệm
vụ khoa học và công nghệ

cấp cơ sở
Quyết định thành lập Hội

4

245/QĐ-SNN ngày

đồng Tư vấn giám định

16/06/2020

nhiệm vụ khoa học và công
nghệ

5

383/QĐ-SNN ngày
12/10/2020

Quyết định gia hạn thời gian
thực hiện nhiệm vụ khoa học
công nghệ
Quyết định thành lập Hội

6

191/QĐ-SNN ngày

đồng Tư vấn nghiệm thu


21/05/2021

nhiệm vụ khoa học và công
nghệ cấp cơ sở

5

Ghi chú


4. Tổ chức phối hợp thực hiện nhiệm vụ
Số
TT

1

Tên tổ chức

Tên tổ chức đã

đăng ký theo

tham gia thực

Thuyết minh

hiện

Trung


tâm Trung

tâm

Nghiên

cứu Nghiên

cứu

Thực nghiệm Thực

nghiệm

Nông nghiệp Nông

nghiệp

Hưng Lộc

Nội dung

Sản phẩm

tham gia chủ

chủ yếu đạt

yếu


được

cấp

Cung

mẫu khoai mì
bệnh

kháng
khảm lá

Hưng Lộc

Ghi
chú*

Mẫu khoai mì
bệnh

kháng
khảm lá

5. Cá nhân tham gia thực hiện nhiệm vụ
Số
TT

Tên cá nhân

Tên cá nhân


đăng ký theo

đã tham gia

Thuyết minh

thực hiện

Nội dung tham
gia chính

Sản phẩm
chủ yếu đạt
được

- Nghiên cứu viết
thuyết minh đề
tài.
- Chủ trì thực
1

Nguyễn Xuân TS. Nguyễn

hiện đề tài, thiết

Dũng

kế


Xuân Dũng

thí

nghiệm,

kiểm tra, đánh giá
kết quả thực hiện.
- Viết báo cáo
nghiệm thu đề tài.

6

-

Thuyết

minh đề tài.
- Báo cáo
nghiệm thu
đề tài.

Ghi
chú*


- Các mẫu
giống khoai
- Thu thập nguồn mì.
mẫu


khoai

phục

vụ

mì - Quy trình
cho tách

nghiên cứu.

chiết

DNA.

- Tách chiết DNA - Quy trình
từ lá khoai mì.

PCR nhận

gen
- Thiết lập quy diện
trình PCR nhận kháng
diện gen kháng CMD.

2

KS. Nguyễn


KS. Nguyễn

bệnh

khảm

lá - Báo cáo

Thị Kim

Thị Kim

khoai mì dựa trên kết quả về

Thoa

Thoa

chỉ thị phân tử.

sự

hiện

của
- Kiểm tra sự hiện diện
diện của gen gen kháng
kháng bệnh khảm CMD
lá trên các giống - Báo cáo
khoai mì thu thập. kết quả về

- Kiểm tra tính tính kháng
kháng bệnh khảm virus của
lá của các giống các giống
khoai mì thu thập. khoai mì.

7


- Tách chiết DNA
từ lá khoai mì.

trình PCR nhận
diện gen kháng

3

KS. Huỳnh

bệnh

khảm

lá

Nguyễn Minh Nguyễn

khoai mì dựa trên

Nghĩa


chỉ thị phân tử.

Minh Nghĩa

- Kiểm tra sự hiện
diện

của

tách

chiết

DNA.

- Thiết lập quy

KS. Huỳnh

- Quy trình

gen

kháng bệnh khảm
lá trên các giống
khoai mì thu thập.

- Quy trình
PCR nhận
diện


gen

kháng
CMD.
- Báo cáo
kết quả về
sự
diện

hiện
của

gen kháng
CMD

- Thu thập nguồn - Các mẫu
mẫu

khoai

phục

vụ

mì giống khoai
cho mì.

nghiên cứu.


4

KS. Nguyễn
Thanh Tài

- Quy trình

ThS.

- Tách chiết DNA tách

chiết

Nguyễn

từ lá khoai mì.

Thanh Tài

- Thiết lập quy - Quy trình

DNA.

trình PCR nhận PCR nhận
diện gen kháng diện
bệnh

khảm

lá kháng


khoai mì dựa trên CMD.

8

gen


chỉ thị phân tử.

- Báo cáo

- Kiểm tra sự hiện kết quả về
hiện
diện của gen sự
của
kháng bệnh khảm diện
lá trên các dịng gen kháng
khoai mì ở Việt CMD
Nam.
- Thiết lập quy
trình PCR nhận
diện gen kháng

5

KS. Nguyễn

KS. Nguyễn


Thị Thanh

Thị Thanh

Thảo

Thảo

bệnh

khảm

lá

khoai mì dựa trên
chỉ thị phân tử.
- Kiểm tra tính
kháng bệnh khảm
lá của các giống
khoai mì thu thập

9

- Quy trình
PCR nhận
diện

gen

kháng

CMD.
- Báo cáo
kết quả về
tính kháng
virus
các

của
giống

khoai mì.


6. Tình hình hợp tác quốc tế

Số
TT

Theo kế hoạch

Thực tế đạt được

(Nội dung, thời gian, kinh

(Nội dung, thời gian, kinh

phí, địa điểm, tên tổ chức

phí, địa điểm, tên tổ chức hợp


hợp tác, số đoàn, số lượng

tác, số đoàn, số lượng người

người tham gia...)

tham gia...)

Ghi
chú*

1
7. Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị
Theo kế hoạch

Thực tế đạt được

(Nội dung, thời gian, kinh

(Nội dung, thời gian,

phí, địa điểm )

kinh phí, địa điểm )

Số
TT

Ghi chú*


1
8. Tóm tắt các nội dung, cơng việc chủ yếu
Thời gian
Các nội dung, công
Số

việc chủ yếu

TT

(Các mốc đánh giá
chủ yếu)

1

Xây

dựng

minh chi tiết.

thuyết

(Bắt đầu, kết thúc
- tháng … năm)

Người, cơ quan
thực hiện

Theo kế


Thực tế đạt

hoạch

được

02 tháng

02 tháng

03-04/2019 03-04/2019

10

Nguyễn Xuân Dũng


Nguyễn

Thị

Kim

Thoa
Thu thập nguồn mẫu
2

khoai mì phục vụ
cho nghiên cứu.


02 tháng

02 tháng

04-05/2019 04-05/2019

Huỳnh

Nguyễn

Minh Nghĩa
Nguyễn Thanh Tài
Nguyễn Thị Thanh
Thảo
Nguyễn

Thị

Kim

Thoa
3

Tách chiết DNA từ
lá khoai mì.

3 tháng

3 tháng


04-06/2019 04-06/2019

Huỳnh

Nguyễn

Minh Nghĩa
Nguyễn Thanh Tài
Nguyễn

Kim

Thoa

Thiết lập quy trình

4

Thị

PCR nhận diện gen

06 tháng

06 tháng

Huỳnh

kháng bệnh khảm lá


06/2019-

06/2019-

Minh Nghĩa

khoai mì dựa trên

12/2019

12/2019

Nguyễn Thanh Tài

chỉ thị phân tử.

Nguyễn

Nguyễn Thị thanh
Thảo

Kiểm tra sự hiện
5

diện của gen kháng
bệnh khảm lá trên

04 tháng


04 tháng

Nguyễn

Thị

Kim

Thoa
01-04/2020 01-04/2020

11

Huỳnh

Nguyễn


các giống khoai mì

Minh Nghĩa

thu thập.

Nguyễn Thanh Tài
Nguyễn Thị Thanh
Thảo
Nguyễn

Kiểm tra tính kháng

6

06 tháng

bệnh khảm lá của

06 tháng

Kim

Thoa

các giống khoai mì 05-10/2020 05-10/2020 Nguyễn Thị Thanh
thu thập

7

Thị

Thảo
02 tháng

Viết báo cáo nghiệm
thu đề tài

02 tháng

Nguyễn Xuân Dũng

11-12/2020 11-12/2020


III. SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ
1. Sản phẩm KH&CN đã tạo ra
a) Sản phẩm Dạng I
Số

Tên sản phẩm và chỉ

Đơn

TT

tiêu chất lượng chủ yếu

vị đo

Số lượng

Theo kế

Thực tế

hoạch

đạt được

30

80


Bộ sưu tập mẫu giống
khoai mì có thơng tin
1

(tên, địa điểm, nguồn
gốc) rõ ràng, sinh trưởng
tốt trong điều kiện nhà

Mẫu
giống/
Giống

kính

12

80


Bộ chỉ thị phân tử phù
2

hợp cho nhận diện gen

Bộ

01

01


01

kháng CMD
b) Sản phẩm Dạng II

Số

Ghi

Yêu cầu khoa học cần đạt

chú

Tên sản phẩm

TT
Theo kế hoạch
Cơ sở dữ liệu về Có thơng tin rõ ràng
1

thông tin các mẫu về tên và nguồn gốc
giống khoai mì thực của mẫu giống thu
hiện trong đề tài

thập

Thực tế đạt được

Có thơng tin rõ ràng
về nguồn gốc của

mẫu giống thu thập

Quy trình bao gồm Quy trình bao gồm
các bước thực hiện các bước thực hiện
Quy trình nhận diện chi tiết, cụ thể; có chi tiết, cụ thể; có
2

gen kháng CMD ở khả năng áp dụng khả năng áp dụng
khoai mì

cho nghiên cứu và cho nghiên cứu và
giảng dạy trong điều giảng
kiện Việt Nam.

13

dạy

trong

điều kiện Việt Nam.


c) Sản phẩm Dạng III
Yêu cầu khoa học cần đạt

Số

Tên sản


TT

phẩm

Theo kế

Số lượng, nơi cơng bố

Thực tế đạt được

(Tạp chí, nhà xuất bản)

hoạch
02,

- Tạp chí Khoa học Đại học

Bài báo
1

khoa

02

Quốc tế Hồng Bàng

02

học


- Tạp chí Khoa học và Cơng
nghệ Nơng nghiệp Việt Nam

d) Kết quả đào tạo
Số lượng

Số

Cấp đào tạo, Chuyên

TT

ngành đào tạo

1

Thạc sỹ

Ghi chú

Theo kế

Thực tế đạt

(Thời gian

hoạch

được


kết thúc)

01

01

Dự kiến
08/2021

đ) Tình hình đăng ký bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp
Kết quả
Số

Tên sản phẩm

TT

đăng ký

Ghi chú

Theo

Thực tế

(Thời gian

kế hoạch

đạt được


kết thúc)

1

14


e) Thống kê danh mục sản phẩm KHCN đã được ứng dụng vào thực tế

Số

Tên kết quả

TT

đã được ứng dụng

Địa điểm
Thời gian

(Ghi rõ tên, địa
chỉ nơi ứng dụng)

Kết quả
sơ bộ

1
2. Đánh giá về hiệu quả do nhiệm vụ mang lại
a) Hiệu quả về khoa học và công nghệ

- Cung cấp cơ sở dữ liệu ban đầu về gen kháng trên cây khoai mì phục
vụ cho cơng tác nghiên cứu chọn tạo giống khoai mì kháng bệnh khảm lá.
- Chọn lọc được chỉ thị phân tử phù hợp cho việc xác định gen kháng
bệnh góp phần quan trọng để sàng lọc nhanh các giống khoai mì có khả năng
kháng bệnh phục vụ cho nghiên cứu và sản xuất.
- Bước đầu cung cấp cơ sở dữ liệu về sự hiện diện của gen kháng bệnh
khảm lá thông qua các chỉ thị liên kết với gen.
b) Hiệu quả về kinh tế xã hội
- Góp phần giải quyết bệnh khảm lá khoai mì hiện đang lan rộng ở Việt
Nam; từ đó giúp nâng cao năng suất, chất lượng khoai mì.
- Góp phần thực hiện chương trình phát triển giống cây trồng chất lượng
cao của Thành phố Hồ Chí Minh và chiến lược phát triển Thành phố thành
trung tâm giống cây trồng của khu vực.

15


3. Tình hình thực hiện chế độ báo cáo, kiểm tra của nhiệm vụ
Số

Nội dung

TT

1

Báo cáo giám
định

Thời gian

thực hiện

Ghi chú
(Tóm tắt kết quả, kết luận chính,
người chủ trì…)
Đề tài thực hiện đúng tiến độ về nội

1/06/2020

dung và thời gian so với đề cương
nghiên cứu, được tiếp tục thực hiện.

Chủ nhiệm đề tài

Thủ trưởng tổ chức chủ trì

Nguyễn Xuân Dũng

Nguyễn Đăng Quân

16


MỤC LỤC
DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ....................................................................... i
DANH SÁCH BẢNG ............................................................................................ ii
DANH SÁCH HÌNH ........................................................................................... iiii
MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1
1. Đặt vấn đề............................................................................................................ 1
2. Ý nghĩa ................................................................................................................ 2

2.1. Ý nghĩa khoa học ............................................................................................. 2
2.2. Ý nghĩa thực tiễn .............................................................................................. 2
3. Mục tiêu nhiệm vụ .............................................................................................. 2
3.1. Mục tiêu tổng quát ........................................................................................... 2
3.2. Mục tiêu cụ thể ................................................................................................. 3
Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................. 4
1.1. Giới thiệu về cây khoai mì và tình hình sản xuất khoai mì ở Việt Nam ......... 4
1.2. Sơ lược về bệnh khảm lá gây hại trên khoai mì ............................................... 5
1.3. Các biện pháp phịng trừ bệnh khảm lá khoai mì ............................................ 9
1.4. Gen kháng bệnh khảm lá của cây khoai mì ..................................................... 9
1.5. Tình hình nghiên cứu xác định gen kháng bệnh khảm lá khoai mì bằng chỉ thị
phân tử ................................................................................................................... 10
Chương 2. NỘI DUNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . 13
2.1. Nội dung nghiên cứu ...................................................................................... 13
2.2. Vật liệu ........................................................................................................... 13
2.3. Phương pháp................................................................................................... 14
2.3.1. Thu thập nguồn mẫu khoai mì phục vụ cho nghiên cứu ............................. 14
2.3.2. Tách chiết DNA tổng số từ lá khoai mì ...................................................... 15
2.3.3. Thiết lập quy trình PCR nhận diện gen kháng bệnh khảm lá khoai mì dựa
trên chỉ thị phân tử ................................................................................................ 15


2.3.4. Kiểm tra sự hiện diện của gen kháng bệnh khảm lá trên các giống khoai mì
thu thập .................................................................................................................. 18
2.3.5. Kiểm tra tính kháng bệnh khảm lá của các giống khoai mì thu thập .......... 18
2.3.6. Bố trí thí nghiệm và phân tích số liệu ......................................................... 20
Chương 3. KẾT QUẢ - THẢO LUẬN .............................................................. 21
3.1. Thu thập nguồn mẫu khoai mì phục vụ cho nghiên cứu ................................ 21
3.2. Tách chiết DNA tổng số từ lá khoai mì ......................................................... 32
3.3. Thiết lập quy trình PCR nhận diện gen kháng bệnh khảm lá khoai mì dựa trên

chỉ thị phân tử ........................................................................................................ 35
3.3.1. Thiết lập phản ứng PCR nhận diện chỉ thị phân tử liên kết gen kháng .......... 35
3.3.2. Kết quả khảo sát nhiệt độ bắt cặp mồi (Ta) tối ưu ...................................... 39
3.3.3. Kết quả khảo sát nồng độ mồi tối ưu .......................................................... 43
3.4. Kiểm tra sự hiện diện của chỉ thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh khảm lá
trên các giống khoai mì thu thập ........................................................................... 47
3.5. Kiểm tra tính kháng bệnh khảm lá của các giống khoai mì thu thập ............. 53
3.5.1 Kiểm tra tính kháng bệnh khảm lá của các giống khoai mì dưới áp lực bệnh
tự nhiên .................................................................................................................. 53
3.5.2. Kiểm tra tính kháng bệnh khảm lá của các giống khoai mì thơng qua
phương pháp lây nhiễm virus nhân tạo ................................................................. 57
KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ ..................................................................................... 60
1. Kết luận ............................................................................................................. 60
2. Đề nghị .............................................................................................................. 60
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC


DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT
ACMBFV:

African cassava mosaic BurkinaFaso virus

ACMV:

African cassava mosaic virus

CMD:

Cassava mosaic disease


CMMGV:

Cassava mosaic Madagasca virus

CP:

Coat protein

EACMCV:

East African cassava mosaic Cameroon virus

EACMKV:

East African cassava mosaic Kenya virus

EACMMV:

East African cassava mosaic Malawi virus

EACMV:

East African cassava mosaic virus

EACMV-UG:

East African cassava mosaic Ugandan Variant

EACMZV:


East African cassava mosaic Zanzibar virus

ICMV:

Indian cassava mosaic virus

MP:

Movement protein

ORF:

Open reading frame

REn:

Replication enhancer protein

Rep:

Replication associated protein

SACMV:

South African cassava mosaic virus

SLMV:

Sri Lankan cassava mosaic virus


SNP:

Single nucleotide polymorphism

TrAP:

Transcriptional activator protein

i


DANH SÁCH BẢNG
Bảng 1.1. Các chỉ thị phân tử liên kết với gen kháng bệnh khảm lá
ở cây khoai mì ..................................................................................................... 11
Bảng 2.1. Các chỉ thị phân tử sử dụng cho nhận diện gen kháng bệnh khảm lá
khoai mì ............................................................................................................... 14
Bảng 2.2. Nhiệt độ áp dụng cho khảo sát nhiệt độ bắt cặp mồi tối ưu ............... 16
Bảng 2.3. Nồng độ mồi áp dụng cho khảo sát nồng độ mồi tối ưu. ................... 17
Bảng 3.1. Thông tin của các mẫu giống khoai mì thu thập tại các tỉnh .............. 21
Bảng 3.2. Kết quả tách chiết DNA tổng số từ lá khoai mì ................................. 32
Bảng 3.3. Kết quả kiểm tra gen kháng bằng chỉ thị phân tử ............................... 48
Bảng 3.4. Kết quả phân tích alen của các chỉ thị phân tử liên kết với gen kháng
CMD trên các mẫu giống khoai mì thu thập ....................................................... 55

ii


DANH SÁCH HÌNH
Hình 1.1. Cấu trúc bộ gen của virus gây bệnh khảm lá khoai mì ........................... 6

Hình 1.2. Cây khoai mì biểu hiện triệu chứng khảm lá do rệp trắng truyền bệnh
với các lá phía trên bị khảm và biến dạng trong khi các lá bên dưới khơng có triệu
chứng ....................................................................................................................... 7
Hình 1.3. Sự biểu hiện triệu chứng khác nhau giữa dịng khoai mì nhạy cảm (trái)
và kháng (phải) khi bị nhiễm bệnh khảm lá ............................................................ 8
Hình 2.1. Mức độ biểu hiện bệnh trên lá khoai mì ............................................... 19
Hình 3.1. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì ĐL-01 .............................................. 21
Hình 3.2. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì ĐL-06 .............................................. 22
Hình 3.3. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì ĐL-08 .............................................. 22
Hình 3.4. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì ĐL-10 .............................................. 22
Hình 3.5. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì VT-01 .............................................. 23
Hình 3.6. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì VT-06 .............................................. 23
Hình 3.7. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì VT-11 .............................................. 23
Hình 3.8. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì VT-15 .............................................. 24
Hình 3.9. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì VT-19 .............................................. 24
Hình 3.10. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì VT-22 ............................................ 24
Hình 3.11. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BT-01 ............................................ 25
Hình 3.12. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BT-05 ............................................ 25
Hình 3.13. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-01 ............................................ 25
Hình 3.14. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-02 ............................................ 26

iii


Hình 3.15. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-03 ............................................ 26
Hình 3.16. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-04 ............................................ 26
Hình 3.17. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-05 ............................................ 27
Hình 3.18. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-06 ............................................ 27
Hình 3.19. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-07 ............................................ 27
Hình 3.20. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-12 ............................................ 28

Hình 3.21. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì LA-15 ............................................ 28
Hình 3.22. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì TN-01 ............................................ 28
Hình 3.23. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì TN-02 ............................................ 29
Hình 3.24. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì NT-01 ............................................ 29
Hình 3.25. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì NT-02 ............................................ 29
Hình 3.26. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BP-01 ............................................ 30
Hình 3.27. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BP-03 ............................................ 30
Hình 3.28. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BP-06 ............................................ 30
Hình 3.29. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BP-07 ............................................ 31
Hình 3.30. Mặt trên và mặt dưới lá khoai mì BP-11 ............................................ 31
Hình 3.31. Hom khoai mì phát triển trong điều kiện nhà kính của Trung tâm Cơng
nghệ Sinh học TP. Hồ Chí Minh ........................................................................... 31
Hình 3.32. Kết quả điện di DNA tổng số tách chiết từ mẫu khoai mì thu thập tại
Vũng Tàu. .............................................................................................................. 35
Hình 3.33. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi NS158................................................................................... 35

iv


Hình 3.34. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với chỉ thị NS169. .............................................................................. 36
Hình 3.35. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi NS198................................................................................... 37
Hình 3.36. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi SSRY28. ............................................................................... 37
Hình 3.37. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi SSRY106. ............................................................................. 38
Hình 3.38. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi RME-1. ................................................................................. 39

Hình 3.39. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi NS158 ở các nhiệt độ Ta khác nhau. ................................... 40
Hình 3.40. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi NS169 ở các nhiệt độ Ta khác nhau. ................................... 40
Hình 3.41. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi NS198 ở các nhiệt độ Ta khác nhau. ................................... 41
Hình 3.42. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi SSRY28 ở các nhiệt độ Ta khác nhau. ................................ 42
Hình 3.43. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi SSRY106 ở các nhiệt độ Ta khác nhau. .............................. 42
Hình 3.44. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi mồi RME-1 ở các nhiệt độ Ta khác nhau. ........................... 43
Hình 3.45. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại DNA của lá khoai mì
kháng bệnh với mồi NS158 ở các nồng độ khác nhau. ......................................... 44

v